《四库全书》修成后，在不同的历史时期经历了不同的命运，从一个侧面映射出18世纪末叶以来中国社会的曲折变化。
《四库全书》的纂修与清初学术文化思潮的变化和乾隆时期的盛世局面分不开。清初，空言义理的宋学衰落，汉学代之而起，博览群书、考订经史、辑佚书籍之风大盛，从而出现了对传统文化进行历史性总结的要求。《四库全书》的纂修正是这一要求的反映。而乾隆年间呈现出的“盛世”景象，又为大规模文化建设创造了良好的社会环境，提供了雄厚的物质基础。乾隆帝出于“文治武功”的需要，通过纂修《四库全书》，显示其“超越汉唐”、“稽古右文”的文治政策，也借“稽古右文”之名，达到“寓禁于征”的政治目的，对全国书籍作一次全面、彻底地审查、评论和总结。在筛选和“净化”的基础上形成“钦定”的《四库全书》也就成为维系清王朝封建统治秩序的强有力的思想武器。
《四库全书》成书后，乾隆帝对其存藏十分重视。他决定仿效“天一阁”规制，修建文津阁、文渊阁、文源阁、文溯阁、文汇阁、文宗阁、文澜阁共七座藏书楼。先行缮录的四套《四库全书》分别送藏于紫禁城文华殿后的文渊阁、沈阳故宫的文溯阁、圆明园的文源阁和承德避暑山庄的文津阁，史称“内廷四阁全书”，北四阁《四库全书》专为御览，仅供乾隆帝随时调阅，外人无缘得见。后来，乾隆帝考虑到文人学子读书需要，命将续缮的三套《四库全书》分别送藏于扬州文汇阁、镇江文宗阁和杭州文澜阁，史称“江浙三阁全书”。南三阁《四库全书》均对外开放，而且鼓励文人学子入阁阅览。
《四库全书》庋置各阁不久，清王朝就步入到多灾多难的历史时期。各阁《四库全书》因此经历了坎坷曲折的历史命运。第一次鸦片战争中，英军攻陷镇江，火烧文宗阁，《四库全书》损失惨重。后镇江文宗阁与扬州文汇阁的《四库全书》又毁于太平天国时期的兵火。杭州文澜阁《四库全书》虽然免遭兵火厄运，但其中册次也大量散佚。后经补抄，才基本配全，今藏浙江图书馆。内廷四阁的《四库全书》也没能逃过战争的浩劫。1860年英法联军攻占北京，火烧圆明园，文源阁《四库全书》化为灰烬，翰林院的《四库全书》底本也多被毁坏、流失。1900年八国联军侵入北京，翰林院残存的四库底本被劫掠出境，散藏于英、法各国图书馆中。1948年底到1949年初，随着国民党政权的全面溃败，文渊阁《四库全书》被运往台湾。北四阁《四库全书》饱经苍桑，只有文渊、文津、文溯三阁的藏本基本完整，留存至今。目前它们分别珍藏在中国国家图书馆、甘肃省图书馆和台湾省。
沈阳故宫文溯阁《四库全书》虽然较完整地保存到今天，但它也曾险遭不测。八国联军侵华期间，沙俄占领沈阳故宫，文溯阁《四库全书》遭到破坏，有些册次流散。1914年，袁世凯将文溯阁《四库全书》运至北京，长期搁置在北京古物陈列所，蛛网尘封。1922年，对此书垂涎已久的日本秘密勾结满清皇室，企图以120万元购买。消息传出后，遭到社会各界的强烈反对，这一企图才没有实现。一些有识之士便提出将文溯阁《四库全书》运回沈阳，继续藏于文溯阁。新中国成立后，为妥善保存这套《四库全书》，国家决定将其从沈阳调至气候干燥、冷热适宜的兰州，由甘肃省图书馆保管，体现了新中国政府对历史文化遗产的高度重视和科学保护的历史器识。
《四库全书》的再版和研究，既是对其学术价值的重新认识，也是继承和弘扬历史文化遗产的现实需要。《四库全书》有着重要的学术文化价值，但长期以来深藏密封，人们只能仰而慕之。在社会稳定、学术繁荣的今天，《四库全书》的印行、研究和利用出现了喜人的局面。上个世纪80年代，台湾商务印书馆率先影印出版了文渊阁本《四库全书》，上海古籍出版社据此本又在大陆印行。文渊阁《四库全书》印出后，为教学、研究带来很大的方便。如今线装文渊阁本又要问世，将从形式和内容上再现昔日的风貌，令人振奋。
早在编纂《四库全书》的过程中，就已经开始了对《四库全书》的研究和利用。《四库全书荟要》、《四库全书总目提要》、《四库全书简明目录》、《四库全书考证》、《武英殿聚珍版丛书》等可以看作编纂《四库全书》的副产品。近人胡玉缙搜集针对四库提要的匡谬及补阙意见，汇为《四库全书总目提要补正》。余嘉锡全面系统地考辨《四库全书总目提要》的谬误、缺失、考订未当之处，撰《四库提要辨证》并提出了许多精辟见解。如今出于对历史文化遗产的继承和弘扬的需要，《四库全书》的研究正在走向深入，不断有新的成果问世，如崔富章的《四库提要补正》，考订、考证四库提要之不当或讹谬之处凡600余条；李裕民的《四库提要订误》，对四库提要著录之书的书名、卷数、版本、作者及其生平以及内容评价等方面的错误进行了诸多订正；黄爱平的《四库全书纂修研究》以扎实、严谨的学风，对《四库全书》纂修过程及其相关问题进行了全面研究。我们有理由相信，在文化事业蓬勃发展的今天，《四库全书》必将对中华民族的伟大复兴发挥重要作用。
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