冯奉世出身于将门世家，其先人冯亭，为韩国上党太守。秦攻上党后，使太行道中断，韩国不能据守，冯亭使将上党城献于赵国。赵国封冯亭为华阳君，与赵将赵括共同抵抗秦军，最后战死于长平。宗族由此分散，或留潞，或在赵。在赵国为官帅将，官帅将子为代相。秦灭六国后，冯亭后人冯毋择、冯去疾、冯劫皆为秦国将相。
西汉建立后，冯奉世祖父冯唐在汉文帝时期闻名于朝野，冯唐就是代相之子。汉武帝末年，冯奉世以良家子弟选为郎，当了宫廷卫兵。昭帝时，以其功劳补为武安长，后因故免职，当时他已三十余岁，在家闲居，于是学习《春秋》，攻读兵法。前将军韩增听到别人对他的介绍后，与之面谈，发现他确有真才实学，便奉请汉宣帝任命他为军司空。
冯奉世生逢西汉中后期，朝廷为了巩固对西域的统治，不断派出使臣和军队，加强汉朝与西域各国政治、经济和文化的联系，同时对叛乱者予以镇压、征服。冯奉世就是在这一客观条件下建功扬名的。
汉宣帝三年(公元前71年)，冯奉世随军出征匈奴，回师后二次调入宫中当卫兵，之后出使西域。在他前面，朝廷曾多次派人出使西域各国，但多数人不称职，有的乘机贪污，有的受到各个属国的困辱，都没有很好地完成使命。这时，乌孙(古族名)由于协助汉军打击匈奴有功，朝廷决定派使者去予以安抚，同时进一步加强与西域各国的联系，于是慎重考虑出使的人选。前将军韩增认为冯奉世人智出众，堪当此任，便向宣帝推荐了他。冯奉世被授以卫侯，奉命持节出使大宛(西域国名，在前苏联中亚费尔干纳盆地，属邑大小七十余城)，并且护送大宛的使臣回国。
冯奉世一行走到伊修城(今新疆鄯善境内)时，都尉宋将向冯奉世报告说：莎车(西域国，位于今新疆莎车县，是“丝绸之路”的要冲)贵族集团与邻国勾结，杀死了坚持与汉朝友好往来的国王，并杀死了汉朝使者奚充国。
原来乌孙公主的儿子万年做了莎车国的臣下。莎车王很喜欢他，送他到长安学习。莎车王死后无子，莎车国的大臣们想以汉朝为靠山，同时又讨好乌孙国，就上书给汉宣帝，要求让万年去做他们的国王。汉宣帝同意了，派奚充国为使者护送万年回莎车国去。万年做了国王，莎车国有些人表示不满。莎车王的兄弟呼屠征趁机联络临近的部落，杀死了万年和汉朝使者奚充国，自己做了莎车王。
新任莎车国王呼屠征派出使者向他的周边国家宣称，北道诸国属匈奴，南道诸国应听从他的指挥，莎车与匈奴已结成联盟，以西域霸主的身份与汉朝对抗，因此，由鄯善西去的道路已被他们垄断，西域交通瘫痪。
都护郑吉、校尉司马意打算走北道。冯奉世面对西域各国复杂的政治局面，与副使严昌进行了认真的分析研究，一致认为莎车国内发生的政变，是引起西域动荡、交通断绝的主要根源，如不及早铲除立脚未稳的莎车新王，势必养痈成患，难以制服，以致危及整个西域的安全。然而，要想镇压莎车，须有军队，调动军队又需上报朝廷，路途遥远，往返费时，而边境形势逐日变化。于是他们商定，不待奏闻朝廷，立即采取行动，便用从朝中带来的符节通知附近各国出兵，联合进攻莎车。不久调集起各国兵马一万五千人，冯奉世自任统帅，领兵进击莎车，一举攻克其都城。新任莎车王呼屠征毫无防备，及至兵临城下，才慌忙募兵抵御，后自杀身死，莎车人献出呼屠征的头颅，请求和好。冯奉世让他们另选前王的支裔为国王。莎车国复归安定。冯奉世之名不胫而走，威震西域。战后冯奉世收军罢兵，将平定莎车的前因后果详细奏告朝廷。汉宣帝听到报告后十分高兴，当即召见前将军韩增，夸奖他举荐冯奉世，“贺将军所举得其人”(《汉书·冯奉世传》)。
冯奉世平定莎车后，遣回各国兵士，继续西行，直抵大宛。大宛已经听到了他的名字，可谓先声夺人，因此他受到隆重的接待。大宛君臣对他倍加敬重，因而他顺利地完成了使命，临别时大宛赠送名马象龙表示与汉朝的友好之情。冯奉世荣归长安，宣帝甚为高兴，提议为他加封官爵。众大臣认为冯奉世不辱使命，有功于国，应予爵士之封。少府肖望之提出异议，他认为冯奉世擅自发动小国之兵，虽有大功，但是不可引人效法，如果加封冯奉世，将来他人出使时贪功趋利，也要与冯奉世攀比，私自动用兵马，在万里之外为求功名而与他国寻衅滋事，那样一来恐怕无事生非，给国家带来更多麻烦，所以他认为不应给冯奉世加封。宣帝认为肖望之的看法也有道理，便未封爵，只任命他为光禄大夫、水衡都尉。
