日本陆军的军旗历史先得从日军的士兵补充和编制讲起，因为日本陆军的军旗只授予步兵和骑兵联队，没有给师团和大队，这是因为日本实行的是征兵制，适龄男性都得服兵役，一个市的男人编成一个联队，这个联队的补充兵都来自这个市。而联队所在地是几乎不会换的，但是师团下属的联队经常会换，所以日本把全国划分成了几十个联队管区。
抗战爆发前，每个联队管区只有一个步兵联队，这些步兵联队构成了日军的常备师团。当时每个步兵联队对应唯一的管区，所以那个联队也可以用编成地点命名，比如步兵第7联队的编成和补充担当地为金城，所以步兵第7联队又称金城联队。
但是随着抗战和太平洋战争的爆发，日军开始大规模动员征兵，每个联队管区就要出不止一个联队，金城又编组了步兵第107联队等部队，所以金城联队就成了在金城编成的一系列联队的总称。每个联队从成立开始，补充兵来源地就是固定不变的了，所以联队是日本陆军部队不会发生下属变动的最大单位，所以军旗只颁发给联队就是顺理成章的事情了。
日本的军旗样式经过多次变迁：1870年5月15日，日本政府颁发《太政官布告第355号》正式颁布陆军军旗的名字为“陆军御国旗”，制式为长4尺4寸（约1.33m）、宽5尺（约1.51m）的十六芒旭日旗。1874年1月23日，明治天皇在日比谷演练场亲自把第一面“陆军御国旗”颁发给近卫步兵第一联队和近卫步兵第二联队。这是日本陆军第一次拥有“军旗”。
到了1879年12月2日，日本政府又颁发《太政官布告第130号》，废止“陆军御国旗”的名字和样式，改成“军旗”颁发给步兵、骑兵、炮兵部队，其中步兵联队的军旗样式为长2尺6寸4分（约0.8m）、宽3尺（约0.91m），旗杆顶为黄铜镀金的3双16叶菊花纹章，旗杆为涂黑的?木，旗面为紫色丝绸制作，外面围绕一圈平织的紫色的金线穗，旗面颜色为白色，十六芒旭日章为红色，右下角用白布标注有联队的番号。后备步兵联队的军旗样式除了旗面和流苏颜色为红色，十六芒旭日章颜色为金色外，其他和常备步兵联队军旗一样。由于当时日军骑兵只有大队没有联队，所以当时颁发的是骑兵大队军旗，骑兵、炮兵部队军旗除了长宽均为2尺1寸（约0.64m）以外，其他样式和常备步兵联队军旗完全一样。
1885年1月10日，炮兵联队的军旗废止，所有炮兵军旗被收回。1896年11月18日，骑兵大队全部改编为骑兵联队，骑兵大队旗全部换发为骑兵联队旗。至此，日本陆军只有步兵和骑兵联队才有军旗，所以也称“联队旗”。日本陆军步兵军旗式样图 左：日本陆军常备步兵联队军旗。右：日本陆军炮兵，骑兵联队军旗
天皇分身：军旗在日军中的地位
联队旗在日军中有非常崇高的地位，每个联队成立时，联队旗必须由天皇在皇宫里亲自授予联队长，而且还有一番天皇问话和联队长答话的仪式。问答仪式从明治天皇授予近卫步兵第一联队第一面旗帜时就已经有固定的形式，不过成为规定的仪式却始于1926年10月21日颁布的《皇室仪制令》中的《军旗授予之仪》，其中规定联队长必须身着大礼服，在皇居中拜见天皇，由天皇下达“?语”，然后联队长“奉答”。授予步兵第三十六联队旗时天皇和联队长的?语和奉答
这一套仪式是为了表示这支部队是“天皇亲率”，所以联队旗随部队出征就相当于“天皇分身”，所以日军联队把军旗看得十分重要，有专门的护旗班，保护联队旗不能受到任何伤害，而且规定军人在见到军旗时要像面见天皇时那样敬礼。作战时，联队旗必须随联队本部一起出征，但是危机时刻可以放在师团部。到万不得已部队被全歼或者必须投降时，联队旗必须烧毁，旗杆顶的天皇家徽必须深埋。
不过还是有一次例外，西南战争中，1877年2月22日，政府军和西乡隆盛军在田原坂附近激战。其中政府军的步兵第14联队旗手河原林雄少尉战死，“陆军御国旗”被西乡军夺取，虽然之后政府军夺回了这面军旗，但是为此损失很多兵力。于是日军规定，由于不可抗力损失的军旗，会在损失后第二年的1月21日重新发给，陆军联队撤销编制后，军旗撤回到陆军省保管。尽管如此，日军还是视军旗被抢为最大的耻辱，在整个抗战和太平洋作战期间，日军军旗没有一次被抢。西南战争中日军步兵第14联队军旗夺回的浮世绘
正是由于这一特点，一个日军联队烧毁联队旗时（日军称之为“军旗奉烧”），往往会被人们认定为此联队被全歼之时。但是由于军队在行军和作战时，军旗会被放在一个黑色的布口袋中，而丝绸做的旗面不可能不受到损害，所以很多久经沙场的联队的军旗往往破损到都只剩下外面那圈流苏，但只要还能悬挂，日军都会一直使用。抗战爆发前日军步兵第三十五联队军旗
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