努尔哈赤还制定了厚待功臣的重要国策。对于早年来投、率军征战、尽忠效劳的“开国元勋”，如费英东、额亦都、何和里、扈尔汉、安费扬古等“五大臣”及杨古利、冷格里等人，给予特别礼遇和优待，赐给大量人畜财帛，任为高官，封授爵职，联姻婚娶，荣辱与共。当这些功臣出了差错时，他着重指出“贫时得铁，犹胜于金”，常以其功而从轻处治。努尔哈赤重用贤人和厚待功臣，招徕了许多机智忠贞武艺超群的有才之人和猛将谋士，他们献计献策，奋勇冲杀，善理国政，自此，女真部逐渐“民殷国富”，国势日强，军威大振。这就在政治上、经济上、军事上为统一女真各部、建立和壮大后金国，奠定了牢固的基础。另一方面，在军事与外务上，努尔哈赤也制定了正确的方针、政策和具体策略。他采取了“恩威并行，顺者以德服，逆者以兵临”，即以抚为主，以剿相辅的方针。其具体内容有三，一为抗拒者杀，俘获者为奴。因纳殷部七村诸申降后复叛，据城死守，“得后皆杀之”。额赫库伦部女真拒不降服，努尔哈赤遣兵攻克，斩杀守兵，“获俘一万”，灭其国，“地成废墟”。二是降者编户，分别编在各个牛录内，不贬为奴，不夺其财物。原是部长、寨主、贝勒、台吉，大都授官职，编其旧属人员为牛录，归其辖领。三为来归者奖。对于主动远道来归之人，努尔哈赤特别从厚奖赐。当他听说东海虎尔哈部纳喀达部长率领一百户女真来投时，专遣二百人往迎，到后，“设大宴”，厚赐财物，“为首之八大臣，每人各赐役使阿哈十对、乘马十匹、耕牛十头”，以及大量皮裘、貂帽、衣、布、釜盆等物。对其他随从人员，亦“俱齐备厚赐之”。这样就缩小了打击面，争取到许多部长、路长带领属人前来归顺。仅据《八旗满洲氏族通谱》的记载，黑龙江、吉林、辽宁女真酋长统众来归的，就有二三百起之多，因而加速了女真统一的进程，减少了不必要的伤亡和损失。努尔哈赤还采取了正确的用兵策略，一般是由近及远，先弱后强，逐步扩大。他积极争取与蒙古联盟，尽力避免过早地与明朝发生正面冲突，直到万历四十六年(1618)以七大恨誓师伐明以前，没有受到明军的征剿，这极大地有利于统一女真事业的顺利进行。努尔哈赤充分发挥了自己非凡的军事指挥才干。他长于用计，重视保密，多谋善断，议即定，定即行，出兵犹如暴风骤雨，迅不可挡，经常以少胜多，变被动为主动。努尔哈赤自幼喜爱兵猎，武艺超群。遇逢征战，他便率先冲阵，拼死厮杀。后来他回顾数十年戎马生涯时总结说：“吾自幼于千百军中，孤身突入，弓矢相交，兵刃相接，不知几经鏖战。”这种英勇的气概和猛烈冲杀的作风，建立起崇高的威信，使部众竞相效尤，因而能够做到令必行，行必从。有了这些决定性的因素，努尔哈赤不仅能在夹缝中求生存，从绝境里找出路，避免了灭门之灾，而且不断由弱变强，由小到大，顺利地进行着统一女真各部、建立后金国的事业。从明万历十一年以遗甲十三副兴师起，取图伦，下巴尔达，斩尼堪外兰，败九部联军三万，十年之内统一了建州女真部落。接着，他又灭哈达，并辉发，亡乌拉，降叶赫，取东海女真。三十六年内，统一了建州、海西女真及大部分“野人女真”部落，“自东海至辽边，北自蒙古嫩江，南至朝鲜鸭绿江，同一音语者俱征服”，“诸部始合为一”。在统一女真各部的过程中，努尔哈赤积极建立国家政权。万历十五年(1587)，努尔哈赤在呼兰哈达东南加哈河、硕里加河两界中的平岗筑城三层，“建衙门楼台”。六月二十四日，“定国政，禁革作乱、窃盗、欺诈，立禁约法制”。万历二十三年，他自称“女真国建州卫”王子。万历三十三年，他又自称“建州地方等处国王”、“建州王”、“建州国汗”。与此同时，他命额尔德尼、噶盖创制满文，又逐步建立牛录??八旗制度。万历四十三年，八旗制度正式确立，所有人员皆须编入八旗，一牛录三百丁，设牛录额真一员、代子二人、章京四人。五牛录为一甲喇，设一甲喇额真。五甲喇为一旗，置固山额真一、梅勒额真二。八旗人员居住同一地区，互为婚娶，耕田种地，牧马放羊，采参打猎，遵守国法，纳赋服役，听从汗、贝勒统率，使用满语满文。服装发式亦须一律，妇女不得缠脚，男子皆要剃发留辫。这样一来，使原先来自不同地区、制度相异、习俗不一的几十万女真、蒙古、汉人，在生产力、生产关系、赋役负担、国家法令、语言文字和风俗习惯等等方面，大体上达到了同样的水平，旧有的差异迅速消失，一致性愈益增多，逐渐形成为一个在经济条件、语言文字、心理状态等方面基本一致的新的民族共同体??满族。
