17世纪中叶，法兰西崛起欧洲，与各国互争雌雄。罗马教廷也欲借助法国势力，消弱葡萄牙独霸东方传教的地位。1658年，罗马教皇亚历山大七世委派法国耶稣会教士巴流和另一教士兰贝尔特为专使，东来督察安南教务，并管理中国长江以南数处教会事业。1660年，又派一名叫吉突兰的教士为专使。督察南京教务，并管理朝鲜及中国北部数处教会事务，以扩大教廷的监督权。但是葡萄牙人坚决反对教廷专使插手中国教务，双方矛盾发展。1690年，教廷为了缓和矛盾，在中国境内划出南京、北京、澳门三大主教区，归葡人管理。而葡人竟将中国各省尽数划归三大教区之内，致使教廷派来的专使、主教无插足之地。对此，教廷深为不满。1699年，教廷派出大批传教士为特使、主教来华，并明令葡人缩小其教区，而另辟八个主教区，归教廷直接管辖。每一教区由教廷派遣一副主教，负责巡查监督中国教会。为防止在华教士反对，教廷又专门发下通知说，必须服从教廷所派主教的管理，教中仪式亦须遵守教廷颁布的命令执行。通过派遣专使、主教，教廷在东方布道事业中的统治权日渐增强。
正当罗马教廷开始着手削弱葡萄牙的东方保教权时，在华各派传教士，对中国的祭天、祭孔、拜祖等习尚风俗展开争论：一派认为中国教徒祭祖、祀孔崇拜偶像，触犯天主教十戒之一，教会决不容许；一派认为，凡中国习俗，与教仪并无大冲突者，均应不在禁止之例。争论之初，范围尚小，仅限于在华各教派内部。后来范围日益扩大，而且从两派不同意见变为派别的嫉妒，甚至影响到国际方面，不但在东方的传教士都各自参与两方面的阵线，就连欧洲各地教会也因此而有激烈的辩论。正当两派激烈论争之时，在中国的耶稣会士张诚、刘英(即刘应)、洪若望，把“祭祖与祀孔是否含有宗教性质”的问题提出来，询问康熙皇帝。1700年11月30日康熙发布上谕，说中国的祭祖祀孔不过是一种崇敬的礼节，是纪念先祖过去的善行，并无宗教性质。康熙皇帝的解释，非但没能使各派之争冰释，相反，反对耶稣会的教士们便以此为口实，说关于教会的事，不请求教廷解决，反倒去求中国皇帝。法国教士专门派人返回欧洲，把耶稣会士们的观点添油加醋地向教皇汇报了。教皇克莱孟十一世便于1704年派遣多罗为教皇钦差，携教廷禁约来华。禁约上写道：“凡人天主教者，不许依中国规矩……有与天主教不相反者，许行；相反者俱决断不许行。”
教皇克莱孟十一世任命教士多罗为钦差、第一特使，率随员十人自罗马出发，1705年4月抵澳门，12月4日到北京。康熙帝起初并不知多罗此来目的，是月31日在北京接见了他，此后又“赐宴、赐食及赐观灯”。次年6月29日又第二次接见，赐游畅春园。但后来，康熙帝发现这位年轻特使与自己的观点完全对立，便大为不悦，遂于1706年8月命其速离京都。多罗不得已，于8月20日离京都抵南京。多罗离京后，康熙帝为了使所有在华各派传教士都能象耶稣会士一样，热衷于科学事业，遵守天朝法度!并规劝各派教士和好，平息“教仪之争”，便谕令：凡遵守利玛窦成规的教士，可领取北京朝廷颁发的红票，准予在华居住、传教。但多罗到达南京后，竟不顾康熙帝的反对，于1707年公布了罗马教廷的禁令，并加上自己的解释，谴责那些违背天主教教义的“异端称呼”和“非法礼仪”，尤其不许教堂悬挂康熙帝赐书的“敬天”之匾，并威吓说，凡违反禁令者，必须赶出教会。这就激怒了康熙皇帝，是年4月19日，他颁布上谕说：“自今而后，若不遵守利玛窦的规矩，断不准在中国住，必逐回去”。并下令驱逐不领传教红票的教士。5月24日，多罗抵广州，康熙命押往澳门，由葡萄牙士兵严加看守。
