随着思维导图技术在全球范围内的推广和普及，一些计算机软件厂商看中了思维导图这个巨大的市场，并纷纷开发思维导图软件。其中，比较著名的有：iMindMap、Mindmanager、Mindmapper、Freemind等。这些思维导图软件基本承袭了巴赞的思维导图理念，采用发散式和节点式的结构帮助人们组织信息。这些软件大大简化了思维导图的制作过程。使用者无需在不同颜色的画笔之间穿梭，无需考虑画面的比例控制和结构安排，如果愿意的话，使用者甚至可以借用现有的导图模板，以近似于填空的方式制作思维导图。这对提高思维导图的绘制效率是十分有帮助的。
此外，思维导图软件还可以让使用者很方便地对他们的思维导图进行修改、保存、复制等操作。这些事情如果是由手工绘制来操作的话，会麻烦许多。但对于思维导图软件来说，只是小菜一碟。对于有条件上网的思维导图使用者来说，以软件形式存在的思维导图无疑能够更方便地与他人共享。以上这些都是思维导图软件能够大行其道的原因。
思维导图存在的最重要的意义是激发大脑的潜能，让人们在思维导图的引领下高效能地思考。
但思维导图软件并不是只给人们带来便利。从最根本的层面来说，思维导图软件是无法取代手绘思维导图的。这是因为，思维导图存在的最重要的意义是激发大脑的潜能，让人们在思维导图的引领下高效能地思考。为了实现这一点，思维导图必须为人们留下充分的组织信息的空间。作为思维导图的绘制者，我们应该有充分的自由选择图像、颜色、线条的形状、并能够自由地对版面进行控制。只有当一张思维导图充分体现了我们的想象力和创造力时，它才会最大程度地给我们带来快乐，并充分地激发我们的大脑潜能。
然而，思维导图软件却剥夺了人们的这种创造上的快乐和自由。许多手绘思维导图中需要你动脑思考才能完成的事情，思维导图软件都包办代替了。作为软件，它们只能提供极为有限的思维导图外形供人们选择，你很难利用它们创造出你头脑中已有的导图模样。这种千篇一律的模式实际上是在抑制我们的大脑潜能，而不是激发它。而且，在思维导图软件中做图是一件十分困难的事情。绝大多数情况下，如果你需要在你的计算机思维导图中加入图片，你只能在你的电脑里或者到网上寻找合适的图片粘贴在你的导图上。而这些图片并不能完全体现你自己的想象和思考过程，这样做是不利于激发你的大脑潜能的。
因此，手绘思维导图尽管要麻烦一些，却是思维导图软件无法替代的。对于初学者来说，只有从手绘思维导图开始学习，才能真正领会思维导图的神奇与奥妙。手绘思维导图是计算机思维导图的基础。在基础没有打好的情况下便开始使用思维导图软件，不仅不利于我们正确地理解思维导图的原理，更不利于发挥我们大脑的巨大潜能
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