五十八岁的努尔哈赤，便于万历四十四年(1616)正月，在赫图阿拉举行开国登基大典，自称“承奉天命覆育列国英明汗”(简称“英明汗”)，定国号为后金，建元天命。一个辖地数千里、臣民数十万的强大的后金国，出现在中国的东北地区。明万历四十六年(天命三年，1618)四月十三日，努尔哈赤以“七大恨”呈告皇天，声讨明国之过，发军征明，努尔哈赤的“七大恨”，是指责明朝政府欺凌自己和广大女真的七条大罪。第一恨为明军“无故生衅于边外”，杀其祖父觉昌安与父亲塔克世。第二恨是明朝违背誓言，“遣兵出边，护卫叶赫”。第三恨系明臣背誓，指责建州擅杀出边采参挖矿的汉民，逼令建州送献十人斩于边上。第四恨，乃明朝“遣兵出边，为叶赫防御”，使叶赫将其许聘与努尔哈赤及其子代善之女“转嫁蒙古”。第五恨是，明廷遣兵，驱逐居住柴河、齐拉、法纳哈三路耕田种谷的女真，“不容收获”。第六恨为明帝听取叶赫谗言，遣人持函，“备书恶言”，侮辱建州。第七恨是明廷逼迫努尔哈赤退出已经并吞的哈达地区。“七大恨”所表述的基本思想和主要目标，是正义的，是合情合理的，对激励女真(满族)奋发图强，英勇冲杀，反抗明朝政府的压迫，起了巨大的作用。天命三年(明万历四十六年，1618)四月十五日“乘隙突入”，轻取抚顺，连下东州、马根单等城堡五百余，掠人畜三十万，编降民一千户，又击败辽东总兵官张承胤、副将颇廷相援之兵一万，杀总兵、副将、参将、游击及千把总等官五十余员，获马九千匹、甲七千副。努尔哈赤厚待抚顺降将李永芳，将其从游击擢升副将，又以孙女嫁彼为妻，尊称为“抚顺额驸”，并赏赐降民大量牛、马、猪、犬、衣物、房、田，依照明制设官，令李永芳统管。抚顺失陷，总兵战殁，败报至京，“朝野震惊”。明廷起用曾任“经略朝鲜军务”要职和辽东巡抚的杨镐为辽东经略，以宁远伯李成梁之子李如柏为辽东总兵官，调兵四方，议兵十万、饷三百万，准备大举征剿建州。明万历四十六年(天命三年，1618)闰四月，辽东巡抚李维翰移咨朝鲜待机合剿，指责“建酋奴儿哈赤”“无端生事，计袭抚顺，公行叛逆，罪大恶极，法当诛讨”。总兵李如柏宣称：“今已有明旨，选精兵百万，勇将千员，分路并进，务擒元恶，枭首藁街。”万历四十六年十二月经略杨镐奏上“擒奴赏格”，兵部尚书黄嘉善覆奏，万历帝批准，颁示天下。赏格规定，擒斩努尔哈赤、“八大总管”、“奴酋十二亲属伯叔弟侄”，及其中军、前锋、“领兵大头目”、“亲信领兵中外用事小头目”的，一律重赏，封授世职。叶赫金台石、布扬古贝勒能“擒斩奴酋”，“即给予建州敕书，以龙虎将军封殖其地”。
万历四十七年二月十一日，明辽东经略杨镐、蓟辽总督汪可受、巡抚周永春、巡按陈王庭，在辽阳演武场，集合征辽官将，议定分兵四路，北路以原任总兵马林为主将，西路主将是山海总兵杜松，南路由辽东总兵李如柏为主将，东路主将是总兵刘?。四路兵共八万八千五百余人，加上朝鲜兵一万三千余及叶赫兵二千，号称四十七万，携带枪炮数万，约定分道出边，三月初二日在二道关会合，集中进攻后金都城赫图阿拉。努尔哈赤早已探听到明军消息。面临大军围剿、有可能遭到灭门灭族之灾的危险形势，身经百战的努尔哈赤和八旗子弟，却镇静自若，从容应战，胸怀保家卫族的决心，誓死杀敌。努尔哈赤显示了非凡的军事指挥才干，采取了集中兵力、各个击破、发挥所长、克敌之短的正确方针。他强调指出：“恁你几路来，我只一路去”，撤回各屯寨士卒，只留少数兵土防御南路、东路，八旗劲旅首先迎战明军主力西路杜松部。建州知悉杜松“勇健绝伦”，决定设下埋伏，智胜勇取。当杜松领军二万余，日驰百余里，赶至浑河时，努尔哈赤已在山林深处埋下精兵，并遣人堵住上游，使河水突浅，一待杜松见水很浅而率军渡河时，后金军决堤，河水骤涨，“水深没肩”，明兵“没于河者几千人”。当明军拥挤过河后，伏兵突起，努尔哈赤带领大贝勒代善、二贝勒阿敏、三贝勒莽古尔泰、四贝勒皇太极和八旗大臣，统率八旗劲旅，以两倍于杜松的兵力，勇猛冲杀，三月初一日，于萨尔浒(距赫图阿拉西一百二十里，今辽宁抚顺东大伙房水库)迅速消灭了西路明军，斩杀杜松、王宣、赵梦麟三总兵。第二日，努尔哈赤又统军击败北路军，总兵马林仓皇逃遁。努尔哈赤坐镇赫图阿拉，遣大贝勒代善，率诸贝勒、大臣，领兵迎击明勇将刘?的东路军。当刘?于三月初四日进至阿布达里岗距赫图阿拉约五十里时，后金军早已“设伏于山谷”，并遣一明降官，持所得杜松的“号矢”(即令箭)，驰至刘营，诱其速进，刘?中计，匆忙前往，队不成列，一入伏中，代善挥令八旗劲旅突起冲刺，斩杀刘?，明军措手不及，全军覆灭，朝鲜从征元帅姜弘立率众降金。明辽东总兵官李如柏知悉兵败，奉杨镐命令，仓皇撤退。明军四路出击，三路败没，四位总兵战死，阵亡道臣、副总兵、参将、游击、都司、通判、守备、中军、千总、把总等官三百一十余员，兵丁死亡四万五千八百余名，丢失马、骡、驼二万八千余匹，遗弃火器大小枪炮二万件。明金(清)之间的第一次大决战，由于满族领袖努尔哈赤的正确指挥和八旗健儿的奋勇冲杀，终于以明军在萨尔浒的彻底失败而结束，新兴的满族避免了亡族之灾，迅速前进，后金国更加壮大了。
