孔融能诗善文，曹丕称其文“扬（扬雄）、班（班固）俦也。”散文锋利简洁，代表作是《荐祢衡表》，其六言诗反映了汉末动乱的现实。原有文集已散佚，明人张溥辑有《孔北海集》。
孔子之后
孔融是孔子的十九世孙。他的七世祖孔霸是汉元帝的老师，官至侍中。父亲孔宙，曾任太山都尉。他少年时便有突出的才能，受到名士李膺的赞许。
一门争义
孔融十三岁时，孔宙去世，孔融悲痛过度，需要人扶才能站起来，州里因而称赞他的孝行。他天性好学，博览群书。名士张俭为中常侍侯览所记恨，密令要州郡捉拿张俭。张俭与孔融兄长孔褒是好友，于是逃到孔褒家中，孔褒却不在。当时孔融年仅十六岁，张俭认为孔融年轻，并没有告诉他自己的处境。孔融看见张俭窘迫的样子，对张俭说：“哥哥虽然在外未归，我难道不能为您的东道主吗？”因此留张俭住在自己家。
后来事情泄漏，自国相以下的人，都秘密的压下此事，张俭得以逃脱，孔褒、孔融则被逮捕入狱。但不知他们二人是谁获罪。孔融说：“收容匿藏张俭的是我，有罪归我。”孔褒说：“张俭来找我，不是弟弟的罪过，罪在我，我心甘情愿。”官吏问他们的母亲，母亲说：“年长的人承担家事，罪责在我。”一门都争着赴死，郡县迟疑不能决断，于是向朝廷请示。诏书最后定了孔褒的罪。孔融因而闻名，与平原陶丘洪、陈留边让齐名，州郡以礼策命，都不到。
刚直不阿
后受司徒杨赐征召，当时暗暗察访官僚中的贪污之人，准备予以贬谪罢免，孔融检举的多为宦官的亲族。尚书害怕得罪宦官，于是召孔融等司徒属官诘问斥责，孔融陈述宦官子弟的罪恶，毫不隐讳。
光和七年（184年），河南尹何进即将升任大将军，杨赐派孔融拿着名片去祝贺何进，因门人未及时通报，孔融就把名片夺回，引罪自责而去。河南尹官属认为丢了面子，想要派剑客追杀孔融，有宾客对何进说：“孔文举有盛名，将军如果与他结怨，四方之士就会相随而去了。不如以礼对待他，使天下人都知道将军的胸怀广大。”何进同意，于是在受任大将军之后，征辟孔融，举其为高第，迁任侍御史。孔融又因为与上司御史中丞赵舍不和，托病归家。
北海为相
后来，孔融被征为司空掾属，授任北中军候。在职三天，转任虎贲中郎将。正逢董卓总揽朝政，想要废掉汉少帝刘辩，孔融与董卓争辩，言辞激辩，常有匡正之言。董卓怀恨在心，将孔融转任议郎，随后又暗示三府（太尉、司徒、司空）举荐孔融到黄巾军最为猖獗的北海国（治今山东昌乐西）为相。
孔融到北海后召集士民，聚兵讲武，下发檄文，又亲写书札，与各州郡通声气，共同谋划。因讨伐黄巾军张饶战败，而转保朱虚县。慢慢集结官吏百姓被黄巾所蛊惑的男女四万多人，再设置城邑，设立学校，表显儒术，荐举贤良郑玄、彭?、邴原等。对待国人，就算只有一点微小的善行，也都以礼对待。国人没有后代及四方游士有去世的，都帮助安葬他们。因颇有政声，被时人称为“孔北海”。
后来，孔融被黄巾管亥所围，情势紧急。于是派太史慈向平原国相刘备求救。刘备惊奇地说：“孔北海竟知道天下还有个刘备呢。”于是立即发兵解围。当时袁绍、曹操势力逐渐强大，而孔融知道二人终究是要篡夺汉室的，所以不愿意投靠他们。其幕僚左承祖劝孔融要结纳袁绍或者曹操，孔融怒而及其杀害。孔融自负于才气秉性，立志平定国家的危难，因为才器粗略，思想空乏，所以没有成功。
兵败奔逃
孔融在任六年后，被刘备上表推荐兼领青州刺史。
建安元年（196年），袁谭攻北海，双方战斗自春至夏，战士仅剩数百人，流矢像雨一样射来，城内已经短兵相接。孔融仍然凭几读书，谈笑自若。晚上城陷，才逃奔山东（太行山以东），妻儿都被袁谭所掳。
参议朝政
同年，汉献帝迁都许昌后，征召孔融为将作大匠，又升任少府。每逢朝会访问召对之时，孔融常引证定议，公卿大夫都不过挂名而已。
之前，太傅马日?奉命出使山东，到了淮南时，多次有求于袁术，袁术于是轻视侮辱他，夺走他的符节，又不准他离开，还要强迫他任军师。马日?忧愤自己至极，于是呕血而死。等到马日?遗体送回京师，朝廷想加以礼葬，孔融于是独自陈说：“马日?凭上公的尊贵身份，持天子的髦节，奉命处理地方事务，安宁东夏，竟然取媚奸臣，被他所指使，所上章表署名补用，马日?都是第一个。依附下级，欺骗朝廷，奸诈事君。从前国佐敌晋军，不为其折服，宜僚当着白晃晃的刀而面不改色。朝廷大臣难道可以受威胁为借口吗？而且袁术越级叛逆，不是一朝一夕的事，与日?随从，周旋历年。《汉律》规定：与罪人往来三天以上，都应该知道他的情况。《春秋》说：鲁叔孙得臣死了，为了不张扬襄仲的罪贬，不写日子。郑讨伐幽公，砍薄子家的棺材，因为他杀君的缘故。陛下可怜旧臣，不忍追究定罪，已经很宽大了，不应该再加礼。”朝廷采纳了他的意见。www.gs5000.cn
