皇太极是努尔哈赤第八个儿子。努尔哈赤死后，他接替了汗位。这时，袁崇焕派来使者，吊唁努尔哈赤的丧事，试探新头领的动向。皇太极也要休整军队，也派使者回访袁崇焕，商议罢兵的事。其实，双方心里都明白，这不过是为下一次战争作准备。
袁崇焕利用这段时间，加紧修复了锦州、中左卫、大凌河等城市的防御工事。第二年农历五月，皇太极就向明军发起攻击。他亲率四旗士兵，进攻大凌河，由于加固城墙的工程还没有完工，守兵军逃跑了。皇太极另一路军队攻锦州，但遭到锦州守将的顽强抵抗，没有得手。袁崇焕镇守宁远城，他打算派四千人去救锦州。但援兵还未出发，皇太极的大军就杀过来了。
袁崇焕率领部分军队坚守城内，派大将满桂、尤世禄出城，凭借着护城河，布列车阵与火器阵，与后金兵作战。
后金兵伤亡很大，大将济尔哈朗等都受了伤。攻不下宁远，皇太极又回过头去打锦州，仍然攻不下来，只得将两座已被他占领的小城拆毁后退兵。当时称这次宁远、锦州保卫战为“宁锦大捷”。
打了胜仗，魏宗贤一伙便冒领军功，享受丰厚的赏赐，却责备袁崇焕没有发兵救锦州。袁崇焕被迫辞职。
公元1627年，明熹宗死了，他的弟弟朱由俭继皇位，就是明思宗，年号崇祯。这是一个雄心勃勃的皇帝，勤于政事，企图挽救即将灭亡的明朝，但他急于求成，刚愎自用，结果，一些正事反被他办糟了。
崇祯帝一登基，就给魏忠贤一伙沉重的打击，魏忠贤被抄家，充军到凤阳。没走到目的地，他就用自杀结束了罪恶的一生。宁锦大捷被阉党冒功的事也被翻过案来，大臣们请求重新起用袁崇焕。
崇祯帝也对袁崇焕抱了很大的期望，便任命他为兵部尚书、督师，指挥河北、辽东以及山东、天津等地的军务。
崇祯帝亲自在便殿召见袁崇焕，问他的打算。他说：“臣下的计划都写在奏疏里。如果陛下能授给臣下行使全权的话，大约五年，可以恢复辽东全部土地。”
崇祯帝非常高兴，赐给他一口尚方宝剑，特许他拥有执行公务的全权。又命兵部、户部、吏部在兵权、钱粮、用人等方面，全力配合他。
袁崇焕回到宁远后，全力整顿宁远的防务，加强士训练和火器粮草的储备，申明纪律，鼓励士气。等候迎击后金军队的再次进攻。
皇太极更有野心，他不满足仅占领辽东一片土地，而要同明朝争夺全国的统治权。袁崇焕率重兵在宁远坚守，阻止了他经山海关进兵北京的道路，便转而从防守比较薄弱的其他长城关口入侵。
公元1629年农历十月，皇太极率大军十多万，绕道，从喜峰口(在今河北遵化东北)、大安口(在今河北遵化北)越过长城，向北京扑来。
尽管这几个关口，属于蓟辽总督刘策管辖的范围，袁崇焕还是认为他有保卫京城的责任，派了一支军队赶到蓟州，阻拦后金的军队。但是这支援军伤亡不小，未能挡住后金兵。眼看后金兵即将杀到北京城下，袁崇焕急了，自己带着重兵，日夜兼程，赶回北京，亲自来保卫京城。崇祯帝在宫里召见了袁崇焕。
然而，残留的魏忠贤死党，却又造谣说：“袁崇焕与皇太极讲和，就是跟他勾结。这次皇太极进攻北京，是袁崇焕引来的。”多疑的崇祯皇帝，不由得对袁崇焕起了疑心。
袁崇焕的队伍是千里奔驰到北京的，非常疲劳。召见时，袁崇焕提出希望让他的将士到城里休整一下。崇祯帝口头上对袁崇焕说了番慰劳的话，但拒绝了他的进城休整部队的要求。袁崇焕只得将队伍驻扎在广渠门外。
后金军队与袁崇焕的军队打了几仗，互有伤亡。皇太极准备退兵，但他不想就这么无功而回，他要想个计谋，除掉袁崇焕，以后也少个强有力的对手。刚好后金兵抓到两个明朝太监，还关在营帐里。他就叫人作了这样一些安排：
晚上，两个太监还被关在营帐里，没有人跟他们说话。忽然，他们听到营帐外看守他们的士兵在说话。一个说：“今儿个主动退兵，恐怕是大汗的意思。”另一个问：
“你怎么知道?”前面一个回答：“今天见大汗跟明营里来的军官说话，说什么密约……听说那两人还是袁督师的密使哩……”
那天晚上，看守也不严。这两个太监找到一个机会，顺利地溜了出来。一到宫里，他们就向崇祯帝报告。崇祯帝听过他们的话，联想起先前的有关传说，还有袁崇焕要求军队进城休息的事，越想越害怕，也没有再深入细想，马上宣袁崇焕进宫。
袁崇焕还以为有什么军情大事，匆匆地赶到宫里，就被禁卫士兵拿下。崇祯帝气呼呼地问：“袁崇焕，你和寇为什么这么巧一前一后到北京?你为什么要进城驻军?”不由分辩，就将袁崇焕下了大狱。刑部中魏忠贤的余党罗织了袁崇焕的罪状：擅自与皇太极议和；擅自处死大将毛文龙；勾引敌人，胁迫朝廷与敌议和，订立“城下之盟”；谋反……
崇祯帝听不进任何为袁崇焕申冤的话，第二年就将这个忠心耿耿，战功卓著的将军处死了。
除掉袁崇焕，皇太极非常满意。他回到辽东，对后金的政治、军事作了许多改革。他将后金的都城迁到辽阳，又迁到沈阳，改名为盛京。为避免引起汉人对金国的记忆和反感，他把国号改名为清，又将女真族改名为满洲。从此，中华民族大家庭中，增加了一个满族的名称。

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