顺治即位后，由叔父多尔衮辅政。顺治七年，多尔衮出塞射猎，死于塞外。14岁的福临提前亲政。顺治帝天资聪颖，读书勤奋，他吸收先进的汉文化，审时度势，对成法祖制有所更张，且不顾满洲亲贵大臣的反对，倚重汉官。为了使新兴的统治基业长治久安，他以明之兴亡为借鉴，警惕宦官朋党为祸，重视整饬吏治，注意与民休息，取之有节。但他少年气盛，刚愎自用，急噪易怒，当他宠爱的董妃去世后，转而消极厌世，终于匆匆走完短暂的人生历程，英年早逝。他是清朝历史上唯一公开归依禅门的皇帝。
这样一对相依为命的母子，按理说应当母慈子孝、关系融洽。但事实似乎并非如此。关于顺治皇帝和母后的关系，《清史稿·后妃传》仅有四句话的记载：第一句是“世祖即位，尊为皇太后”，这是例行公事；第二句是“赠太后父寨桑和硕忠亲王，母贤妃”，这也是例
行公事；第三句记载：“太后万寿，上制诗三十首以献”，这仍是例行公事；第四句记载：“上承太后训，撰《内则衍义》，并为序以进。”仅仅以上四句话、60个字而已。而同一篇传记，记载康熙同他祖母关系的则有715个字。从中透露出顺治同母后的关系并不太协调。可能有的冲突是：
第一，顺治小时候贪玩，母后管教过严，这是家庭中的常理。第二，顺治的皇后是母后和叔父多尔衮给指定的。小皇后出身蒙古科尔沁贵族，从小娇生惯养，顺治不喜欢。虽然勉强成了亲，但婚后经常发生口角。顺治不顾母后和大臣的反对，强行废掉了皇后。直到顺治病危的时候，被废的小皇后想要见他一面都不行。后来再立一个皇后，顺治还是不喜欢。在皇后问题上母子有矛盾。第三，顺治喜欢董鄂妃，爱得死去活来。太后干涉，母子又发生矛盾。矛盾最激烈的就是第四个，顺治放着皇帝不做，要出宫做和尚，母后当然坚决反对。第五，母后同多尔衮有着说不清道不明的关系，也让小皇帝心里不愉快。总之，母子之间的关系并不是太好。
同皇叔的关系
福临的登极，既是有幸的，又是不幸的。说他有幸，是因为他小小年纪，大福降临，成了皇上；说他不幸，是因为他做个儿童皇帝，无权无势，形同傀儡。他与叔父多尔衮的关系也是双重的：没有多尔衮的支持，他无法登上皇帝宝座；但是只要有多尔衮在，他就要生活在皇叔摄政睿亲王的阴影里，有名而无实。
未成年的小皇帝，起初还有两把保护伞：一是两黄旗大臣的效忠，二是有皇兄豪格作为坚强后盾。摄政睿亲王多尔衮经过几年谋划，运用各种手段对这些小皇帝的保障，同时也是自己的阻碍的政治势力，逐个加以翦（jiǎn）除。
多尔衮在宣誓辅政之后，就一步一步地将朝政大权掌握在自己的手中：第一步，取消了军国大事由八旗贝勒共议的制度，而由两位摄政王决断。这样一来，二位摄政王就凌驾于诸亲王、郡王、贝勒之上。第二步，独揽大权。谕告各衙门办理的事务，有需要向睿、郑二王报告的，都先向睿亲王汇报。这样一来，多尔衮实际上成了“首席摄政王”。第三步，分化黄旗。顺治元年（1644年）四月初一日，多尔衮利用都统何洛会等讦告豪格，把豪格定罪幽禁。通过这个案子，将豪格进行降罚。对像索尼这样豪格的两黄旗亲信，或处以死刑，或籍没家产，或贬官远放。而对首先讦告者，给予升官、晋爵。这就严重地分化、削弱了两黄旗。第四步，整死豪格。豪格的存在，对于多尔衮来说，是最大的政治威胁。先是，尽管豪格被废降罚，但在清军入关用人之际，还是让豪格随军从征。豪格作战勇敢，立下大功。顺治在北京登极，分封诸王大臣，复封豪格为和硕肃亲王。不久，派豪格西征。豪格下西安，平陕西。又击败大西军，射死张献忠。顺治五年（1648年）二月，豪格凯旋归京，即被讦告。多尔衮藉此又将豪格定罪，下狱。三月，豪格猝死，年仅39周岁。一说豪格带了大军凯旋的时候，到了卢沟桥，在宴会当中，被用弓弦给勒死的。还有一种传说是在凯旋的时候多尔衮设伏兵把豪格给杀了。多尔衮杀掉豪格后，还霸占了豪格的妃子作为自己的福晋。
经过一番经营，多尔衮真正做到了大权独揽，小皇帝也真正成了孤立无援。多尔衮的尊号从“叔父摄政王”到“皇叔父摄政王”，顺治五年再尊为“皇父摄政王”，成了名义上的“太上皇”，实际上的皇帝。而小皇帝的处境则危如累卵，只有仰人鼻息，任人摆布了。
多尔衮摄政王做了七年，在顺治七年（1650年）十二月死喀喇城。第二年正月，顺治亲政。二月就宣布多尔衮十大罪状。籍其家产，罢其封爵，撤其庙享，诛其党羽。不仅如此，传教士卫匡国《鞑（dá）靼(dá)战记》一书记载说：据传多尔衮的坟被挖了，多尔衮的尸体被抛弃荒野，还用棍子打多尔衮的尸体，用鞭子来鞭尸。更有甚者，把他的头割下来，令他身首异地。我们不评论这件事情是不是过分，但是说明一个问题，就是顺治对多尔衮之恨可谓咬牙切齿。
同爱妃的关系
《清史稿·后妃传》记载顺治帝有两后、十五妃。但他的婚姻生活是个悲剧。
顺治先后册立两位皇后。一位是他母亲的侄女博尔济吉特氏，由多尔衮做主定婚、聘娶。顺治亲政，册为皇后。二人性格不合，顺治废掉皇后，降为侧妃。另一位是孝惠章皇后，博尔济吉特氏，顺治十一年（1654年）五月，年十四，聘为妃。六月，册为皇后。她不久又受到顺治帝的责斥。但这位皇后能委屈圆通，又有太后呵护，才没有被废掉。
顺治真正视为国色天香、红粉知己的是董鄂妃。顺治帝对董鄂妃可谓是一见钟情，至死不渝。有几件事可以说明少年天子对董鄂妃的恩爱逾常。
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