明万历四十七年(天命四年，1619)三月的萨尔浒之战，使明金关系发生了根本性的变化，从此，后金获得了主动权，人心振奋，器械充足，战马成群，军威远扬，而明国则君惊臣恐，官兵畏战，人畜火器损失巨大，士无守志，陷入了被动困窘的逆境。天命四年六月十六日，努尔哈赤乘明摄开原道事的推官郑之范贪婪昏庸不理防务和总兵马林松懈疏忽，率领大军轻取辽东军事要镇开原，“易如拉朽”，斩杀马林等官将。七月二十五日又攻克了铁岭，后金军威声震天下。在军事进展异常顺利的形势下，努尔哈赤在政治上、经济上、外交上采取了一系列有力措施，来巩固内部、壮大实力、突破包围，为夺取辽东创造条件。天命四年七月，原开原千总王一屏、戴集宾、金玉和、白奇策及守堡戴一位，因“女被俘”，带二十余人“觅妻子来降”。佟家的二十人亦叛明逃来。努尔哈赤十分高兴，谕告说：“尼堪无叛逃他国之例”，“观此来降者，知天意佑我矣。彼闻吾养人，故来投耳”，“我等应善养来投之人”。遂赐六员千总各人五十名、牛马五十匹头、羊五十只、骆驼二头、银五十两、绸缎十匹、布一百匹。赐守堡、把总等官各四十人、牛马四十匹头、羊四十只、骆驼一头、银四十两、?缎八匹、布八十匹。其余随从人员各依职务，赐与妻子、役使阿哈、田舍、耕牛、乘马、衣服、粮食等物。七月二十六日，努尔哈赤亲率八旗健儿，在铁岭击败喀尔喀部斋赛等贝勒援明之兵，生擒斋赛父子三人及色本等二十名贝勒、台吉，使满蒙关系发生了重大的变化。努尔哈赤一向重视与蒙古各部的和好、联盟，很早便与蒙古科尔沁部、喀尔喀五部的一些贝勒、台吉遣使往来，联姻婚娶，他曾将三弟舒尔哈齐贝勒之女孙带格格抚为己女，嫁与喀尔喀部之巴约特部恩格德尔台吉。他闻听科尔沁部的兀鲁特部明安贝勒之女“颇有丰姿”而聘为妃，又娶科尔沁部孔果尔贝勒之女。其子褚英、莽古尔泰、皇太极、德格类，皆分别与内齐汗等贝勒之女结为夫妻。特别是建州兴起以后，明朝实行“以西虏(蒙古)制东夷(建州)”政策，每年花上百万两银子，赐与蒙古贝勒，要他们出兵，助明作战，从北面包围后金，更加突出了蒙古在明金争斗中的重要地位和强大影响。在明廷重赏的引诱下，称霸于喀尔喀五部的斋赛，以及扎鲁特部色本、巴克贝勒等人，与明联盟，誓征建州，一再袭击后金村寨，劫杀后金使者，并出兵来援铁岭。甚至连努尔哈赤的内弟桑噶尔寨(明安贝勒之子)，也领兵随同斋赛，来援明朝，征剿姐夫。努尔哈赤抓住斋赛、色本以后，作出了明智的决定，暂不杀戮，并释放斋赛部下一百四十人返回其部，以此来争取蒙古喀尔喀五部脱离明国，让他们与后金建立友好联盟关系。此举果然见效，八月，喀尔喀五部诸贝勒遣使来，请求不杀斋赛，努尔哈赤回信，列举斋赛之过，说明因念及五部卓礼克图洪巴图鲁贝勒、厄布拉德依皇台吉，故拘而未杀。十月二十二日，以卓里克图洪巴图鲁贝勒为首的喀尔喀五部贝勒，遣使来求联盟对明，战则同战，和则同和。努尔哈赤于十一月初一日遣额克星额等五大臣前往，与五部贝勒宰牛杀马，对天盟誓，决心“共议讨伐原来之仇敌明国”，若欲议和，必“共同议和”，违者“损寿短命”。努尔哈赤释放斋赛之子克实克图，厚赐皮裘衣帽鞍马，送彼回部，并宣布待两国同征明国，取得广宁以后，再考虑斋赛的归期，在此之前，其二子可轮流在后金侍奉其父;后金与蒙古喀尔喀五部的关系发生了可喜的变化。
努尔哈赤又于天命五年正月十七日，修书回复察哈尔林丹汗的来信，指责他狂妄自大冒称“四十万之蒙古主”，讥讽其两败于明损兵折将，劝其勿受明之财帛，为利所诱而开罪于己。努尔哈赤还试图削弱朝鲜与明国的关系，突破南边的包围圈。朝鲜国王一向紧跟明朝政府，轻视建州，并遵明帝之命，派都元帅姜弘立领兵一万三千余名，随明总兵刘铤，从东进攻赫图阿拉。天命四年三月初，努尔哈赤大败明军于萨尔浒时，逼迫姜弘文率兵五千投降，免死拘留，并于三月二十一日遣使致书朝鲜国王，自称“后金国汗”，列述“七大恨”，指责明朝欺侮建州和朝鲜，“明国皇帝要派彼之诸子到朝鲜和我国做国主，这个尼堪皇帝凌辱我等二国太甚”，劝说朝鲜背离明朝。虽然朝鲜回信，坚持亲明尊明政策，劝告努尔哈赤罢兵和好，仍尊明帝为君，自居属臣，但努尔哈赤并未罢休，继续遣使入朝，讲述己见，欲离间朝鲜与明国的关系。与此同时，努尔哈赤积极巩固内部，增强实力。天命四年六月，为便于用兵，于界凡筑“行宫”及八旗贝勒、大臣、兵士住房，迎汗和诸贝勒福金来此居住，十六个月后又迁居萨尔价，一步一步逼近明境。天命五年三月，努尔哈赤第一次制定“论功序爵”的制度，援用明朝官称，设总兵官、副将、参将、游击，均分为三等，大体上原来任固山额真之人即为总兵官，梅勒额真为副将，参将、游击为甲喇额真，原来当牛录额真的，一律为备御。从总兵官至备御，皆为世职。