1644年春，李自成率领的农民起义军从西安经山西直捣北京，走投无路的明崇祯皇帝逼周皇后在坤宁宫自缢后，又用剑砍了袁贵妃和女儿长平公主，并对三个儿子：太子慈?、三子定王慈灿、四子永王慈焕作了吩咐，让他们投奔外祖周奎家，然后“混迹民间，见老者称之日翁，壮者称之日伯叔，幸而不死，为父母报仇。”安排完毕后，在煤山东麓的一棵古槐树上自缢而死。当时太子慈?16岁，定王慈灿13岁，永王慈焕12岁。李自成进北京后，没有杀死这三个孩子，反而还把太子封为“宋王”，让一个姓杜的将军予以照管。吴三桂勾引清兵入关，李自成率农民军和吴兵、清兵大战于山海关，打了败仗，然后迅速撤离北京。即使在这种情况下，也没有杀死崇祯帝这三个皇子。清兵占领北京后，太子慈?被其外祖父周奎献于清廷，清廷借口说太子是假冒的，杀死了太子。并且把证明太子不是假冒的15个人也全部杀死，而说太子是假冒的人都活了下来。1644年6月明朝在南京的官员拥立了福王朱由崧为帝，改年号为弘光，这时也有一个太子投奔南京，引起了南京政权的内讧。这个太子据说才是假的，是清朝派去的“谍者”，借以引起南京内讧，使弘光政权早日垮台。
李自成的农民起义军撤离北京后，永王慈焕被李自成部下一个姓毛的将军带着逃到河南，他们卖了战马，买了耕地，准备种地为生，但是由于清朝查捕起义军风声很紧，毛将军自顾不暇，只好扔下慈焕又南逃了。慈焕当时只有13岁，自己便从河南往东南流浪到他祖先朱元璋的故乡安徽凤阳。凤阳有一个姓王的乡绅，在明朝时作过谏官，了解到永王的身世，收留了他，并且让他冒充自己的孩子改名叫王士元，和自己的孩子同窗读书，慈焕十八九岁时，王乡绅病故了，他就又离了凤阳，流落到江南，因无所依靠，便到一座小庙里落发为僧，苟延岁月，偷生度日。后来又流浪到浙江余姚的一座古庙里安身。有一日一个姓胡的乡绅来到此庙，和慈焕的闲谈中，发现慈焕知书识字，颇有才学，便说：“子有如此才学，何为流于空门?”于是把他带到自己家中，改换衣帽，边耕边读，后来又把女儿嫁给了他，慈焕便在这里住下来，主要靠教书维持生计。过了些年，又通过朋友的介绍到山东张岱霖等人家中教书，到山东后改名叫张用观，他小心谨慎，唯恐暴露，所以在山东时，和李方远等人认识了二十余年，李家只知道他是浙东名士张老先生，连他在浙江时名叫王士元也不知道，当然更不知道他叫朱慈焕，是先朝的皇子了。
清朝在北京定都后，明朝抗清的南方政权相继有弘光、隆武、鲁监国、绍武、永历等政权。明朝的遗民有这些政权作为抗清的旗帜，自然不必再去寻找遁迹民间的皇子。直到1661年南明最后一个抗清政权永历政权被吴三桂消灭，清朝也进入了康熙时代，思念明朝的人才打出“朱三太子”的旗帜，所谓朱三太子仅是清康熙年间的人怀念明朝后代的一种通称，不一定确指是谁，称朱三太子乃是因为崇祯末年见存的皇子有太子、定王、永王三人。根据《清实录》、《东华录》等书记载，康熙朝破获和朱三太子有关的案件就有多次。例如康熙十二年十二月二十二日杨起隆以“朱三太子”名义在京城纠众反清，并建广德年号，但旋即失败。失败后，杨潜逃。直到康熙十九年在陕西汉中、兴安一带又有一个自称朱三太子的人，秘密进行反清活动。但清廷并未能将该人捕获。