康熙帝被激怒的原因，除了他亲手御题“敬天”之匾，竟然被禁止在他所统治的中国悬挂，使他的神圣尊严受到西方教士的侮辱，更为严重的是，中华民族固有的思想基础，受到基督教义的严重挑战，如果容忍退让，爱新觉罗家族赖以统治的思想根基就会彻底动摇。因此，康熙帝采取了部分禁教措施，驱逐傲慢非理的教士。但康熙皇帝还是很开明的，就在多罗抵南京后，他立即派遣教士白晋、沙国安为清朝使节，赴罗马谒见教皇，求一折衷调和办法，以期多罗在南京的宣言及1704年教廷的法令有所变更。
但是中国皇帝的谦让和容忍，却遭到罗马教皇的轻视。教皇克莱孟十一世不仅重申了多罗的南京宣言与1704年法令具有同样的效力，而且还颁布了一道正式谕令：凡教士都必须宣誓恪遵禁令，绝对服从，否则将逐出教会；同时，他任命教士德理格、山遥瞻及马国贤等5人为教皇特使，组成专使团来华，并于1707年8月1日在澳门为总主教多罗擢迁为枢机主教主持了仪式。
保守、顽固的罗马教廷，对中国皇帝的谦忍毫不退让，除坚持申明“谕令”的观点，还另派秘使来华，指使方济格等派的教士们抗拒清廷命令，排挤耶稣会士，把“礼仪之争”的弦绷得更紧，从而使矛盾愈来愈尖锐。于是，本来就欲排斥基督教的地方官员，都站到教会的对立面，纷纷上疏弹劾，奏请禁教，驱除教士。
正当康熙帝举棋不定、余怒未消之际，罗马教皇的又一个特使、主教嘉乐•满柴巴尔巴于1720年(康熙五十九年)9月26日抵澳门，并带来教皇的公文。他于10月29日北上，12月25日抵北京城外。他向康熙帝派来迎接他的四人表示要求见皇上。12月29日，嘉乐发表保证书八项，康熙帝始允其觐见。但不久，嘉乐上奏了教皇公文，提出要纯洁基督教礼仪。维护基督教教义，清洗耶稣会士的异端邪说。康熙帝阅后，大怒，便决心全面禁教。他在教皇的公文上批道：“欧洲人没有资格批评中国的礼节”。此后，康熙帝又发现嘉乐携来的教皇禁约内容更加荒唐，震怒异常，他在禁约上批示云：“览此告示，只可说西洋人等小人，如何信得中国之大理?……以后，不必西洋人在中国行教，禁止可也，免得多事。”从此未领有朝廷印票的传教士纷纷被赶出中国。教堂、教产被剥夺。在各省传教的耶稣会士，行动受到监视。发展教徒的工作受到阻挠。中国人也不敢违抗朝廷旨意，不敢自由出入教堂、崇信天主了。康熙病逝，雍正登基，严厉教禁的端倪就完全暴露出来了。
康熙末年，中国驱逐教皇使臣，下令全国范围内禁教。这给罗马教廷和教皇一个意外的打击，所以，教皇立即改变了原有态度，再派使臣，准备收回成命，以挽救天主教在华的危机局面。正值雍正元年开始教禁时，罗马教皇派葡萄牙籍教士麦德乐作为专使，来华谒见，经时任两广总督孔毓?向雍正疏通，并呈上罗马教皇的信与礼物。信中写道：“天朝君临万国，无所不有，就西洋所产些小物件进贡，聊尽诚意。”雍正皇帝见后，大悦，开始准备松弛教禁，所以，他在麦德乐返欧洲前赐宴，“并赐妆缎、锦缎、大缎各十六匹，次缎四十匹。”后又于1725年11月13日发布上谕：“谕西洋教化王伯纳地多：览王奏并进方物，具有悃诚。