在孙传庭的一生中。镇压农民起义构成了他军旅生涯的主要内容，其起点始于崇祯八年（1635年）。这一年的秋天，孙传庭出任验封郎中，后又越级升为顺天府（今北京市）府丞。崇祯九年（1636年）再擢为右佥都御史。此时，以整齐王为首的农民起义军正雄据商洛（今陕西商州市、洛南县一带）之地，严重地威胁着明朝在陕西的统治，陕西巡抚甘学阔多次镇压失利，陕西士大夫请荐孙传庭督秦，孙传庭遂于崇祯九年三月巡抚陕西。孙传庭到任后，令副将罗尚文率明军进击商洛地的起义军，并诛杀了整齐王。不久，农民起义军又在关中地区展开斗争，孙传庭在陕西周至的黑水峪之战中镇压了起义军中势力最强的高迎祥部，并俘杀了闯王高迎祥。当陕西的起义军屡遭挫折之际，活动于河南的起义军马进忠、刘国能等17部进兵渭南。孙传庭急忙联络河南明军对起义军进行围追堵截。崇祯十年（1637年）初，马进忠等部再渡西折入陕，进袭商州、洛南、蓝田等地。孙传庭率部与各路明军以优势兵力接连打击了起义军圣世王、瓜背王、一翅飞、镇天王等部，才使关中以南地区趋于平定。
孙传庭在主持陕西军务期间，不断扩充自己的军力和粮饷。西安周围原屯积军队2．4万，田地二万余项，后来田地都归属于豪门，兵丁只是虚设在花名册上。孙传庭接管这里后，经过治理，得士卒1．1万，年收税计银14．5万两，米麦1．35万石。
为尽早彻底剿灭农民起义军，明廷采纳了兵部尚书杨嗣昌的“四正六隅”的全面围剿方略，并为完成此计划增兵12万，加派军饷银 280万两。但是，孙传庭对此持有异议。他认为：因军兵屡战，多经溃乏受挫之苦，况且连年征战，民力疲竭，此举未必能收到预期效果。由于孙传庭料知他的计划不会被采纳，便着手清点私产，得银两4．8万，并招兵买马，自办围剿所需的人力及资财。当明廷汇集各处上报的招兵募马的数额时，唯独孙传庭的奏疏未送到。素与孙传庭有隙的杨嗣昌于是乘机发难，抱怨朝廷的军法在陕西竟行不通。孙传庭对此上疏申辩道：“使臣如他抚，籍郡县民兵之上，遂谓及额，则臣先所报屯兵已及额矣。况更有募练马步军，数目逾万，何当不遵部议。至百日之期，商、洛之讯守，臣皆不敢委。然使贼入商、洛，而臣不能御，则治臣罪。若臣扼商、洛，而逾期不能灭贼，误则事者必非臣。”
孙传庭折衷了兵部“堵截正面，固守商洛”的议定，派重兵扼守商洛一带的战略要地。当大天王率领的起义军进袭庆阳、宝鸡时，孙传庭迅速回师在合水将其击败。崇祯十一年（1638年）初，过天星、混天星的起义军从徽（今甘肃徽县），秦（今甘肃天水市）等地经凤翔将通向澄城时，孙传庭指挥其部分五路合击该起义军于杨家岭、黄龙山一带，捕杀二千余人，又在（鹿阝）州（今陕西富县）以西、合水以东的方圆三、四百里的深沟峡谷内采用分兵堵截，机动设伏的战术再败起义军，并打退了驰援陕西起义军的马进忠、马光玉所率领的宛、洛之部后，又与洪承畴在潼关南原以重兵埋伏，使闯王李自成部几乎全军覆没，李自成仅以18骑兵突围而走。至此，陕西境内的起义军几被镇压下去。
此时，只有河南起义军对明廷仍具威胁。罗汝才、马进忠、贺人龙、左金王等十三部（即“革左五营”）联营广达数十里，待机进逼潼关。面对这一形势，孙传庭认为起义军主力都在河南，于是率部而东，在阌乡（今河南灵宝县西北）、灵宝的山地间大败十三家兵马，起义军窘境日甚，不得已向熊文灿请求受降。但自以“主剿”著称的孙传庭未采纳熊文灿的劝阻，执意要进攻起义军，最终接到杨嗣昌的手书才停止进攻。起义军虽受诏归降，但并未解除武装，而是移兵易阵，伺机进袭商洛一带。孙传庭令部将王文清等率部数战起义军，起义军余部波迫转移内乡、淅川。