另外，每牛录下，设千总四员。这对鼓励八旗官将效忠于汗为国出力，起了相当大的作用。天命五年六月初四日，努尔哈赤命竖二木于门外，下令说：“凡有下情不得上达者，可书诉词悬于木上，吾据诉词颠末，以便审问。”这一措施，有利于体恤民隐，主持公正，使下情有可能上达于汗。同月，努尔哈赤第一次派遣人丁，“往东海煮盐”。建州女真地区素不产盐，一向依靠“抚赏”、“告讨”，从明朝边臣手中领取十斤八斤二十斤盐，十分困难，以致相当多的女真人长期没有盐吃，衣阿哈常因无盐食而离主逃走。这次煮盐，效果显著，不久便运回一二十万斤，“于国内按丁给与”，在一定程度上缓和了食盐供应极为紧张的局面。天命五年九月，努尔哈赤处理了皇族内部纠纷的重大案子，第一次提出了“共治国政”的制度。相当长的时间里，二贝勒阿敏厌恶其异母之弟斋桑古贝勒，大贝勒代善虐待前妻之子硕?贝勒，关系十分紧张。九月初三日有人首告斋桑古、硕托欲叛逃明国，十三日努尔哈赤与诸贝勒、大臣议定，“发兵堵截通往明国之路”，当晚将二人拘留监禁，代善、阿敏向汗奏乞，欲杀二人。二十日努尔哈赤断定斋桑古、硕?是与其兄其父不和而出怨言，并非叛逃，下令释放。随即查明，代善不将“良好僚友、国人”分与前妻之子岳?、硕?，并诬告硕?与己二妾通奸。努尔哈赤大怒，严厉谴责代善，愤怒指出这种听信后妻谗言欲杀亲子之人，“哪有资格当一国之君，执(掌大政)！”立即当众宣布：“先前(欲使代善)袭父之国，故曾立为太子，现废除太子，将使其专主之僚友、部众尽行夺取。”二十八日，代善亲手杀死继妻，遣人向努尔哈赤奏请，要求“若蒙父汗不处死刑而得再生”，希望允己叩见请罪。努尔哈赤表示了宽厚的态度，并令代善与诸弟立誓缓和关系。代善对天发誓，今后“不再为非”、怀抱怨恨。八和硕贝勒、众大臣“亦立誓书”，指责了代善的过失，宣布“立阿敏台吉、莽古尔泰台吉、皇太极、德格类、岳?、济尔哈朗、阿济格阿哥、多尔衮、多铎为和硕额真”，规定新汗“不得恣意横行”，不能出于一己私怨而贬革勤理政务的和硕额真。如果某一和硕额真犯有扰乱政务的罪行，则由另外七旗和硕额真集议裁处，该罚则罚，该杀则诛。代善虽被革除太子，但仍旧统辖原有的正红、镶红二旗，仍居四大贝勒之首，佐理国政，统军出征。后金统治阶级的内部矛盾，有了较大程度的缓和。
天命六年闰二月十六日，针对阿哈遭受奴隶主虐待而反抗逃亡的情况，努尔哈赤下达“汗谕”，劝诫家主“宜怜阿哈”，“阿哈应爱主”，“双方应该相互慈爱”。他要求阿哈将“耕种田地之谷”全部交与家主，主人家中要多织布，供给阿哈衣服饭食，如果家主不“善养”阿哈，阿哈“以衣食为劣而上诉后”，“则从虐养之主取之，转而给与善养之主”。努尔哈赤发布这一汗谕，是企图在大举攻明前夕，缓和奴隶主与奴隶之间尖锐的阶级矛盾，巩固和维护后金国中占居主导地位的奴隶制生产关系。在政治、经济、外交、军事等诸方面，做了充分准备之后，努尔哈赤利用明朝辽东旧经略熊廷弼被罢革新经略袁应泰不谙兵法的好机会，决定进攻沈阳、辽阳，发动了明金(清)之间的第二次大决战。明天启元年(天命六年，1621)三月十日，努尔哈赤亲率大军出发，十二日晨到达沈阳，在城东七里河的北岸筑造木城屯驻。沈阳“城颇坚，城外浚壕，伐木为栅，埋伏火炮”。城外挖有与人身相等的陷阱十道，井底密插尖木桩，陷阱之后挖有四道大壕，尖桩密布，又树立大栅栏，沿内壕排列?车，每车安放大炮二门小炮四门，两车之间又置大炮五门。奉集堡、虎皮驿亦皆开河建闸，修缮坚固，与沈阳成为犄角。沈阳城内有贺世贤、尤世功二总兵官，各将兵万余，总兵官陈策、董仲揆引川浙兵一万余正自辽阳来援，守奉集堡总兵李秉诚、守武靖营总兵朱万良、姜弼亦领兵三万来援。按军队总数而言，明国稍占优势，兼之沈阳城坚濠宽堑深，枪炮众多，明军如果据城死守，是很难攻克的。努尔哈赤知悉单凭硬攻，以弓矢对枪炮，以人力攻坚城，是难以奏效的，如战事拖延，陈策、李秉诚等四万余军队及其他援兵赶到之后，腹背受敌，局势便十分险恶了，遂临机应变，果断决定诱敌出城，发挥己军善于野战的长处，设下埋伏，乘机歼敌。三月十二日，努尔哈赤先派数十名骑兵“隔壕侦探”，被总兵尤世功家丁追击，死四人。勇猛寡谋的总兵贺世贤“勇而轻，谓奴易与”，遂改变了原来“固守”的方针，“决意出战”。第二日，努尔哈赤又遣少数老弱士卒挑战，贺世贤饮酒大醉，率家丁千余出城，夸下海口说，要“尽敌而反”。金兵“诈败”，世贤中计，“乘锐轻进”。一入伏中，后金“精骑四合”，将明兵重重包围，奋勇砍杀，大败明兵。世贤“身中四矢”，且战且走，退至城边，因吊桥绳索被努尔哈赤数月前派往城中诈降的蒙古、女真人砍断，不能入城。八旗兵追至，击杀贺世贤及来援的尤世功，冲入城内，打下了号称金城汤池的沈阳重镇。此时，明总兵陈策等率川浙兵来援，刚至浑河，川兵渡河，营于桥北，浙兵在桥南，营寨尚未安好，努尔哈赤乘机率军猛攻，先消灭了桥北川兵，随即击败朱万良、姜弼来援的三万明军，紧接着又歼灭桥南浙兵。一日之内，努尔哈赤统率八旗健儿五、六万，鏖战四次，将七万余明军各个击破，攻克沈阳，创造了军事上集中兵力击败优势敌军的光辉战例。
