⒈早年
练胆石 俞大猷出身于下级军官家庭，祖籍安徽凤阳，始祖俞敏跟从朱元璋打天下，以开国功臣袭泉州卫百户官，至其父俞元赞已历五代。俞大猷自幼家贫，靠母亲杨氏编发网和亲友资助，寄居清源山水流坑村，勤学不辍。五岁时即在家乡河市入塾读书，拜几位当地名士习文。十岁随家迁居泉州城内北隅（其遗址即今泉州侨中），与邓城、汤克宽等读书于清源山清源洞。十五岁进文秀才，与李杜、薛南塘、史文斋、史礼斋等十余人继续读书于清源山紫泽书院，并习武于清源洞，人称十才子。清源山至今遗有其练胆石（为练胆量，常登巨石下跳），现在泉州清源山虎乳泉畔下，旁有其自书“君恩山重”四个大字。
其时泉州社会的闽学氛围炽盛，俞大猷先后拜王宣及林福、军事家赵本学等人为师，学习《易经》与兵书，皆得三家所长。后又从师精通荆楚长剑的同安南少林高手李良钦学剑（棍）术和骑射，达到了“剑术天下第一”，跨马而骑，引弓飞矢，百发百中的境界。
王、林、赵三人均为当时泉中名师，且是明代前期闽学著名代表人物蔡清之弟子，从蔡清学过《易》。王宣以《易》论古今治乱兴衰之迹，林福以《易》明心性忠孝仁义之奥，赵本学以《易》衍兵家奇正虚实之权，著有《韬钤内外篇》和《孙子注解》。俞大猷对三师之意均能默契神会，融会贯通，尤能阐其所未论。在师承关系上，俞大猷乃名儒蔡清之二传弟子。正是由于年轻时奠定扎实的儒学理论基础，使俞大猷日后成为明代独树一帜的名将，不仅有杰出军事家的思考领域，而且有杰出政治家的思想远见，故上司谭纶曾称赞他有大将才。
⒉出仕
嘉靖元年（1522），俞大猷二十岁时，父爱松死，家贫，被迫弃儒就武，袭世职百户，但并没有因此而中断学习仲尼之道，而是拨冗继续向理学名师虚心请教，或与同心旧友相互切磋，这在他与师友往来的书信中有着记载。即使蒙冤身系诏狱，俞大猷仍与同狱难友相互赋诗，讲理言事，张扬慷慨，一如平时。尽管戎马生涯十分紧张，但俞大猷对当时闽学和王学两大学派的激烈论战一直十分关注，积极直抒己见。
嘉靖十四年（1535），俞大猷参加全国武举会试，写了一篇名为《安国全军之道》的策论，深受兵部尚书毛伯温的赏识，获第五名武进士，由承袭百户世职，升署正千户，守御金门所，放粮救济饥民，被称为“俞佛”。
金门是明代海防前哨阵地，洪武年间筑城，取“固若金汤”之义。莅任之后，俞大猷加强练兵与海防整饬，使得金门守备森严，沿海盗匪却步。他在旧城训练部队之暇，常到背城面海的城南对海胜地南盘山观海抒怀，在石壁上题刻“虚江啸卧”四个大字。后人作歌曰：“啸于斯，卧于斯，流芳百世肇于斯。”赞美俞公报效国家民族的宏大胸怀。石刻与文台宝塔相距约30米，现列为第二级古迹。“虚江啸卧”又叫“啸卧栖云”，是“金门八景”之一。俞大猷离开金门二十年后，他的门生杨宏继守金门，特借此构石为亭纪念老师，称为“啸卧亭”，并题联于亭柱上曰：“啸喝气雄吞宇宙；卧休神隐静风波。”
