1894年，清政府在甲午战争中一败涂地，与新兴的日本帝国签订了1840年以来对中国政治、经济、文化、社会生活等方面侵占最为严重的《马关条约》，中国半殖民地化的程度大大加深了。中华民族与帝国主义之间的矛盾愈演愈烈，不可调和。中外矛盾迅速上升为当时中国社会的主要矛盾，在这种局势下，19世纪的最后五年间，义和团迅速发展，并于1900年控制了京津地区。义和团打出“扶清灭洋”的口号，意在中国大地上驱逐外来势力，恢复中国原有的社会秩序。在德国公使克林德被清军击毙后，各国以保护公使馆为名，派兵进入北京，以东江米巷(后来的东交民巷使馆区)为中心，与义和团展开了激烈的攻夺战。为了解救在京被困的西方外交官与教会信众、各国侨民，英、法、德、俄、奥、意、日、美八国组成联军，发动了侵略中国的战争。八国联军于8月16日攻陷北京，慈禧太后携光绪于前一天仓皇逃走，北京再一次落入外国入侵者的手里。
历史
拆园最烈者为八旗兵
1900年的入侵者比1860年的人数更多而且更为凶残。他们又一次展开抢掠和纵火，范围更广，持续更久。抢掠的地点包括有钱人和满洲贵族的家，掠夺者不仅仅是军队，外交人员与传教士亦参与其中。
美国传教士丁韪良在抢掠现场看到，那些掠夺者的争抢场面只能用“暴动”来形容，许多中国俘虏遭到残暴的虐待和无情的枪杀。当时一位美国作家感觉“这些中国人遭受的对待就像罗马暴君尼禄在位时期的基督徒”。具有讽刺意味的是，就在战争发动的一年前，这八国列强全都加入了1899年的海牙公约，明文禁止战时抢夺和恣意杀戮。
这一时期，新建成的颐和园和残破的圆明园也遭到了摧残。八国联军入京后，董福祥率战败的甘军北逃出京，德国马步队追击董军直至南口，此时董军已逃至怀来，德军追赶不及而返。德军部队一部分驻朗润园，英军驻颐和园，意军驻玉泉山。当冬天来临时，盘踞朗润园的德国侵略兵，窜到正觉寺拆走大殿的门窗当柴烧，砍坏佛像的鼻子，抢走寺内珍存的大量西藏进贡的锦边彩画佛像及青铜梵文大钟。与1860年的浩劫有着同样的丑行，入侵者为了分赃而成立了一个奖金委员会，并在英国的使馆举行拍卖会。
但也有专家认为，到目前为止，尚无史料证明八国联军曾经进入圆明园进行劫掠，在这一时期真正让圆明园遭受劫难的是当时清政府驻守西郊的八旗兵、太监以及地痞流氓。据王威所著《圆明园》一书记载：“城外的驻军与恶霸们活动得更凶，他们乘机大肆洗劫西郊各园的陈设，圆明园也不例外。他们将殿座亭榭及宫门和铜狮等一齐拆下来出卖，连砖瓦、石料都不肯放过。”
外国军队撤离时，京城暂时处于无政府状态，驻守西郊的散兵游勇、太监以及恶霸蜂拥闯进圆明园，再次劫掠院内陈设，大肆拆毁园内的殿堂、亭榭，盗运园内的砖瓦、木料等。其最甚者为本地土著的各旗营，曾经调驻城内，此时却都逃出城来。他们手中操着斜五排快枪，回到家中化兵为匪，自由结合，聚众大拆圆明园宫殿、砍伐树木。只一个月时间，整个圆明园内的树木及原来残存之建筑荡然无存。圆明园的西路毁于精捷营，北路毁于河北黄营，长春园毁于白旗大小营，其拆园最烈者为厢白旗小营与精捷营的八大恶棍首领。
守园太监与拆匪激烈枪战