努尔哈赤屯兵五日，论功行赏，三月十八日集诸贝勒、大臣定议，进军辽阳。三月十三日沈阳一失，辽阳危如累卵，城中“兵不满万”，又“身无介胄，器不精利”，辽东“战将劲兵”，一半损于沈阳之战，一半在各地应援。如果金兵于十四日飞驰进击，当天即可轻取辽阳。明经略袁应泰、巡按张铨利用努尔哈赤的迟延和失误，飞速征调援军，撤虎皮驿、奉集堡兵回辽阳，五天之内，凑集了十三万大军。三月十九日午时，努尔哈赤率军进至辽阳城东南角，当天晚上，于城南七里安营扎寨。此时，论兵数，明倍于金。讲地形，明防守，得地利。辽阳城十分坚固，“城高厚壮，屹然雄峙”，城外挖濠三道，每道宽三丈、深二丈，濠外复筑大堤潴水，又引入太子河水，灌满护城深壕。辽阳有上万门大炮，其中七门，各重一千余、二千余、三千余斤，一发可毙敌数百，威力很大。《武皇帝实录》卷三记述辽阳守备情况说：“(明臣)放代子河水于壕，塞其西闸，内列火器于城上，排兵四面，守御甚严。”朝鲜文献甚至记述了后金军望城生畏的情形，指出：“(八旗军)至辽阳，望见城池险固，兵众甚盛，虏皆意沮欲退。”如果明经略袁应泰调度有方，凭坚死守，辽阳是不会轻易失落的。努尔哈赤看到明军守备甚严，决定避免硬攻，力争智取。他首先严正宣布必战、死战的决心，声色俱厉地谕告众人说：“一步退时，我已死矣。你等须先杀我，后退去”，并立即“匹马独进”。这种无所畏惧的英雄气概，对八旗官兵发挥了强烈的影响，促使他们知难而进、转怯为勇。努尔哈赤再次运用发挥所长制敌所短的正确战术，决定诱敌出城，引入伏中，以便合歼敌军，同时又派遣“细作”，混入城内，待机内应。三月十九日，他先差少数人马横渡太子河，诱骗敌人，明军果然中计了。明经略袁应泰本来已和诸将议定，“畏敌多，主守”，现在看见后金兵马太少，“其骑可数”，遂因“见贼少而主战”，亲督侯世禄、李秉诚、梁仲善、姜弼、朱万良五总兵，率兵出城五里，在教场扎营。明兵忽守忽战，军心不定，努尔哈赤乘机指挥军队，“奋力冲杀”，“明兵大溃而死”，“军败多死”。第二日，三月二十日，努尔哈赤亲督士卒猛攻，鏖战多时，明兵又败。三月二十一日，努尔哈赤领军乘胜进击，原先派入的“奸细”从中内应，遂攻下辽阳，袁应泰自尽，张铨被俘，不屈而死。努尔哈赤带领八旗贝勒、大臣，进入城内，驻于经略衙门，谕令汉人归顺，辽河以东的宽甸、海州、耀州、盖州、镇江、熊岳、复州、汤站、武靖营、长宁、长静、三河、十方寺、永宁、镇夷、威远、孤山、甜水站、草河、奉集、平虏、蒲河、懿路、鞍山等七十余城官民“俱削发降”。
天命六年四月十一日，努尔哈赤召集诸贝勒、大臣，商议是否迁都于此？他们都主张回到建州，不愿留住辽阳。努尔哈赤断然拒绝了他们的建议，责备诸子目光短浅，没有雄心壮志。他强调指出：承蒙皇天眷?，艰苦创业获得成功，降服了辽河以东地区，如果回到故里，辽阳必为明国收复和固守，逃散于山谷的城堡人丁便摆脱了后金的统治，“弃所得之疆土而还国，必复烦征讨”，皇天如此“喜爱之地方”，焉能抛弃！他谕告诸子要胸怀大志，并语重心长地说：“今我兴兵，为尔等众子创立大业。诸子，尔等焉能说不能呢！”于是，诸贝勒、大臣一致回答说，“此言诚然”，遂定议迁都辽阳，派人迎接汗之福晋和皇子，将建州地区人丁移驻辽东。努尔哈赤这一决策，对促进后金的发展起了重大的作用。天命七年正月十八日，努尔哈赤统领八旗劲旅，西征明朝辽东重镇广宁。虽然明在关外有军队二十万，两倍半于金军，而且火器众多，但努尔哈赤并不畏惧，二十日即渡过辽河，进围西平，二十一日午时猛攻克城，并随即与十万明军鏖战于沙岭，斩杀辽东总兵刘渠、援辽总兵祁秉忠，大获全胜，明辽东巡抚王化贞弃广宁城匆忙逃遁。正月二十四日，努尔哈赤领军至广宁，明游击孙得功等率士民执旗张盖奏乐叩降，迎入城中，驻巡抚衙门。平阳、西兴、锦州、大凌河、右屯卫等四十余城官兵俱降。二月十七日，努尔哈赤命诸贝勒统兵留守广宁，将锦州、义州等处官民迁于河东，回归辽阳。明天启元年(天命六年，1621)三月后金军进驻辽东以后，努尔哈赤面临着截然不同的新形势，即在长期封建化的汉族地区，确立和巩固后金国的统治，因而必须解决新出现的许多难题。比如，辽河东西主要是汉族居住，不管是生产关系、政治制度、文化传统，还是生活方式、风俗习惯、服装发式，以及语言文字、相貌性格，与满族都截然不同，对他们怎样管辖，怎样剥削？