金门因是海岛，向来民风“剽悍嚣张”、难以治理。俞大猷主张文明建设海疆，他到金门后，微服走访乡老，并到泉州聘请名师办好书塾，“导以孝让，申以诗书”。百姓发生诉讼，他都倾心听取，让各方心平气和，讲明事实，然后教诲他们明白是非曲直。俞大猷在金门任职五年，百姓再没有官府诉讼，官府也不曾随意缉拿一人。
时倭寇为患，俞大猷向监司上书言事，陈述破敌良策，不被采纳。监司曰：“小校安得上书！”将其杖责革职。后来尚书毛伯温欲征安南，俞大猷“复上书陈方略，请从军”，颇为毛伯温赏识。因停止征安南，故也未曾召用。
金门人为表达对俞大猷的感激之情，在嘉靖四十三年（1564）特地为他建造生祠，请金门后浦进士许南洲撰写《都督俞公生祠记》。碑石竖在旧金门城关帝庙侧，现移至金门酒厂路旁。碑高2.48米，宽0.99米。上面列名的还有广州守备杨宏举，掌金门事、泉州卫指挥使王国桂等。碑文如下：
都督俞公生祠记
金门所生祠一区，所各官暨耆士为都督俞虚江建也。公昔视师金门所，卑尊长少，举欣欣然，爱若父母，相与亭而碑之，假笔于余季父西埔翁，颂德颂公垂不朽。其迁而去也，以指挥佥事备汀、漳，以都指挥佥事署钦、廉，以右参将守琼州，左参将镇温、台、宁、绍，以副总兵督金门，以都督佥事总制直、浙，仍准都督同知。寻调大同，转南赣、漳南、岭东。兵辙马迹，半生戎马，卑尊少长，动辄思公。闻有自公左右回者，相率询问，欣跃如见，累欲卜地构祠而俎豆者矣。适本所视篆千户，今升指挥扬宏举，行都司邵君应魁，相与赞其成，嘱作为之记。
余昔览太史丰公《定远生祠记》、乡士薜子《虚江官绩录》，知公驭众之道，克敌之勋，与夫学术之大，德履之醇，所以余为致身之干，昭昭在人耳目，复奚庸赘？唯本所之人，所以祀公之意而方曰：凡人相与，在则感，去则忘。故夫豪杰之士，将所去则恢于天下，欲使人知感，不能使人兴去一之思；能使人见思，久而不忘，其必湛思汪想，足鼓人心，而肤功煊赫，足系人望焉者也。
公为金门御而公廉，孚以恩信。有荆楚剑法以教士卒，有诗书礼乐以育英才，有圣训规条以帅父老子弟行乡约。乃今甲胄之士，人人公侯心，而白皙青衿，间亦崭然露头角。公之教也，斯不亦湛思汪想，足鼓人心乎？至其守汀漳，而山海剧寇一鼓不歼；守钦、廉而复交黎，异在俯首归顺；镇直、浙而积岁倭患指日汛扫；调大同而鞑虏毙歼，矢石至，只轮不远。它若张琏之乱，莆阳之变，惠来之警，亦次第廓清。斯不亦肤功赫，足系人望乎？夫其恩足鼓人心也，是故人知感而碑竖焉。公其功足系人望也，是故人不忘而祠建焉。
昔羊叔子守襄阳，百姓为建碑，望者罔不出涕。狄梁公为魏州刺史，百姓为之生祠，过者俨然，岂不足颂甘棠之爱？然见碑坠泪，不过一时感触，岂若岁时有祀，致爱致悫之为有常也。过庙肃恭虔，亦其一方一隅。武平、定海等处，在在有碑有祠，吾又不知其孰为感也。以此观之，则世谓古今人不相及，殆未为通论也。
公名大猷，字逊尧，原籍直隶凤阳霍丘县人，世泉州卫前所百户，以魁武科授正千户，累迁都督同知，虚江其别号云。
嘉靖甲子冬十月吉 赐进士出身南京户部山东清吏司立事同安南洲许廷用撰。
⒊征战
战大同、广西
