所谓“大内档案”，是指存放在紫禁城内阁大库的档案。清代内阁，在雍、乾之前，为国家庶政中枢，雍、乾之后，虽军政大权旁落军机处，但仍为清帝承宣谕旨、进呈题奏、举行典礼及收藏档案文书的重要机关。其所属内阁大库是明孝宗时修建的，清朝继续延用。库内的档案材料十分庞杂，有诏令、奏章、朱谕、外国表章、历科殿试卷子以及其他文件，还有清初由盛京移来的旧档、部分明末档案，是研究明清历史的珍贵资料。清时就被人们视为秘藏之物，甚至“九卿、翰林有终生不得窥其一字者”。王国维说：“三百年来，除舍人、省吏循例编目外，学士大夫，罕有窥其美富者。”
1898年(光绪二十四年)，大库由于年久失修，渗漏严重，内务府决定修缮。议工期间，值八国联军入侵，事遂停顿，一拖十年。1909年(宣统元年)，有一个库房塌了一个角，其他库房也很危险，必须马上修缮，库内几百万件档案被搬了出来。一部分年代近一点的档案移至文华殿，另一部分被认为年代久远，没什么大用处的，准备焚毁。
这事被著名考古学家罗振玉知道了，罗当时为清朝学部参事。一天，他赴内阁办事，见库垣中档案文籍如山。顺手取来一束，打开一看，是关于督漕的奏摺，又打开一份，是一份征金川的奏摺，都是颇有价值的。他赶紧请张之洞奏准罢毁。张当时是大学士、军机大臣，兼管学部，他就委派罗振玉处理这批档案。罗将其中一部分主要是历科殿试卷收藏于学部后楼，其他档案装成了八千麻袋，移到清王朝所称太学的国子监敬一亭里。
辛亥革命爆发后。北洋军阀政府在1912年打算建立历史博物馆，就在国子监成立了筹备处，内阁档案是它的基本藏品。后来，博物馆筹备处迁到故宫午门楼，档案也随之移至午门外朝房里，并有一部分堆在端门的门洞里。
这些麻袋仿佛常常减少，工役们不是国学家，所以他们将里面的宝贝倒在地上，单拿麻袋去卖钱。当时任历史博物馆筹备处主任的胡玉缙，曾经是京师大学堂的教授，他深怕这些麻袋缺多了，更怕着火，所以忙到教育部请示如何处理这批档案。
教育部专管这类事情的是社会教育司，司长叫夏曾佑，是位历史学家，熟于“中国历史”。他知道，中国的一切事，是万不可“办”的，即如档案罢，任其自然，烂掉、霉掉、蛀掉、偷掉，甚至于烧掉，倒是天下太平；倘一“办”，那就舆论沸腾，不可开交了。结果是办事的人成为众矢之的，谣言和谗谤，百口也分不清。所以他主张这个东西万万动不得。就这样，在“办”与“不办”之间，拖拖拉拉，“麻袋们”安稳地躺了好几年。
1918年，傅增湘当上了教育总长，开始整理这批麻袋。鲁迅说，当时之所以要着手清理是因为有人“以为麻袋里定有好的宋版书——海内孤本”。麻袋中也确有宋版书，傅增湘是有名的藏书家，他在《藏园群书题记》中有这样的记述：“余于戊午(一九一八)长教部时，发敬一亭所庋内阁红本麻袋，拣出宋残本数册，命储之历史博物馆中。其散落于厂市者，李椒微收到数册，余亦收得二册。”宋版书当时的价格已是一页一两黄金了。
奉这位傅总长的指派，时任教育部佥事的鲁迅和另外一人，搬了二十麻袋到教育部。回来后，他们俩就奉命在其中寻宝。随后又搬了若干袋。搜拣过程中，教育部官员们经常在故纸堆中来往，有时将桌上拣出的东西拿走，送还时，往往比先前少一点。有的则边检查边塞到洋裤袋里。以后又清理了几次，反正不少人来“顺手牵羊”。一些工役们也手持长棍，搅着，拾取些黄绫表签之类的东西。