康熙十六年三月二十日夜，漳州人蔡寅打着“朱三太子”的旗号，率“白头军”数万人起事，然后活动于南靖、长泰、同安等县山谷间。
康熙十六年六月河南柘城有人诈称明皇子起事。
康熙十八年八月受命平定三藩的定远平寇大将军、安亲王岳乐在湖南武冈州枫木岭俘获了传说中的明太子，十二月岳乐奉旨将明太子解送京师，加以杀害。
康熙三十八年，康熙帝南巡从杭州归途经过南京谒明孝陵后，谕大学士等：“访察明代后裔，授以职衔，俾其世守祀事。”这是公开物色明后裔，授一官职的开始。顺治年间，清兵全力对付南明诸政权，无暇顾及逃匿民间的皇子，康熙年间，南明政权已相继灭亡，遗民归心明代皇子，不断以“朱三太子”名义起事，清廷也开始加紧物色。所以当时康熙这样的上谕，无非是使海内闻风，或有自投罗网的明裔，诱之以利翦除。因此诸臣奉谕后，隔五个月才复奏：“明亡已久，子孙湮没无闻，今虽查访，亦难得实。”后来康熙三次南巡，皆祭明孝陵，但再也不提访察和授职一事了。
康熙四十四年前后，江苏太仓一念和尚和浙江大岚山张念一、张念二等又以“朱三太子”名义打出反清复明的旗号起事，分别活动于江苏太仓和浙江嵊县、慈溪、上虞等地，清廷一方面进行武装镇压，一方面从浙江、江苏到山东、河北，从南到北进行搜捕朱三太子，清廷因“匪类称朱三甚多，加紧搜捕，使无辜牵连颇广”。慈焕“从四十四年起就在各处逃匿，外边人所行不法也有知道的，也有不知道的，但从没有非分之想。”四十四年七月又将家眷搬到湖州府长兴县。清廷在审问起义首领张念一等时，张也说：“并不认识朱”，“原是假他名色，以鼓动人，委实不认识。”康熙四十五年十一月朱三太子在浙江湖州府长兴县的女眷妻、女、儿媳六人在搜查中被捕前全部自缢，六命俱尽，三个儿子、一个孙子被捕，只有慈焕本人和另外两个儿子逃往山东，靠在乡绅家教书度日。
康熙四十七年二月十五日康熙帝派户部侍郎穆丹前往浙江会同地方督抚镇压，临行，帝谕：“务须决断，毋得柔弱”，“朱三太子及其子着速追拿”。在这次从南到北的大搜捕中，牵连到不少无辜的人，在康熙四十七年四月初三，终于在山东汶上县捉住寄食教书的朱三太子即“王老先生”及其二子。经过户部侍郎穆丹和闽浙总督梁鼎、两江总督邵穆布、浙江巡抚王然、江苏巡抚于准、浙江提督王世臣等封疆大吏的审问，并未发现什么问题。这时康熙下旨说：“朱某虽无谋反之事，未尝无谋反之心，应拟大辟。”“将朱某带至京中，问明正法。”

康熙四十七年十月初，朱三太子即王士元父子被解至京城，清廷因“传唤明代年老太监俱不认识”，以“明系假冒”，将朱三凌迟处死，其子五人也被斩首。明朝灭亡到康熙四十七年，已过了六十五年，永王慈焕在明亡时只12岁，到康熙四十七年已是穿戴清朝服饰的76岁白发衰翁，纵有旧太监，至多年龄也和慈焕相仿，如何解辨认出65年前十几岁孩子的真伪呢?清初以“朱三太子”名义起事，耸动天下，前后达六十年，尽管这位76岁的老人隐姓避祸，教书糊口，并无不法行为，当有人以他的名义起事时，他又东躲西藏，并未参加任何反清活动，但是，单单听到他的名字和身世，就会使清统治者如芒刺在背，寝食不安。因此，这位无辜的老人被凌迟处死，全家老幼均遭杀害。
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