……至于西洋寓居中国之人……果能慎守法度……朕自推爱抚恤”。雍正准予了麦德乐请求，允许欧洲教士在华传教，并全部释放康熙朝禁锢于广州的传教士德理格、毕天祥、计有纲等，以示中外一体，宽大矜全之意。接着，又降旨，宣所有在华的欧洲教士务于1727年1月26日进宫召见。后来参加谒见的教士在回忆中说：“皇帝在大殿里同我们一起进餐”，开教态度甚明。由上可见，教禁情势见缓，开禁自由传教即在眼前。
恰在这时，雍正之弟。康熙的第八子于康熙朝未年谋立之事发，牵扯到耶稣会士及皇室中的叔伯兄弟、奉教的苏努及其家族。雍正帝一见，与教士关涉甚多，勃然大怒，一面下令迫害苏努一家，一面下令严厉禁教，并迁怒于教廷使臣麦康乐的到来。1727年7月21日，雍正在圆明园召见马盖朗等耶稣会士，大骂天主教，把它与那些邪恶教派相提并论，并发布上谕，立行禁教。此后，在全国范围内掀起了反教高潮。教禁使康熙末年已经皈依天主教的30万中国人藏身无处，外国教士也尽行驱逐于澳门：或困居于广州教堂。这种情况一直延续到鸦片战争。
此时，罗马教皇对中国发生的变化束手无策，唯一可迁怒的对象，便是耶稣会士，1727年，教廷命令耶稣总会会长，立即把在华的会长马若瑟，巴多明、冯秉正和卜文起召回罗马，理由是，有人控告他们拥护中国的礼仪。这几位会士吓坏了，立即写信请求免予召回。教廷1736年10月5日通知，如果他们宣誓废弃一切偏袒“中国礼仪”的言行?则可继续留在中国。他们照教皇的命令作了，一场风波才暂告结束。
乾隆继承雍正朝禁教政策，终其世而不变，罗马教廷始终难以过问中国传教之事。惟一事可值一提：在教士协助下；乾隆时期不少中国青年教徒到欧洲学习。其中受到教廷关注者有八人，均在罗马那不勒斯神学院学习，1750年3月卒业。时教皇正因中国教会日形衰落。西方教士难以立足，乃召此八人赴教廷，由四名枢机主教加以甄试。试毕，教皇大为褒奖。此后，中郭元性、赵多明、赵西满、蔡文安等四人被教皇派回中国工作。郭元性被指定为未来的四川总主教。
然而，肇起于康熙年间的“礼仪之争”，在欧洲仍未结束。教皇克莱孟十四世在盛怒之下，于1773年发布解散欧洲天主教耶稣会命令。在华会士均被降为俗人，但仍在北京管理教堂，以俟继任者，且允准他们暂时可于暗中继续传教。嘉庆承父之业，仍袭原有政策，传教士的社会地位及活动依然如故。为了力促改变现状，1804年，教皇发敕书命供职北京钦天监教士毕学源转任南京主教。该敕书由华人教徒陈若望晋京递交。陈若望于该年9月抵京完成任务。南返时，在京供职的教士们竟违清廷“凡在京洋人未经朝廷许可不得擅行与外间通信”之禁，托陈携带发向澳门及本国函件。陈南下路过江西时，以形迹可疑被捕，从行囊中查出一张由海道至直隶、并注有汉字的地图。实际上，这张地图的地点名称，“俱系各派传教地点”，教士欲呈送教皇，以行仲裁，解决各派争夺传教地的纠纷。但该图却被指认是传教士刺探中国军情、向英国传递的情报。由此导致了1805年教案，这场萧墙之祸持续了十年之久。
历史进入19世纪，罗马天主教廷为了加强对远东尤其是对中国经营近二百余年的传教成果，便设法调整与基督新教的敌对关系，同时，设法与中国清政府互派使节，借以加强教廷在中国的保教权。