汉元帝初元元年(前48年)，冯奉世被任命为执金吾，职掌北军。不久，上郡(今陕西省北部)一万多原来归降汉朝的胡人发生叛乱。冯奉世持节率兵前往打击，稳定了边境局势。初元三年，右将军典属国常惠死后，冯奉世调任为右将军典属国，掌管少数民族事务。几年后升为光禄勋。
永光二年(前42年)秋，驻守陇西的护羌校尉辛汤因嗜酒任性，多次侮辱羌人，终于激怒了羌众，导致反抗朝廷。元帝召集丞相韦玄成、御史大夫郑弘、大司马车骑将军王接、左将军许嘉、右将军冯奉世一齐入朝，讨论对策。当时连年遭受自然灾害，谷价上涨。每石谷子在京师卖二百余钱，边疆郡县则卖四百，关东地区竟至五百。全国出现饥馑，时有饿死人的报告传到朝廷，因而皇帝亦产生忧虑，担心饥民铤而走险，在这种时候，发生羌人反叛的事情，朝中将相都感到难办，一筹莫展。
冯奉世说道：“羌虏近在境内背畔，不以时诛，亡以威制远蛮。臣愿帅师讨之”(《汉书·冯奉世传》)。元帝问他需要多少兵力。冯奉世回答：“臣闻善用兵者，役不再兴，粮不三载，故师不久暴而天诛亟决。往者数不料敌，而师至于折伤；再三发?，则旷日烦费，威武亏矣。今反虏无虑三万人，法当倍用六万人。然羌戎弓矛之兵耳，器不犀利，可用四万人，一月足以决”(《汉书·冯奉世传》)。意思是善于用兵的人，只用人服一次兵役即可，所需军粮转运三次就够了。绝不能长久地让兵士在战场服役而遭天灾杀灭。以往对敌军的人数估计不足，往往失败之后才又派兵员，那样就耽搁了时间又浪费财物，而且也影响了士气，有失威武。如今估计叛军约三万人，按常理应出兵六万。但我清楚羌兵武器不精，给我四万人马，一个月的时间，也可以平定叛乱。
但丞相、御史、两将军皆以秋收大忙为理由不支持他的意见。说只能发兵一万去边地实行屯戌(一边驻防一边做农事)。冯奉世坚持自己的意见，说“不可。天下被饥馑，士马羸?，守战之备久废不简，夷狄皆有轻边吏之心，而羌首难。今以万人分屯数外，虏见兵少，必不畏惧，战则挫兵病师，守则百姓不救。如此，怯弱之形见，羌人乘利，诸种并和，相扇而起，臣恐中国之役不得止于四万，非财币所能解也。故少发师而旷日，与一举而疾决，利害相万也。”(《汉书·冯奉世传》)是说现在由于天下饥荒，战备物资十分缺乏，周边各少数民族都不把汉朝放在眼里，所以才有羌人敢于反叛。如今只派一万人分散到边境地方驻屯；敌人看到兵少，肯定不害怕，已经动乱起来的羌人乘我方势力软弱，如再煽动别的部族，一起反叛，我恐怕到那时国内也得不到安宁了!
尽管冯奉世一再据理力争，但他的建议最终也没有被采纳。元帝只同意出征兵员由一万增至一万二千人。
冯奉世不得已，只好带兵员以屯田为名出发，典属国任立、护军都尉韩昌均为副将，到达陇西之后，分兵三处屯驻。典属国任立为右军，驻军白石；护军都尉韩昌为前军，驻军临洮；冯奉世自为中军。前军到达降同坂后，派出两名校尉，一与羌人争取有利地形，一去广阳谷搭救被掠民众，结果羌人众多，两校尉被杀。于是驻屯的军人都感到各自力量单薄，不敢轻易出动，形成首尾不能相顾的局面。冯奉世赶忙绘制了地图，并写出作战计划，报奏朝廷，希望增兵三万六千人。元帝派遣太常弋阳侯任千秋领奋武将军衔带兵援助，并给冯奉世派去六万余人。
当年十月，援军到达陇西。十一月，援军与冯奉世先前所率将士会合，而后一举大破羌人，斩杀捕获叛兵八千多人，缴获马牛羊数万头，其余羌人都逃到塞外，陇西叛乱得到平息。次年二月，奉世班师回朝后，封爵为关内侯，调任左将军，继续担任光禄勋，食邑五百户，赏黄金六十斤。他的儿子野王担任了左冯翊，他的长女由元帝纳往后宫，得拜婕妤，很受元帝宠爱。
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