“麻袋们”的厄运并没有结束，接着就开始一次次被倒卖。1921年前后，北洋政府财政艰窘，政府各部门自筹款维持。已有几年支不出薪水的教育部就把这批麻袋作为废纸，称了称，大约15万斤，以银洋4000元拍卖给了西单同懋增纸店。纸店搜拣了一部分档案出售，大部分准备运到唐山、定兴去作“还魂纸”。
深知这批档案价值的罗振玉当时在外地，有事来京，见市肆上有高丽国王贡物表，识为内库档案之物。他打听到这批档案的下落，以两倍的价钱，把这批档案买了下来，并准备了书库储存它们。罗振玉从中淘出一些珍贵秘稿史册，择其珍件汇刊成《大库史料目录》六编，《清太祖实录稿》三种。
此时的北洋政府财政状况比前几年稍好一些了，看到档案中颇有油水，又欲从罗手中购回这批档案。清史馆也想要，海外也在窥伺。罗振玉均不允，1924年，罗将它倒卖给了上文中提到的李椒微，即前驻日公使、曾任民初新参议院议长、又是大藏收家的李盛铎。价格是1.6万元，分量约12万斤。
李盛铎又在里面淘了一次，捞出了不少珍奇东西，并将其中6万件给了溥仪。但他也没有力量把所有麻袋都检视一遍。1928年李盛铎又以1.8万元转卖给了中央研究院历史语言研究所。此时的档案约10万斤，搬来倒去，十分杂乱，完整的约五分之一。历史语言研究所又从中选择、编辑出版了《史料丛刊》和40册明清史料。抗战前夕，该所将部分档案携至南京，几经周折，又迁到台湾。剩下的大约5万斤，约1700麻袋，为中国第一历史档案馆财产，仍存放在午门楼上。这1700个麻袋一直躺到新中国成立。这批“吃之不得、弃之可惜”的“宝贝”也让新中国有关部门和专家无奈了好几年。直到1958年，国家档案局成立3年多了，认为不能再让麻袋们睡大觉了。由于事关重大，国家档案局于当年3月份给国务院写了报告。几天以后，国务院副总理兼秘书长习仲勋批示，同意清理。
大规模的清理分两次进行，第一次清理从3月12日开始。承担清理任务的是档案局的全体共青团员，他们提出利用业余时间，奋战百日完成任务。为了保存资料，记录在案，清理过程拍成了电影。
清理工作十分艰苦。这批麻袋堆在午门楼上快30年了，积满了灰尘。“呼啦”打开一袋，灰尘扑面，连呼吸都困难。不少档案已霉烂成团，发出一股股腐臭的味道，而且还掺杂着破布烂草、烟盒、席片，这都是当年一块儿扫进麻袋的。当然也发现了不少有价值的东西，如明崇祯年间的科抄、行稿，清太祖努尔哈赤实录的修改稿残档。这次清理得到了齐燕铭、吴晗、王冶秋、吕振羽、翦伯赞等专家学者的肯定。为了避免造成损失，专家们建议再复查一次。
第二次清理用了三个多月，参加的人员更多，有国家档案局的干部，全国档案学习班的学员，北京艺术学院的学生，还有北京市22中、23中、31中、43中的高中学生。
这次清理更加细致，对那些零片、碎片、残件都没有放过。最后，把清除的残件进行了分类，装成三百多袋(完整的不到十袋)，其中以吴三桂的题稿和郑成功抗清的敕谕最有价值，其余的有1300多麻袋都为废品。
1958年9月25日，国家档案局给国务院写了清查报告，并提出具体的处理建议，拟将三百余袋有价值的进行整理，大部分废品予以销毁。国务院领导同志当天即作了指示：“同意照办。原销毁的1358袋中，如果学校、研究机关有愿意拿走一部分作为标本的可以赠送。”
至此，这经历了半个世纪的“八千麻袋大内档案事件”终于完结了。这批整理成卷的档案，存放在中国第一历史档案馆里。
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