他率先上疏提出给万历朝受错误处理的正派大臣平反，劝光宗近贤达，远小人。疏中还直言不讳地抨击了乱政的太监集团，因此受到太监集团嫉恨，加以罪名，他刚当吏科给事中4天，就被贬官外调。就在这时，光宗病故，16岁的熹宗即位。一朝天子一朝臣，形势发生了变化，东林党人在朝中占据了优势。但是，太监与东林党人的斗争并没有停止，而且日益公开化、白热化。那些在争“三案”中袒护神宗郑贵妃的官员皆受到东林党人攻击，他们转而投到太监魏忠贤门下，形成一个强大的政治势力。太监魏忠贤靠他的相好、熹宗的奶妈客氏逐渐牢固地控制住熹宗，进而掌握了朝政，形势因此转而对东林党人不利。
周朝瑞与杨涟、左光斗、魏大中等人一直站在反太监斗争的前沿。
天启元年(1621)，周朝瑞上疏弹劾阉党邵辅忠，并趁机劝熹宗亲掌朝政，以免大权旁落。天启二年，针对魏忠贤每天引导熹宗游嬉以至不理朝政的情况，周朝瑞上疏请求熹宗按时听朝臣讲课。不久，他与左光斗等人弹劾阉党大学士沈?，矛头直接对准魏忠贤，请熹宗停止魏忠贤主持的“内操”，并揭露了沈?贿赂魏忠贤和客氏的事实。魏忠贤对东林党人恨之入骨，准备报复。
天启四年六月，副都御史杨涟上疏弹劾魏忠贤的二十四大罪，罪罚当斩。魏忠贤着了慌，向熹宗哭诉，客氏从旁为他辩护。昏愚的熹宗竟没有办魏忠贤的罪，反而下旨痛责杨涟。周朝瑞、袁化中、周宗建、魏大中等70多个官员冒死上疏，交章弹劾。魏忠贤遭到这番弹劾后，对东林党人切齿痛恨，决心大规模地报复。
天启五年（1625），辽东经略熊廷弼因辽东、广宁相继陷于清军手中，被捕入狱。东林党人曾多方营救熊廷弼。在魏忠贤的授意下，阉党官员逮捕了奔走营救熊廷弼的中书舍人汪文言。逼他诬陷杨涟、左光斗、魏大中、周朝瑞、袁化中、顾大章等人接受了熊廷弼的贿赂，以此激怒熹宗，陷东林党人于死地。汪文言宁死不愿诬陷东林党人。北镇抚司许显纯杀害汪文言，顺承魏忠贤意编造了他的口供：诬杨涟受贿2万两，左光斗2万两，魏大中3000两，周朝瑞l万两，袁化中6000两，顾大章4万两。五月，魏忠贤矫命逮捕了上述6人，下诏狱(北镇抚司)。魏忠贤授意许显纯严加拷打。许显纯对6人施以酷刑，三日一打，五日一刑，“六君子”三木锁身、五刑俱尝，直至血肉横飞，肉腐蛆生。七月二十四日，杨涟、左光斗、魏大中三人被害于狱中。不久，袁化中、周朝瑞也先后被害。顾大章被迫自杀。历史上把在这次在狱中受难的六位东林党人称为“前六君子”。崇祯初年，魏忠贤阉党被清除，周朝瑞得到平反，追赠大理卿。福王时，周朝瑞被增谥为“忠毅”。
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