崇祯十一年（1638年）八月，多尔衮、岳托率清兵分路从墙子岭（今密云东北）、青山口（今迁西东北）入长城，明京师戒严；督各路入京勤王之兵的总督卢象升在巨鹿阵亡。明廷遂召孙传庭、洪承畴主持京师防守，升孙传庭为兵部右待郎兼右佥都御史，指挥各路援军。孙传庭抵达京郊后，由于他和主和派的杨嗣昌及中官夏起潜矛盾颇深，崇祯帝降旨不准他入京朝见，而洪承畴则在京郊受到慰劳，并奉旨进殿拜见崇祯帝。孙传庭对此不平待遇自然大为不满。杨嗣昌任洪承畴为蓟辽总督，并主张将陕西军全部留下，用于守卫蓟辽。孙传庭对此极力反对，认为“秦军不可留也。留则贼势张，无益于边，是代贼撤兵也。”杨嗣昌对孙传庭的意见置之不理，孙传庭对此不胜忧郁重重，以致耳聋。第二年，明廷调孙传庭总督保定、山东、河南军务，孙传庭立即上疏请见皇帝，但因杨嗣昌的百般阻挠而未成。孙传庭心中愠怒，引病告休。但杨嗣昌仍不放过，言孙传庭称病乃推托之举。崇祯帝大怒，将孙传庭贬为平民后，又将其禁囚，以待判决。
在孙传庭下狱的三年期间，熊文灿、杨嗣昌在镇压起义军的战争中连遭败绩，闯王李自成在河南打开了局面，拥兵数十万，第二次包围了开封。在这种形势下，明廷于崇祯十五年（1642年）再度起用孙传庭为兵部右侍郎。崇祯帝亲临文御殿询问孙传庭有关镇压起义军的方略，并设宴款待，为他压惊，嗣后即速命孙传庭率禁卫军驰援开封。
由于开封防守坚固，加上明援军的到来，李自成在久攻不下的情况下，果断地撤出了开封之围，并在以后的襄城之战中杀死了陕西总督汪乔年，孙传庭逐奉命赴陕西代行其职。孙传庭到任后，立即奉旨扣押了原抚剿总兵贺人龙，将其正法。为对付日益壮大的起义军，孙传庭日夜加紧整肃军务。崇祯十五年（1642年）五月，李自成第三次包围了开封，崇祯帝连催孙传庭火速出关入豫。孙传庭则上疏回复：“兵新募，不堪用”。但心急如焚的崇祯帝不加理会，只是逼迫孙传庭尽快救援开封。孙传庭只得起兵驰援，于九月底进抵潼关。时恰逢大雨连下数十日，河水骤涨，李自成遂决黄河马家口段，水灌开封。就在孙传庭的援军刚出潼关之时，李自成早已挥军南下，撤离了成为水乡泽国的开封，于是孙传庭便挥军直趋南阳。李自成与罗汝才合兵西进，与孙传庭的陕西军交战，并在郏县大败之。孙传庭率残部逃至巩县，由孟塬进入陕西。
孙传庭败回陕西后，决心死守潼关，以扼京城之上游要地。当时明军因在郏县之战中损失惨重，补充了许多新兵。根据这种情况，孙传庭制定了不宜速战，开垦屯田，修缮兵器，储存粮食的战略方针。为对付李自成强大的骑兵，增强明军的火力和防护能力，孙传庭特地赶制了三万辆载有火炮的“火车”，这种“火车”行进时可抵御骑兵的冲击，驻扎时则可环阵拱卫。崇祯十六年（1643年）五月，明廷授孙传庭为兵部尚书，并加督河南、四川、山西、湖广、贵州及江南、江北七省军务，令其迅速兵出潼关。此时，李自成已相继歼灭了明军数支主力，久经战阵，兵强马壮。孙传庭深知与如此强大的对手交战必是凶多吉少，不由得顿足叹息：“奈何乎！吾固知往而不返也，然大丈夫岂能再度对狱吏乎！”表示了宁死疆场的决心。八月十日，孙传庭师出潼关，最初在汝州、灵宝、唐县（今河南泌阳）、郏县连胜起义军，但襄城一战遭到惨败，他逃回陕西。
起义军缴获了孙传庭的帅旗，士气大振，一鼓作气，乘胜攻破潼关。孙传庭与监军副使乔迁高策马大呼，战死阵中。但是孙传庭的尸体一直未找到，以至后来崇祯帝对其下落产生了怀疑，始终未追封加谥于他。孙传庭之死，对李自成的起义军来说，关中唾手可得。同时，明廷再也没有可以同李自成相抗衡的悍将劲旅了。
孙传庭自万历四十七年（1619年）中进士至崇侦十六年（1643年）兵败身亡的25年间，他由永城知县，逐步升至兵部尚书，统领七省军务，先后参与并主持了数十次对明末农民起义军的镇压活动，深得明廷赏识。不论是在“四正六隅”的联合围剿中，还是在“汛守要隘”的单独行动中，他都以其独有的狡黠、多谋、果断，使农民起义军多次处境艰险，成为明廷手中一张不可多得的王牌。故此，《明史》有“传庭死而明亡矣”的说法。
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