满族人丁移居辽东后，怎样安置，是固守旧俗，还是改行汉制，或是另他法？辽东及其附近，有相当多数量的蒙古部落，对他们采取什么样的方针和政策，满、蒙、汉之间的关系，是什么样的布局？辽东地区人丁大减，民不宁居，田地荒芜，社会混乱，怎样安定，怎样恢复？明廷大调兵马，广修城堡，抢运粮草，赶制火器甲仗刀箭，力图挽救辽东危局，守住宁远、锦州，确保山海关内安全，并屡派密使，潜入辽东州县，联络反金人员，策划武装反抗和大批外逃，以扰乱金国，牵制其兵力，进而伺机出兵，收复失地，此情此策，如何对付。特别是辽东汉民的激烈反抗，怎样处置？自从天命六年三月后金军进驻辽东以后，八旗贵族官将大量掠民为奴，扩大奴隶制剥削范围，激怒了长期反抗封建制度的辽东军民，他们不顾汗、贝勒的残酷镇压，铤而走险，英勇斗争。
就在三月二十一日辽阳失陷金兵夺据全城的恶劣处境下，广大辽阳城民便针对后金贪婪抢掠的恶习，“放火焚家，锅、瓮、窗纸，尽皆毁坏”，以示抗议。镇江古河屯民陈大等，“不受伪命”，刺杀后金所遣招降金州、复州、海州、盖州四卫的宽奠参将陈尧道、守备郭彦光、吕端，“聚集三千人，歃血共盟”。马虎山任九、锡头山金国用、马头山崔天泰、卓山王思绍等，以及“东山矿徒”，不肯降金，“各聚众以待大兵(明兵)”。盖州生员李遇春等，聚“矿徒二千余人以守”，击杀后金所派劝降使者。辽东兵民大批出走，逃离金国辖区，避居沿海岛屿及进入朝鲜的，有数十万人，逃入关内的更多，天命七年，已达二百八十余万人。反金的武装斗争，风起云涌，绵延不断，五年内(1621?1626)，已经发生和正在积极准备进行武装反抗的州县有辽阳、海州、鞍山、耀州、盖州、复州、岫岩、?河、新城、金州、镇江、清河、抚顺等地，基本上遍及后金全部辖区。辽民还采用了其他方式进行斗争。有的秘密投放毒药，欲图毒死汗、贝勒和八旗官兵；有的违犯禁令，私藏兵器，不按规定上缴武器，为兴师起义作准备；有的蔑视汗谕，收留逃亡的兵民和阿哈；有的想方设法，打死为非作歹的八旗官兵，惩治欺压人民的暴徒。正是由于辽东兵民和满族阿哈强烈反对野蛮的奴隶制和八旗贵族的奴役，“不定居，常逃走，从事奸细”，频繁起义，大批逃亡，造成了“叛逃甚多，乱”的局面，使得后金国中城乡不宁，境内混乱，严重地威胁到后金的统治。面临着复杂的危险局势，努尔哈赤果断地确定了承认辽东汉民原有的封建制、陆续缩小满族奴隶制并促进其向封建制过渡的方针，及时地推行了“各守旧业”和“计丁授田”等过渡性质的新政策。天命六年四月初一，即金军攻下辽阳后的第八天，努尔哈赤谕劝海州、复州、金州民归降时，正式提出了对待辽民的“各守旧业”政策。他下达汗谕说：对经过“死战而得获之辽东城民，尚皆不杀而养之，各守旧业”，使辽民“皆各出其力，经商行贾，美好水果，各种良物，随其所产，此乃长远之利矣！”过了一个月，他在谕劝镇江民降顺时又指出：不会因镇江民杀死遣往劝降的后金官员，“而将此处之民俱皆杀戮，此处所出口粮尽皆丢弃”。“我方以民缺少为恨”，辽民应快归顺，则“各守其宅，各耕其田”。此后又多次重申这一政策。按照这一政策，辽东兵民可以各自保有自己原来的祖业，各自从事先前从事的行业，因此，地主的田地房宅仍旧归其所有，他人不得侵占，原来经商开店的，照样能够购进货物，打造器具，出售获利，富家大户仍旧可以雇佣工人，招佃耕种，收取租谷，而原来的佃农，还得租种地主庄田，雇农仍为东家效劳，帮工、学徒依然要在老板作坊店铺中出力。这就意味着，辽东地区的新主人金国英明汗努尔哈赤，承认了这个地区过去各行各业的旧传统、旧的产权形式、旧的经营方式，即承认了辽沈地区汉民中的封建生产关系可以延续，并保障封建制，甚至还在一些地方恢复封建制的剥削方式。
紧接着，努尔哈赤又宣布实行“计丁授田”政策。天命六年七月十四日，努尔哈赤颁发分田汗谕，命于海州地方取无主之田十万日(一日为田六亩或十亩)、辽东地方取田二十万日，分给八旗兵丁和汉民，一丁给与种谷之田五晌植棉之田一晌，“均行给与”，“乞丐、僧人皆分与田，勤加耕种”。同年十月初一日，他又降谕汉民说：辽东五卫之人和海州、盖州、复州、金州四卫之人，令种无主之田三十万日。此后，多次将田地授与满汉人丁。在授与汉民的土地上，基本上是延续了过去辽民的封建生产关系。努尔哈赤在“各守旧业”、“计丁授田”的基础上，沿袭了明朝政府的封建赋役制度，并作了一些必要的修改。在七月十四日的分田谕中，努尔哈赤曾规定，领受田地的汉民，“三丁耕官田一晌”，“每二十丁，征一丁当兵，以一丁服官役”。但这种耕种官田的劳役地租剥削方式太古老了，根本不适合于已经长期封建化的辽东地区，无法推行，乃改订新法。天命六年八月十七日，努尔哈赤下令：“从速逼迫催征依照旧例征收官赋之谷草”。