张差梃击事，刘廷元倡言疯癫，刘光复和之，疏诋发讦者，谓不当诧之为奇货，居之为元功。昌期愤，语朝士曰：“奸徒狙击青宫，此何等事，乃以‘疯癫’二字庇天下乱臣贼子，以‘奇货元功’四字没天下忠臣义士哉！”廷元辈闻其语，深疾之。给事中刘文炳劾大学士吴道南，遂阴诋昌期。时方授检讨，文炳再疏显攻，昌期即移疾去。既而京察，廷元辈复思中之，学士刘一?力持乃免。
天启元年还朝。一?以次辅当国。其冬，首辅叶向高至。小人间一?于向高，谓欲沮其来，向高不悦。会给事中孙杰承魏忠贤指，劾一?及周嘉谟，忠贤遽传旨允放。昌期急诣向高，力言二人顾命重臣，不可轻逐，内传不可奉。向高怫然曰：“上所传，何敢不奉？”昌期曰：“公，三朝老臣。始至之日，以去就力争，必可得也。若一传而放两大臣，异日天子手滑，不复可止矣。”向高默然。昌期因备言一?质直无他肠，向高意少解。会顾大章亦为向高言之，一?乃得善去。两人故向高门下士也。
昌期寻迁左赞善，进谕德。杨涟劾忠贤疏上，昌期适过向高。向高曰：“杨君此疏太率易。其人于上前时有匡正。鸟飞入宫，上乘梯手攫之，其人挽衣不得上。有小?赐绯者，叱曰：‘此非汝分，虽赐不得衣也。’其强直如此。是疏行，安得此小心谨慎之人在上左右？”昌期愕然曰：“谁为此言以误公？可斩也。”向高色变，昌期徐起去。语闻于涟，涟怒。向高亦内惭，密具揭，请帝允忠贤辞，忠贤大愠。会有言涟疏乃昌期代草者，忠贤遂深怒不可解。及向高去，韩?秉政，忠贤逐赵南星、高攀龙、魏大中及涟、光斗，?皆具揭恳留。忠贤及其党谓昌期实左右之。而昌期于诸人去国，率送之郊外，执手太息，由是忠贤益恨。昌期知势不可留，具疏乞假，遂落职闲住。
五年春，以汪文言狱词连及，削职提问。忠贤恨不置。明年二月复于他疏责昌期已削籍犹冠盖延宾，令缇骑逮问。逾月，复入之李实疏中，下诏狱。昌期慷慨对簿，词气不挠，竟坐赃三千，五毒备至。四月晦，毙于狱。
庄烈帝即位，赠詹事兼侍读学士，录其一子，诏并予谥。而是时，姚希孟以词臣持物论，雅不善左光斗、周宗建，力尼之，遂并昌期及周起元、李应升、黄尊素、周朝瑞、袁化中、顾大章，皆不获谥。福王时，始谥文贞。
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