嘉靖二十一年（1542），俞大猷提升都指挥佥事。
冬，蒙古鞑靼部首领俺答汗入侵山西北部，朝廷诏谕天下，选举武勇之士。俞大猷报名应选，毛伯温介绍俞大猷给宣大总督翟鹏。俞大猷到大同，率军拒敌。“东路将军欲为马革裹，西路将军欲为铁锄埋”（俞大猷《饮马长城窟》），北边寒冬征战艰辛惨烈，将士视死如归。但翟鹏并未重用俞大猷，俞大猷辞归。毛伯温荐俞大猷任汀漳守备。俞大猷慨叹：“何日扫清俺答尘，复当饮马长城窟”（俞大猷《饮马长城窟》）。
嘉靖二十六年（1547），俞大猷在汀州府击溃海贼康老等，俘获300人。因功擢广东都司佥事。
时新兴、阳春、恩平一带侗民屡叛，总督欧阳必进以平定侗民事付俞大猷。俞大猷亲带数人遍诣诸侗民，晓以利害祸福，侗民畏服。侗民中有苏步青者，力能格斗猛虎，为叛乱首恶，俞大猷格杀了他，招降渠魁，数邑得以安宁。
嘉靖二十八年（1549），右副都御史朱纨巡视福建，荐俞大猷为备倭都指挥。适安南都统使莫福海卒，其子宏?、正中互相仇杀；其大臣范子仪妄言宏?已死，迎正中归国，趁机剽掠钦、廉诸州，岭海骚动。欧阳必进奏留俞大猷讨贼。俞大猷率军“追战数日，生擒子仪弟子流，斩首千二百级”。传檄莫宏?杀范子仪函首来献，外患平息。严嵩抑其功不报，仅赏银五十两。
是年，琼州五指山黎民那燕，唆使感恩、昌化诸黎共反，欧阳必进檄俞大猷讨之，朝议以俞大猷任崖州参将，会同广西副将沈希仪诸路军围剿。俞大猷对欧阳必进言：“黎亦人也，率数年一反一征，岂上天生人意？宜建城设市，用汉法杂治之。”欧阳必进采纳其议，俞大猷遂单骑入峒寨，与黎民约法，招降3700余人，海南遂定。
浙东抗倭
元末起至明嘉靖年间，东南沿海地区倭寇活动十分猖撅。倭寇源自日本南朝。十四纪末叶，日本北朝的足利氏征服了南朝，统一了日本。南朝一批失败后的武士流亡海岛。他们勾结一批商人和破产农民，流窜到中国沿海，名义上是做生意，实则走私和掳掠，无恶不作。至明中后期，倭祸严重，江浙首当其冲，受害最烈。倭寇与东南大陆当地不法分子相勾结，严重威胁人民生命财产安全。为消灭倭寇，明朝从嘉靖二十六年（1547），开始委派官吏，加强海防，展开抗倭斗争。
嘉靖三十一年（1552），倭寇大肆侵扰浙东沿海。由兵部推荐，诏移出身贫寒、靠战功擢升为广东都指挥佥事的俞大猷从广东带兵到浙东、苏南平倭，受命为宁（波）台（州）参将。
当时，倭寇已破宁波昌国卫、绍兴临山卫，转掠松阳，不到一个月，竟连袭浙东大部分地区，所到之处，烧杀抢夺，无所不为，根本没有把明军放在眼里。俞大猷到任后，立即派出小分队进行侦察，发现倭寇的流动性非常大，今天在此地，明天又在彼地，其主要接应的方式是战舰随行，每到一处就下舰登陆，抢掠后乘舰而遁。浙东地区地势复杂，水路又多，自然给明军的追剿带来了很多麻烦。在分析敌情后，作为一个智谋出众的军事将领，俞大猷认为明军主要的战术不应该是尾随追击，那样只能在倭寇背后打转转，总也追不上。最好的办法是清理河道上的敌舰，令敌回救，然后以重兵逐之下海，边逐边击，并事先在沿海布下舟师，形成包围之势。