九月十六日又谕令管理汉民事务的八游击、二都司，“官赋征收之谷，须并征以草”。十二月初十日，他再下汗谕，指责盖州副将刘兴祚说：“依照旧例征收之谷、银、炭、铁、盐等官赋，何故不从速催督遣送”，责令刘遣派兵士，“催征依照旧例征收之赋”。这个“旧例”，就是明朝政府在辽东征收封建赋税的规定。由于金国一向采用以丁为主要的计算单位，因此，努尔哈赤在保留明朝政府征收封建赋税的基本项目和正额数量的条件下，渗进了入驻辽沈前的传统作法，实行计丁征赋佥役制。天命六年十一月十八日，努尔哈赤下达给汉民的“文书”说：辽东的“各种贡赋”，原来皆以户计，结果“富人给财而免役，穷人无财而应差”，现改用“我之旧制”，“以丁计算”，男丁二十人征兵一人，遇有急事，每十人出一人服役，“若系缓事，百人出一人服役”。当兵之人所需“乘十两之马，以及携带之器具”，令二十人承担置办。天命八年二月，“一年一丁之征取官赋者，赋谷、赋银、饲养军马之料，合共三两”。对于满族的诸申，除了按丁交纳官赋以外，还要当兵应役，大体上是三丁征一为兵，遇有重大战争，比例更大一些。天命六年十一月，努尔哈赤下谕，每牛录增披甲五十，分驻辽阳、海州。天命七年正月征广宁，努尔哈赤命令每牛录出一百甲从征，以五十甲留守。按一牛录一百五十甲计，是二丁抽一为兵。其他筑城、运粮等，也常佥诸申赴役。由于包衣阿哈猛烈反对奴隶主的野蛮奴役而大批逃亡，努尔哈赤既下汗谕，命令阿哈必须“以主为父”，“不萌贼盗奸诈凶暴之念”，“尽力从事阿哈之事”，以免被主责骂拷打；同时，又惩办了一些残酷虐待阿哈、打死阿哈的奴隶主，不许主人任意杀害阿哈④。这对促进满族从奴隶制向封建制过渡，起了一定的作用。
天命六年，努尔哈赤进驻辽阳明辽东经略衙门以后，即定下了大量任用汉官的政策。二十四日，他下令“释辽阳狱中官民，查削职闲住者，复其原职。设游击八员、都司二员，委之以事”。努尔哈赤这样做，是十分正确的。因为，以汗、贝勒为首的满族贵族人数并不多，五、六万金兵，只能聚居在辽阳、沈阳、广宁及少数军事要地，其他州县和广大乡村，则难以一一分兵屯驻，兼之，言语不通，文字相异，服饰有别，习俗不同，无法了解辽民心情，不易查获叛逃密谋，也很难逼迫汉人纳粮贡赋当兵服役。在这样条件限制下，没有汉族地主阶级代表人物的支持，汗、贝勒是很难在辽东站稳脚跟的。努尔哈赤就曾专门召集汉官对他们说：“尔等之国人，可信者，不可靠者，尔等知之矣。”努尔哈赤特别注意收罗和起用明朝的罪臣、废官及中下武将和官吏。他在六月初八日对督堂下达专谕，指示不用明朝大臣，而应擢用愿为金国效劳的小官小吏，因为，原系明朝大臣之人，“一向为官，不为我等效劳”，于金无益，而那些微员小吏偏裨末弁，以及罪臣闲官，或因少读诗书，唯图渔利，贪赃枉法，谋升官职；或是官场失利，打入狱中，心怀不满，因而有可能背叛旧君，投靠新汗，“归向我等”，“谄谀于我等，出其力，致其才”。所以，他任用的汉官，“一半在明朝时得获死罪，关在狱中，一半失去官职，一无所有，又皆战阵所获而养之也”。努尔哈赤在给“明国众游击官”下达的汗谕中，对他们提出了四个方面的要求，一是责令降金汉官“勤守各种法令”，即贯彻执行要求阿哈耕田交谷、强迫汉民种地守法、纳粮当差、不得叛逃等等法令和汗谕。二要汉官“为汗之眼，观察众人；为汗之耳，用以听众，诸凡各事，皆详加督察。”即要他们侦察汉民对待汗、贝勒的态度，有无叛逃密谋，随时上报，为努尔哈赤制定的“平盗贼，止恶逆”政策服务。三为谕令汉官“公正审断”，以维护后金国的统治。第四是谕劝汉官不要“科索下人”，以免激化矛盾，招致辽民更加猛烈地反对金国的统治。努尔哈赤多次宣布，对尽忠效劳的汉官，要破格提升，要“嘉赏赐财”，要“赏以功，给与为官”，要使他们“终身享受”，而且功臣的子孙可以世代承袭祖、父的官职。原明抚顺游击李永芳，初升三等副将，从征辽阳后晋三等总兵官。明商人佟养性初授三等副将，破辽阳后晋二等总兵官。开原人刘兴祚，降后初任备御，下辽阳后，进至副将，其侄亦为海州参将。这些措施产生了很大的影响，金军进入辽东初期，不少明朝官、将、生员降顺新君，献计献策，告密送信，催征赋税，迁民分地，查点丁，追捕逃人，对巩固金国的统治起了相当大的作用。