最先倡导教廷与中国互通使节的，是教皇格列高里第十六世。他在任时，适值鸦片战争与《南京条约》签订前后，他于1833年派曾在中国担任南京主教的罗主教来华，负责复兴中国教务，及与清政府协商通使事宜。条约签订前夕，此人曾与英国全权公使璞鼎查面商，迫令清廷准罗马教廷派驻使节之事。具体是如何交涉的，迄今文献无考。
整个19世纪，教廷所做的努力，都为中国的保教权问题和派驻使节问题。早在18世纪末，继基督新教盛行，葡萄牙逐渐丧失了海外霸权，只有法国是较强的天主教国家。但葡萄牙仍不愿放弃对中国的保教权。拿破仑上台后，1802年8月28日在他给罗马教皇的信中写道：“我希望您能给中国传教事业增加新的生力。不必对圣座隐讳，我之所以要这样做，与一般宗教利益无关，而是为了使中国的传教事业摆脱英国人的手掌。”这样，葡萄牙与法国展开了对东方及中国保教权的争夺战。1834年4月，教皇格列高里十六以葡萄牙不能履行保护者的义务为由，颁布教谕，取消它对中国传教的保护权。1846年4月，教皇敕令在内蒙西湾子传教的法国教士孟振生为专使，并接管葡萄牙管辖的北京主教区。《中法天津条约》签订后，教皇又下谕令此后要完全用法国护照派遣各国天主教士到中国，而且教士对中国官府的交涉，也要完全由法国领事馆办理。1851年，中国各教区主教在上海召开会议，联名呈请教皇，把中国保教权交给法国。
教廷在倒向法国的同时，也没放弃与中国通使的努力。1859年，教皇庇护九世训令湖北徐主教与清廷磋商通使事宜，然，徐主教在启程赴京前忽病，竟至沉疴去世，通使之议权且作罢。
从《天津条约》签订到1870年，中国各地“教案”纷起，揭露了外国教士的不法行为，清政府也不得不注意这一严重同题，便颁发了旨在取消外国在华天主教保护权的《传教章程》。但罗马教廷对清廷照会中提到的教士罪行，完全装聋作哑，而且为态度最蛮横的法国教士竭力辩护。因为教廷知道，法国是“利用教士做政治甚至军事侦探”的。1870年以后，教廷和教皇完全投靠法国。1871年普法战争后，法国成立第三共和国，执政的共和党虽然对保皇的天主教士是敌视的，但对中国天主教保教权却十分重视，而罗马教廷照旧依附法国施行对中国天主教保护。法国对中国天主教保教权的终止，是在1905年法国与梵蒂冈绝交之后。
1881年，法国天主教河南主教安某，敦促罗马教皇与清廷尽快互通使节。1884年，中法战争爆发，教廷怕因此影响天主教在中国的工作，翌年2月1日，教皇良十世致书光绪皇帝，声明在华天主教传教士，并非法国委派，皆取决于教廷的命令，应属教皇管辖。与此同时，教廷加紧通使活动。1885年6月7日，在英籍德国人德璀琳的怂恿下，李鸿章把处理与教皇关系之事委托于天津税务敦•约翰办理。教廷闻迅，抓住时机，立即于8月14日任命AntonioAgliardi为罗马教廷驻华大使，并决定于9月25日启程来华，然，终因法国多方梗阻，终未达目的。
李鸿章计拟与教廷通使时，适任驻法公使许景澄也为赞同通使者之一，甚至在他临终前，曾还多次嘱托其学生陆徵祥，注意此事。故而，民国政府成立后，陆徵祥两度出任外交总长时，曾多次设法与教廷磋商通使之事。
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