当时舆论大都想恢复肉刑，孔融建议说：“古时候的人浑厚朴实，善恶不别，官吏正直，刑法清明，政治没有错误。百姓有罪，都是自己的责任。末世衰微，风气教化坏乱，政治搅乱风俗，国家的法律害了人民。所以说君主没有为君之道，百姓就涣散不服，而想用古时候的刑法残废他们的肢体，这不是除恶长善的办法。纣砍断早晨涉水者的小腿，天下的人都说纣暴虐无道。从前，周有一千八百个诸侯国，天下百姓，要养一千八百个君主，如果各砍掉一人的脚，下面就有一千八百个纣呢。想风俗纯美，是绝对做不到的。并且受了刑罚的人，有不想活的意念，有求死的决心。大多铤而走险，不再回归正道。夙沙乱齐，伊戾祸宋，赵高、英布为当世大患。不但不能禁止人做坏事，正好断绝了人为善的途径。就算忠诚如鬻拳，坚持如卞和，多智如孙膑，蒙冤如巷伯，才华如司马迁，通达如子政，一遭到刀锯，死了也为人耻笑。所以太甲的思念常道，秦穆公使秦国称霸西戎，南睢之骨立，卫武公《初筵》饮酒悔过，陈汤矫诏发兵，斩郅支单于于都赖水上，魏尚的守边等等，不用再举了。大汉广开改恶之路，大都是这样。所以聪明有德的君王，深思远虑，弃短取长，政治上的措施是不随便进行改革的。”朝廷认为他的建议很好，最终没有恢复肉刑。
当时，荆州牧刘表不向朝廷进贡，做了不少逾越法度不安本分的事情，还郊祀天地，礼仪拟指君主。朝廷下诏把他的行为宣示天下，孔融上疏认为应当隐瞒郊祀这件事，来维护朝廷的脸面。
建安五年（200年），南阳王刘冯、东海王刘祗相继逝世，献帝哀痛他们早逝，想为他们规定四时祭祀，为此先询问孔融意见。孔融回答说：“陛下仁厚，感慨变化而增加思念，哀悼二王的魂灵发布哀怜的诏章，考查审度从前的典章制度，订正礼制。臣看前代梁怀王、临江愍王、齐哀王、临淮怀王都死而无后代，同胞兄弟，就是景帝、武帝、昭帝、明帝四帝，没有听说前朝为他们修祭祀。如果是临时的，就不要列入传纪。臣不懂事，认为他们都在幼小的年龄死去，陛下哀痛，以成人礼加以谥号，这应遵照您的意思办理，祭祀结束，以后就不要再行。至于一年一期祭祀，不合礼意，又违背了先帝既定的法制，这是不合适的。”
侮慢权臣
之前，曹操进攻邺城屠杀邺城居民，袁绍家的妇人女子多被掳掠。曹操的儿子曹丕私自娶了袁熙的妻子甄氏。孔融写信给曹操，说：“武王伐纣，把妲己赏赐给周公。”曹操不明白，后来问孔融这出于何经何典。孔融答说：“按现在的事情量一量，想当然而已。”
建安十二年（207年），曹操北讨乌桓，孔融又讥笑他说：“大将军（曹操）远征，萧条海外，从前肃慎不进贡木苦矢，丁零偷盗苏武的牛羊，可以一并讨伐啊！”当时，饥荒战乱，曹操上表请禁酒，孔融多次写信给曹操，认为不要禁酒，而且言词之中多为傲慢无礼。
孔融已经看到曹操奸雄诡诈，已渐渐显露，愈发不能忍受，所以说话偏激，常常触犯了曹操。又曾经上奏认为应当遵照古时京师的体制，千里以内，不得封建诸侯。曹操怀疑他所谈论的越来越广，更加害怕他。然而，因为孔融名重天下，表面上装着容忍，暗中却嫉忌他正确的议论，怕阻抗自己的大业。山阳人郗虑揣摩曹操的心事，以蔑视国法为由奏免孔融。曹操又写信故意挑拨二人，孔融也回信相对。
进贤好士
建安十三年（208年），孔融再任为太中大夫。孔融本性宽容不猜忌别人，重视人才，喜欢诱导提拔年轻人。等到退任闲职后，宾客天天满门。孔融常叹说：“座位上经常满人，木尊中酒不空，我就无忧了。”孔融与蔡邕交好，蔡邕死后，有个虎贲士相貌有点像蔡邕，孔融每次喝足了酒，招他与同坐，说：“虽然没有了老成人，而让我高兴的是还有典型。”孔融听说人家有善行，好像是自己做的一样，言语有可采取的，一定扩展完成，当面告诉人家所不足的地方，称赞他的长处。推荐贤士，奖励进取。如果他知道的，没有说，认为是自己的过错，所以海内的英才，都信服他。
惨遭杀害
曹操既积满了一肚子的猜疑忌妒，加上郗虑的诬陷，曹操于是指使丞相军谋祭酒路粹枉奏孔融以“招合徒众”，“欲图不轨”、“谤讪朝廷”、“不遵超仪”等罪名，于建安十三年八月二十九日（208年9月26日）将孔融处死，并株连全家，孔融时年五十六岁。
之前，京兆人脂习，与孔融相好，曾劝诫孔融性格太过刚直。等到孔融被害时，许昌没有人敢为其收尸，脂习前往抚尸说：“文举丢下我死了，我也不再活了。”曹操听说大怒，准备收捕脂习杀害，后来逢赦免才被释放出来。
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