有人表示反对，说如断倭退路，必定会使倭寇全力内袭，攻入腹地，为患甚重。俞大猷据理力争。他说：倭寇毕竟是入侵之敌，他们之所以敢来犯我疆土，乃仗着舟舰可载其逃，一入海就无法追赶，所以他们从来都只在沿海骚扰，如果他们深入内地，和海上失去联系，就如丧家之犬，必被我大军全剿。因此，只要灭其战舰，其必返救，一救则正入我彀中，正应兵法攻其必救，如何不胜？俞大猷的方略受到了上司的支持。他被授权调集福建沿海的明军舟师，以福建制造的楼船分布沿海岛屿，伺机率领精锐部队沿河道突袭倭寇战舰。
嘉靖三十二年（1553）三月，俞大猷率闽中楼船突击普陀山的倭寇新巢。时徽州人王直勾结倭寇进犯镇海关，遭到明朝守军的反击，退据金塘岛，集聚于沥港。由于金塘岛形势险要，官兵一时难以攻克。次年三月，浙闽提督王抒缜密地侦察金塘岛地形后，制订了周密的作战计划，遣参将俞大猷从沥港正面进攻，参将汤克宽从西堠门堵住倭寇退路，采用两面夹攻的战术，配合戚继光、邓城等将领，以福建楼船战于宁波、绍兴、松阳诸郡，焚舟数十艘，斩俘敌千余人，一显楼船的威力。这场战斗也是舟山抗倭历史上首次大捷，影响深远。为此，俞大猷把沥港改称为“平倭港”。当地百姓为了褒扬俞大猷抗倭的业绩，又在沥港建立了“平倭碑”，以供后人瞻仰。（该碑现为市重点文物保护单位。）王直等余贼逃遁，俞大猷竟遭停俸。
果然，窜入陆上抢掠的倭寇，不得不回军营救战舰，并拼死突围与海上战舰会合。明军按照俞大猷的布置，陆地的张经军队举帆出海追击，与埋伏在海中的俞大猷舟师，在松江一带形成前后夹击的合围圈，聚歼逃窜之倭寇，取得了抗倭史第一次大规模的胜利，俞大猷才予俸如故。
嘉靖三十三年（1554），倭寇据宁波普陀，俞大猷率将主攻之，寇突出，杀武举火斌等三百人。俞大猷坐戴罪剿贼，不久败贼于吴淞所。诏除俞大猷前罪，代汤克宽为苏松副总兵，击贼于平望，再战于六金坝，皆大捷，斩首三千级。寇犯金山，俞大猷所率将卒不及三百人，征集诸路兵未至，战失利。倭寇2万屯松江柘林，闽浙总督张经促战，俞大猷坚持不可。待永顺、保靖兵至，乃从张经大破贼于王江径，取得抗倭战争以来的最大胜利。功为严嵩义子、工部尚书赵文华、浙江巡抚胡宗宪攘为己有，张经反被加“养寇失机”罪名，入狱后被害。俞大猷也受降职处分，“以金山失律加罪之，谪充为事官”。
嘉靖三十四年（1555），新倭犯苏州陆泾坝，直抵娄门，败南京都督周于德兵。俞大猷在旧职被革除的情况下，以国事为重，以戴罪之身，披肝沥胆，偕副使任环，大败贼于陆泾坝，焚贼舟三十余艘，又拦击其自三丈浦出海者，沉其舟七艘。继又破贼于吴江莺?湖，贼走嘉兴三板沙，掠民舟将遁，俞大猷追击于马迹山，生擒倭寇首领金泾和许浦，白茆港之贼俱逃出海，俞大猷再追击于茶山，焚５舟，击坏及覆没者无数；俞大猷及佥事董邦政分路追击，再获9舟。一月之间，将浙东陆上倭寇打得东逃西窜，令倭寇闻知俞大猷的名字就心惊胆寒。