长春园中环形的“海岳开襟”原是建在湖中双层汉白玉石园坛上的一座金碧辉煌、宏伟高大的建筑，由于船只被焚，无船可渡，在1860年英法联军之役幸免于难。光绪年间，慈禧还专门到此游幸，因此修葺一新，并由湖西岸上之“榴香渚”方亭至此添修长木板桥一道，桥侧安装红色栏杆。由于八旗拆匪扬言要拆此处，该处太监首领杨四率领四名太监，园户头目周德海也率领园户十名，日夜共同驻守。精捷营正白、正黄两旗头目扬言将于九月初七夜拆“海岳开襟”。于是杨四、周德海等人将木桥拆毁一段，堆积树枝与沙袋，修成工事，又从熙春园请来六名枪手，帮助防守，其他太监与园役也架上大抬杆枪埋伏在沙袋后面。当天夜里，近百名旗民，携带斧锯绳杠由西岸上木桥，发现桥被拆断，八大匪首喊话，责令杨四、周德海搭上桥板，否则如攻上去难逃一死。周德海一声令下，众枪齐发，当场击毙10余人，落水六七人，拆匪被迫退回西岸逃走。
至10月初，“海岳开襟”仍十分完整。后来，守方意见不一，又恐天寒结冰，无法防守，更怕敌方拆匪的报复，于是，守方人员纷纷辞职回原籍。此消息被厢白旗小营知道，该旗匪头目，常作绑票勒赎的勾当，他们已从圆明园中掠到不少财物，现在知道周、杨二人撤出，便于10月14日率60名旗民，将“海岳开襟”全部占领，撬开大量陈设箱子，将珠宝奇珍一夜抢光。硬木桌椅一类的笨重之物，又抢运了三昼夜。最后将殿宇柱子锯断，用马车运走可使用的木材，砍掉园内巨大的松树和柏树来卖钱。事实上，这种肆意的破坏让圆明园内的殿堂楼阁完全消失，那些被偷来的木材，从柱子到窗框全都拿到附近的清河镇，堆积成一座“小山”，等着变卖。即使从园内拿走的小木片和树枝都可以在市集上找到，并被人当做烧火的木柴来使用。至此，一组水中楼阁建筑群，便只剩下废墟。另外还有全部铜铸品，也是在这时被洗劫的。
万春园的西南角，有东庙和西庙，二庙相连。东庙为“敕建河神庙”，祭祀本园的河神，西庙为“惠济祠”，祭祀运河龙神。两庙前各有两根旗杆，周围有黄柏林木数百株。这两座庙与大片柏林，在1860年之役中免于火劫，保存相当完整。事后，每年二月初九与八月初四春秋大祭，均由河工大臣与圆明园总管致祭。在这次庚子劫难中，旗民蜂拥而至准备拆除发财，他们甚至为“争拆”发生冲突，进行了枪战，双方各死十余人。后经中人调停，改为合作共同拆售，售出之价由双方平分。至此二庙与大片柏林均夷为平地。
万春园中的“庄严法界”，也是英法联军毁园时的幸存者，其位置在“鉴碧亭”的北岸，入内正殿5间，东西配殿各3间，东边还有“蔚藻堂”，为南向5间，建于太湖石的高台上，也都在这次被毁。
清廷无力执掌圆明园
圆明三园被英法联军和八国联军破坏洗劫之后，一直还是作为皇家的禁园，由老太监守园看护。对圆明园一直念念不忘的慈禧太后，在她即将从西安返回北京的前夕，1901年8月28日在西安颁发了一道懿旨：命令正与各国公使谈判的全权大臣奕?，在议订和约，将颐和园、圆明园一带收回清廷后，要派得力官兵小心守护，“毋稍疏虞”。
但是，动乱后的巨额赔款进一步加重了清廷的财务压力。1904年，清朝政府正式下令裁减圆明园部分官员，撤销圆明园的总管机构，使圆明园陷入了无人管理的状态。尽管圆明园到1909年时仍然有16718人之多，“但他们大部分是以前园户的成员，包括妇女和孩童，而对圆明园来说，他们是破坏者而非保护者。
经过这次严重破坏，园内一些地方已变成芦苇连片，麦垅相望，如同田野一般。虽河湖水系依然，但因一些桥涵被破坏已部分不能度跨。除园墙、万春园宫门、正觉寺等极少处圆明园遗址原真性的景区外，其余皆已失去了1860年英法联军火烧罪行的真实物证。
1911年，清政府为把废园管理起来，决定将它附属于颐和园，由清廷总管内务府大臣世续等进行管理。(参考资料：《圆明园风云录》，穆景元著，辽宁大学出版社)
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