明万历四十四年(1616)进士，授章邱知县。天启二年(1622)，任兵科给事中，上疏谏阻太监王体乾、魏忠贤等求功荫锦衣世袭之议。五年，出为福建按察副使，抵御“红毛番”侵扰有功，晋升为福建布政司右参政。父丧，归隐北山鹿田寺读书。
崇祯三年(1630)，以原官起用。五年，升右佥都御史、山东巡抚，先驻青州调度兵食，继督兵与叛军作战，因功升右副都御史。时登镇参将孔有德等以800精锐发动兵变，横扫全鲁，夺东江战船，克登州坚城，攻杀三巡抚数总兵，鲁军浙军辽军均或节节败走或不敌瓦解。朱大典临危授命，集结包括辽军骑兵5000人在内的3万大军主动出击叛军，大败轻敌的叛军主力，杀贼将陈有时。既而乘胜围攻登州，杀贼帅李九成，几歼其全师。时吴三桂、刘良佐等均在大典麾下为偏将。此战大获全胜，为明末所少见之胜利。论功行赏，朱大典乃于六年升兵部右侍郎，仍为山东巡抚。
崇祯八年二月，流寇攻占凤阳，毁皇陵，诏大典总督漕运兼巡抚庐、凤、淮、扬四府。以在山东时所募健卒千人、马千五百匹为亲军自随，驻凤阳。此后因“坐失州县”、“平贼逾期”一再被贬官。崇祯十四年，总督江北及河南湖广军务，仍坐镇凤阳。在此期间，因“不能持廉”而遭到给事中方士亮、御史郑昆贞等，诏命革职候审。
崇祯十六年，东阳县许都聚众叛乱，次年正月围金华。大典子万化募人抵御，将贼人击退。知县徐调元查许都所部花名册有万化名，言大典“纵子交贼”，东林出身的巡按左某据此上奏。于是，这位挽救了金华的忠臣居然以“通贼”和“贼去而兵不散”被下旨逮捕治罪，抄家充饷且令督赋。
时李自成攻占北京，福王于南京登基，是为明安宗。大典被召为兵部左侍郎，逾月进尚书，总督上江军务（有所谓他“贿结阮大铖、马士英”等等，实在荒谬。都抄家了怎么贿赂？况且从之后的经历看他与阮大铖实在势不两立。当然阮大铖、马士英代表了朝廷的立场，又是反东林的代表，大典服从他们的命令，是应该的）。
建州人大举南下，安宗被擒。大典见事不可为，遂率军还乡，据府城固守。明将方国安率众南奔，马士英、阮大铖亦在其军。方国安本与大典有隙，阮大铖使人向大典索饷四万两未遂，遂围攻金华。鲁王监国传旨至，始解围。鲁王以之为文华殿大学士，建行台督师，辖金华、兰溪、汤溪、浦江四县。从此大典成为一支独立的抵抗力量，受命坚持浙西。不久唐王在福建登基，是为明绍宗，授大典为东阁大学士，督师如旧。
隆武二年(1646)三月，满人攻克浙东，兵临浙西，阮大铖驰书招降，大典裂书并杀招抚使，与部将固守金华。满军围攻城两旬，后阮大铖知西门新筑土未坚，以炮专攻其处，城崩。大典家中妇女先投井自殉，自己携火绳与子孙、宾客聚于火药库中引爆殉国。城陷后，满兵屠城三日，死者不可胜数。乾隆四十二年，谥烈愍。
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