余贼三百余，登崖走据华亭陶宅镇，屡败赵文华等大军。贼寇在柘林纠集40余艘船，情势危急，而巡辅曹邦辅劾俞大猷纵贼，帝怒，夺其世荫，责令立功自赎。无何，俞大猷偕副使王崇古入洋追贼，焚巨舰8艘，斩获无数。
初以倭患急，朝廷特命都督刘远为浙江总兵官，兼辖苏、松诸郡，数月间无所作为。廷臣争言俞大猷军事干才，遂于嘉靖三十五年（1556）三月罢刘远，以俞大猷代浙江总兵官。俞大猷在西庵、沈庄、清水洼、黄浦等战役连获大胜，诏还世荫，加都督佥事。继败盘据舟山之贼。
浙东平倭之战，应该说是俞大猷战斗生涯中最辉煌的一页。他“先计后战，不贪近功”，充分掌握敌人的活动规律，抓住其致命要害的劣势，充分发挥自己的优势，运用机动灵活的战略战术，“攻其必救”、 “围而歼之”，展示了其出色的指挥才干和杰出的谋略智慧。
其一，先摸敌情后定计策。他走马上任后，不是急匆匆与倭寇交战，而是设法摸清倭寇的活动规律，了解倭寇的长处与短处，找到敌人的弱点后，再定下“攻其要害”的破敌之策。倭寇的优势是海上泊有的战舰，机动能力强，能迅速帮其从海上逃窜。但是战舰是其优势也是其弱点，没有了战舰，倭寇就无法迅速从海上逃遁。所以，俞大猷制定出先打敌舰、 “剿敌灭巢”的策略，攻打敌舰就如同攻打敌人的巢穴，正是击中了倭寇的弱点，迫使倭寇进入自己设下的圈套。
第二，海上设伏断敌退路。倭寇的唯一退路，就是从海上逃走。所以倭寇在登陆侵袭时，除了停泊在海边的战舰外，常常在海中留有接应的战舰。这样可以进则袭四面八方，退则入无垠大海。俞大猷考虑到如要大力杀伤倭寇，必须在敌舰背后埋伏一支舟师，在敌寇逃窜时，截住逃敌，与陆上追击逃寇的明军形成合围之势，两面夹击倭寇，当然能重创倭寇。
再战大同
嘉靖三十六年（1557），加署俞大猷浙江都督同知。
俞大猷的顶头上司、由巡抚而总督胡宗宪欲图倭寇首领王直，用卢镗言，将与通市，俞大猷力争不可。胡宗宪将王直的母亲和妻儿弄到杭州，企图劝王投降，王原则上同意，但要求胡派一人来岛作人质。王来见胡，结果被巡按御史王本固逮捕下狱，岛上王的养子毛海峰闻听消息，遂把胡派的人质“支解”，并率列党五百人占领了岑港。俞大猷本来就反对这个作战方案，但事到如此，不得不跟戚继光等人去奉命攻打，直到第二年七月仍攻打不下，将士多死伤，而新倭复入沈家门。
嘉靖三十八年（1559），贼泛海流劫闽广，占领福建泉州浯屿，御史李瑚一再上奏弹劾胡宗宪纵贼，胡怀疑是俞大猷为其同乡李瑚提供了军情内幕，故奏上一本，委罪俞大猷，说岑港之败，完全是由于俞大猷的作战不力。帝怒，逮俞大猷系诏狱，再夺世荫。锦衣卫陆炳知俞大猷冤，为通关节，送钱于严世蕃，大学士徐阶亦为之担保，才被释放到大同戴“罪”立功。
嘉靖三十九年（1560），俞大猷至大同。时任川湖滇三省总督、兵部侍郎、南京户部尚书的泉州晋江潘湖人黄光升重其才，经保举授其方略。俞大猷审度地势，匠心独创，制造独轮战车以拒敌骑。尝以车百辆、步骑三千，大挫敌万骑于安银堡。文进上其制于朝，遂置兵车营。京营有兵车自此始。文进将袭板升，与俞大猷谋，果获大胜。诏还世荫。
