耿秉是名将耿?之侄，身体强壮，腰带八围。而且博通书记，《后汉书?耿秉列传》中说：“能说司马兵法，尤好将帅之略”。后凭借其父耿国当了官，并多次上书谈论兵事。耿秉认为“中国虚费，边陲不宁，其患专在匈奴。以战去战，盛王之道”(《后汉书?耿秉列传》)。时明帝欲效仿汉武帝的事迹，恢复与西域各族的联系，也准备出兵西击北匈奴，就暗中应允。此后，明帝还向耿秉询问一些用兵的方略，并拜其为谒者仆射，受到重用，每逢大臣议论军情，明帝常常把耿秉叫来一起讨论。
永平十五年(72年)，明帝拜耿秉为驸马都尉。永平十六年(73年)二月，明帝以骑都尉秦彭为耿秉副官，与奉车都尉窦固等伐北匈奴。汉军分四路出击：窦固与耿忠率酒泉?敦煌?张掖士兵及卢水羌兵万二千骑出酒泉(郡治禄福，今甘肃酒泉市)塞；太仆祭彤?度辽将军吴棠率河东北地?西河羌兵及南单于兵一万一千骑出高阙(今内蒙古狼山中部计兰山口)塞；骑都尉来苗?护乌桓校尉文穆率太原?雁门?代郡?上谷?渔阳?右北平?定襄郡兵及乌桓?鲜卑兵一万一千骑出平城(今山西大同市东北)塞；而耿秉?秦彭则率武威?陇西?天水士兵及羌兵万骑出居延(今内蒙古额济纳旗东)塞。耿秉?秦彭入大漠六百余里，至三木楼山，因北匈奴皆逃走，耿秉与秦彭不战而还。此战唯窦固、耿忠一路有所斩获。
永平十七年(74年)十一月，耿秉与窦固、骑都尉刘张率1.4万骑出玉门关(今甘肃敦煌市西北小方盘城)进军西域，在蒲类海(今新疆巴里坤湖)击败白山部后，转军进击依附北匈奴之车师(一作姑师，西域国名，都交河城，在今新疆吐鲁番西北10里雅尔湖村西之交河故城)。车师国有后王、前王，前王即后王之子，二王相距五百余里。窦固认为后王道远，山谷深，士卒寒苦，便想攻前王。耿秉则认为先攻后王，则前王自服。窦固犹豫不决，耿秉奋身而起说“请行前”(《后汉书?耿秉列传》)。于是上马，率兵北入，众军不得已，只得跟进。耿秉挥军大败车师，斩首数千级，收马牛十余万头。后王安得大为震恐，率数百骑迎接耿秉。此时窦固犹司马苏安想把功劳全部归于窦固，使急驰而至，对安得说：“汉贵将独有奉车都尉，天子姊?，爵为通侯，当先降之”(《后汉书?耿秉列传》)。安得于是退回，让其部将去迎接耿秉。耿秉大怒，披甲上马，率其精骑直奔窦固军营，对窦固说：“车师王降，讫今不至，请往枭其首”(《后汉书?耿秉列传》)。窦固大惊，连忙阻止。耿秉厉声道：“受降如受敌”(《后汉书?耿秉列传》)，于是率军驰赴之。安得惶恐，跑出城，脱帽抱马足而降。车师前王也奉命投降，至此，车师平定。东汉置西域都护及戊、己校尉、宜禾都尉屯田，逐渐恢复了对西域的控制。
永平十八年(75年)秋，章帝即位，拜耿秉为征西将军。派其巡凉州边境，安服羌人，并驻军酒泉，救戊己校尉。
建初元年(76年)，拜耿秉为度辽将军。在边疆巡视了七年，使匈奴人感念其恩德。后命其为执金吾，越发倚重。章帝到各地出巡，耿秉常领禁兵进行保护。
章和元年(87年)，鲜卑攻入北匈奴左部，斩优留单于。北匈奴大乱，58部20万人降汉。章和二年(88年)，再拜耿秉为征西将军，为车骑将军窦宪副将，准备攻击北匈奴。永元元年(89年)六月，临朝称制的窦太后鉴于北匈奴部落叛离，四面受敌，令窦宪、耿秉率南匈奴及度辽兵共5万余骑，分三路进击北匈奴。窦宪与耿秉各率四千骑、南匈奴左谷蠡王师子率万骑从朔方鸡鹿塞(今内蒙古磴口县西北哈萨格峡谷口)出兵；南单于屯屠河率领万余骑从满夷谷(今内蒙古固阳县)出兵；度辽将军邓鸿和边境地区归附朝廷的羌胡八干骑、左贤王安国万骑从翩阳塞(固阳县境)出兵。三路大军在涿邪山(今蒙古西部、阿尔泰山东脉)会师。
窦宪命副校尉阎盘、司马耿夔等率精兵一万多，与北单于在稽落山(今蒙古汗呼赫山脉)作战，大破敌军。敌众溃散，单于逃走。窦宪整军追击，直到私渠比?海(乌布苏诺尔湖)。此役，共斩杀名王以下将士一万三千多人，俘获马、牛、羊、驼百余万头，来降者八十一部，前后二十多万人。窦宪、耿秉遂登燕然山(今蒙古境内杭爱山)，去塞三千余里，刻石勒功，纪汉威德，令班固作铭。耿秉因功被封美阳侯，食邑三千户。
耿秉性格勇猛，而且做事简练，行军时常亲自披甲在前，休息时不结营，有敌偷袭时，能立即与敌交战，所以士兵皆愿意为其效力。
永元二年(90年)，耿秉取代桓虞为光禄勋。永元三年(91年)夏，耿秉去世，时年五十多岁，谥曰桓侯。和帝赐朱棺、玉衣，命五营骑士三百余人为其送葬。匈奴闻秉去世，“举国号哭，或至?面流血”(《后汉书?耿秉列传》)。耿秉长子耿冲嗣爵，后因窦宪被杀，耿氏因此受到牵连，被除爵。
在东汉与匈奴的战争史上，耿秉是举足轻重的人物。然而，不论是历史记载还是今人论述，耿秉的地位和作用都被一定程度地低估了。《后汉书?耿秉列传》总共只有寥寥数百言，且最能体现其运筹决策能力的事迹还散见于其他纪传，以至于后人对他在秦汉时期汉匈战争最后阶段的决战中所发挥的作用，未引起足够的重视，因以客观、公正的态度对其作出合理评价。
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