兴化大捷
倭寇在苏、浙惨败后，便南窜闽、粤，倭患重心移到福建，“北自福宁，南及漳、泉，沿海千里，尽为贼窟”。
嘉靖四十年（1561），俞大猷奉命南征。俞大猷回到南方，因平定王直的战功，被除罪录用，任湖南辰州镇军参将（今沅陵县），接连削平云溪等3郡6县叛乱。同年七月，诏移南赣，合闽、广兵，镇压广东饶平张琏暴动，计擒张琏和萧雪峰，斩首1200余级，散其余党2万。擢副总兵，协守南赣、汀、漳、惠、潮诸郡。
嘉靖四十一年（1562）十月，倭寇侦知戚继光在福建平倭胜利后回师浙江，又凑集兵力1万多人，卷土重犯福建，纠合自广东南澳北犯的倭寇，连破邵武、罗源、政和、寿宁、宁德、连江、松溪、大田、古田等地后，乘胜直捣兴化（今莆田）府城，将府城团团围住。时总兵刘显仅率700名疲弱士兵赶来。刘显知道敌人气焰嚣张，断不是对手，因此便在离城30里外隔江驻扎。是年十一月二十九日攻陷兴化府城，掳掠三千居民，百姓惨遭倭寇屠杀凌辱。倭寇攻陷兴化后又抢掠船只攻占了要冲平海卫（莆田东90里处，洪武年间为御倭建立），敌势猖狂前所罕有。
福建巡抚游震得上奏朝廷。兴化城的陷落惊动了朝廷，因为这是自倭患以来被攻陷的第一个府城。嘉靖皇帝罢免了福建总兵游震得，起用谭纶任闽浙总督，从赣南调回俞大猷提升为福建总兵官，浙东调回戚继光为福建副总兵官，急速回闽，配合福建都督刘显，三人均受谭纶指挥节制，会同剿倭。
嘉靖四十二年（1563）二月一日，俞大猷迅速自赣南驰至兴化的平海卫，驻军秀山，与驻明山的刘显互为犄角；刘显驻扎明山，距倭营三四里；而戚继光招募的义乌军尚在浙东。时敌我兵力已相当，倭寇猖獗，屡来挑战，诸将愤愤难平，纷纷要求应战，但俞大猷却按兵不动，主张星布兵营，画地凿沟，东西通海，列栅其上的围而不攻的战术。诸将以为俞大猷也有畏敌之心，俞大猷认为灭倭的时机并未成熟，他呈给福建巡抚谭纶的《兴化灭倭议》：“今贼有二三千，从贼有七千，且人人皆欲死斗。官兵之数仅与相当，约日列阵以合战，胜负之形相半。若迫城而攻之，彼实我虚，彼饱我饥，彼逸我劳，万一被其挫创，东南大势去矣！”俞大猷认为倭寇突袭攻陷兴化，对我方来说，是“遇异常之变，必设异常之谋，方可成异常之功”。
首先，倭寇连拔数县，气焰嚣炽，此时不宜与战；我军从江西长驱、日夜兼程至此，军士疲乏，当休整数日；俞大猷根据敌我双方实情，采用“敌以战为守，我以守为攻”的正确的作战策略，“画地凿沟，东西通海，列栅其上”，围困倭寇。其次，根据倭寇是日本武士、浪人和海盗结合的队伍，提出我军招收熟悉地形的当地兵马，以利于进攻。发动长期受倭寇蹂躏，有血海深仇，勇于效命沙场的闽中南人民为民兵。再次，尊重与配合刘、戚抗倭将领和地方官吏。如今倭寇屡次前来挑战就为速战，敌人无论战胜战败都可逃离，因我方未有力量围歼之；戚继光大军即将赶来，时我强敌弱，全歼倭贼有望。“不论在南在北，但得相资相助，必有大建立”。巡抚谭纶以为俞大猷的分析很有道理。 但当时朝廷诸当事人责战急切，海上又有倭寇挑战，俞大猷巍然不动，忍辱负重，从容不迫地进行部署。
嘉靖四十二年（1563）四月，戚继光军队到达平海卫。四月二十一日深夜四鼓，根据战斗部署，分三路全面出击：戚继光担任中军主攻，俞大猷为右军、刘显为左军侧攻，悄悄向敌营迫进，会攻倭寇于平海卫。战局的发展，完全按照俞大猷的战略意图进行，经过5个小时战斗，倭寇抵挡不住排山倒海般的攻击，抱头鼠窜，纷纷落进俞大猷预设的壕坑之中。这一仗，歼敌两千两百多人，取得兴化平倭大捷，收复平海卫和兴化府城，解救3000名被虏的百姓。
兴化平倭是福建抗倭斗争的最大胜利，俞大猷在战前力排众议，做了周密的部署与大量的准备工作，其功劳并不下戚继光。论功行赏时，昏庸无能的嘉靖皇帝听信谗言，奖赏不公，谭纶晋升右副都御史，戚继光晋升都督同知，刘显加秩荫一子，惟俞氏“赉币银四十两”而已。有人为他抱不平，但俞大猷却淡然处之。
兴化大捷班师后，俞大猷偕友人游清源山，在水流坑清源古道石旁刻下《俞大猷兴化平倭崖记》：
“明嘉靖癸亥岁季春，钦差镇守福建、南赣、惠潮兼郴桂、南韶地方都督俞大猷，提兵往兴化剿陷城倭寇。岁次竣事班师，偕友人游诸洞。”
俞大猷这方崖记，对自己立大功而受到的不公正待遇只字不提，对兴化平倭战役的决定性胜利的因素也只字不提，仅提到“竣事班师”而已，足见俞大猷不计得失，惟以平倭为重的襟怀。
⒋晚年
嘉靖四十二年（1563），俞大猷徙镇南赣。
嘉靖四十三年（1564），俞大猷改镇广东潮州。倭寇2万与大盗吴平部众互为犄角，而侗民蓝松三、伍端、叶丹楼等武装日掠潮、惠，福建又有程绍禄作乱延平，梁道辉侵扰汀州，俞大猷逐一平复。吴平降而复叛，掠民舟出海远遁，闽广巡按御史交章论劾，俞大猷坐夺职。李亚元倡乱河源、翁源，总督吴桂芳留俞大猷讨之，俞大猷行反间计，携其党亲捣其巢，生擒李亚元，夺还被掳男女八万余人。乃还俞大猷职，任广西总兵官，授平蛮将军印。继平王世桥叛乱，进署都督同知。
隆庆二年（1568），海贼曾一本犯广州，寻犯福建，俞大猷合郭成、李锡军擒灭之，录功，进右都督，还镇广西。在广西任上，俞大猷捐俸重建家乡濠市桥。
隆庆五年（1571），俞大猷擒杀广西古田僮（壮族）杀人越货的巨盗黄朝猛、韦银豹等人，朝廷进俞大猷世袭指挥佥事。
隆庆六年（1572），巡按李良臣参劾俞大猷奸贪，虽兵部力持公论，仍诏还籍候调。事平，起为南京中军右府佥事，未任，以都督佥事为福建总兵官。
万历元年（1573）秋，俞大猷已七十高龄，因计议进攻澎湖倭寇失利，又被夺职。复以署都督佥事起右府佥书，领车营训练。至是，三疏乞归。
万历八年（1580）卒于家中，年七十八，直至死前还在领兵训练。赐祭葬，赠左都督，谥武襄。墓在晋江县磁灶镇苏?村，明刑部尚书潘湖人黄光升为铭其墓（墓志铭上半部珍藏于晋江博物馆）。广东的崖州、饶平，福建的武平、金门，浙江的宁波等地都建祠祀奉。
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