努尔哈赤利用攻克辽东大败明军的有利条件，进一步加强了争取蒙古来归和建立满蒙联盟的工作，取得了显著效果。天命六年十一月，蒙古喀尔喀部古尔布什、莽果尔台吉率部民六百四十五户来归。七年二月十六日，蒙古科尔沁的兀鲁特部明安、兀尔宰图等十六贝勒，以及喀尔喀部石里那克等贝勒，率所属三千余户，前来归顺。喀尔喀五部又有一千二百户来投。努尔哈赤分别封授官职，赐与皮裘?缎布匹银器及“房田奴婢牛马粮粟”，“凡所用之物，俱赏给之”。对一些人多势强的贝勒、台吉，还让他们与金国汗、贝勒联姻婚娶，共享荣华富贵。努尔哈赤封古尔布什为一等总兵官世职，以第八女聪古图公主嫁与为妻，尊称额驸，给与女真一牛录、蒙古一牛录。授莽果尔总兵官世职，嫁以族弟济白里之女。布颜代，初授二等参将世职，娶公主为妻，封额驸。努尔哈赤授岳父明安三等总兵官世职，给予特别优遇。明安之子多尔济亦娶公主，为额驸。很早就来拜谒的蒙古喀尔喀部的巴约特部恩格德尔台吉，也娶了努尔哈赤的侄女为妻，尊称额驸，归顺后，又授三等总兵官世职，盟誓赐诰，赐与十四个拖克索、“近身役使和伐木运水”的男女四十对，以及大量金银财帛。其子索尔哈娶努尔哈赤之孙女为妻。努尔哈赤还专门下达文书，给予来归蒙古诸贝勒，宣布要“无差别地对待亲生儿子与仰慕而来之诸子”，并指定他们分别与汗、贝勒“结成亲家”，以便“很好地恩养”他们。当斋赛之家送其二子一女为质并带马二千匹、牛三千头、羊五千只来赎斋赛时，努尔哈赤很宽厚，同意提前释放。他率领四贝勒皇太极、二贝勒阿敏，与斋赛对天盟誓，宣布如骗取牲畜而不送还斋赛，则“将遭殃致死”。斋赛也发誓要“以收养之父(指努尔哈赤)为父”，“以诸弟为弟”，若回部之后变心负盟，则“遭殃致死”。努尔哈赤厚赐斋赛皮裘弓矢鞍马甲仗，命诸贝勒送至十里外，设宴饯别，将其所质之女，给与大贝勒代善为妃。努尔哈赤命诸贝勒又与科尔沁部鄂巴等贝勒盟誓，“愿同心合意”对付察哈尔。这些政策和措施，吸引了许多蒙古贝勒、台吉率部来投，编入八旗，扩大了军队，增强了战斗力，与喀尔喀、科尔沁建立了比较巩固的友好联盟关系，对后金国与明作战、与察哈尔林丹汗作战，提供了有利条件。鉴于各贝勒的势力强大和难以挑选合适的嗣子，努尔哈赤于天命七年(1622)三月宣布今后要实行八和硕贝勒“共治国政”的制度，并采取了一些措施，逐步为这一制度的完全实行创造条件。努尔哈赤虽然是一位“聪睿英勇”的开国君主，解决了不少似乎无法解决的难题，进入辽沈后又迅速认清了新形势，及时地采取了“各守旧业”、大量任用汉官等政策，收到了一定的效果，但是由于大奴隶主、大农奴主的阶级局限性和历史条件的制约，他不能坚持和彻底推行符合辽东需要顺应时代潮流的正确政策，并且由于一向攻无不克、飞跃前进而有些飘飘然了，骄傲专横，刚愎自用，因而从天命八年以后，犯了不少错误，干了一些蠢事。首先是，他不该从“恩养尼堪”转变为大杀辽民。
天命八年(明天启三年，1623)六月，听说复州汉民人数增加，接受明国“派来之奸细和札付”，将要叛逃，努尔哈赤派遣大贝勒代善、斋桑古、阿济格、杜度、硕?等贝勒，率兵两万，前往镇压，将男人全部杀光，带回大量子女、牲畜。天命九年正月，努尔哈赤连下九次汗谕，遣派大批八旗官兵，在金国的大部分辖区，查量汉民粮谷，凡每人有谷不及五金斗的，定为“无谷之人”。努尔哈赤辱骂“无谷之人”是“不耕田、无谷、不定居于家，欲由此地逃往彼处(明国)之光棍”，谕令八旗官兵“应将无谷之人视为仇敌”，发现其“闲行乞食”，立即“捕之送来”，并于正月二十七日“杀了从各处查出送来之无谷之尼堪(汉人)”。天命十年十月初三日，努尔哈赤下达长谕，指责汉民“窝藏奸细，接受札付，叛逃不绝”，历数镇江、长山岛、川城，耀州、彰义站、鞍山、海州、金州等地汉民武装反抗事例，宣布要斩杀叛逃之人。他命令八旗贝勒和总兵官以下备御以上官将，带领士卒，各去自己辖属的村庄，“区别”汉民，凡系抗金者，一律处死。各将遵令，“分路去，逢村堡，即下马斩杀”。时有辽民几尽杀光之说，满汉关系极度恶化。努尔哈赤还在十月初三的“汗谕”中，命将未杀的“筑城纳赋”之“小人”(即劳动者)，全部编隶汗、贝勒的拖克索(庄)，每庄十三丁、七牛，耕地百晌，八十晌庄丁“自身食用”，二十晌作“官赋”。编丁隶庄后，总兵官以下，备御以上，“每备御各赐一庄”。这样一来，原来“计丁受田”的汉民，失去了“民户”的身份，沦落为奴仆性质的“庄丁”，被迫缴纳数倍于“计丁授田”之丁上交的丁赋，人身奴役加重，剥削更为厉害。辽东地区的大多数汉民(即除去原系阿哈的汉民以外)，从“计丁授”的后金国“民户”，下降为缴纳高额地租、惨遭庄主压迫的封建农奴，严重地加深了辽民的苦难，农奴制庄园恶性扩展，遍布后金辖区，这是很大的倒退。从天命八年六月镇压复州兵民起，努尔哈赤在对待汉官的问题上有了很大的变化，放弃了原来拉拢汉官、大量任用汉官的正确政策，错误地对他们产生了怀疑，采取了疏远的态度。进入辽沈初期，不少降金汉官竭力效忠金汗，征田赋，佥汉兵，派役夫，运官粮，筑城池，清点人丁，查获“奸细”，捕捉逃人，劝诱辽民听从新君的命令，做了许多事。但是，由于辽东军民痛恨后金苛政，猛烈反抗，明又不断派遣密使劝说汉官弃金投明，有些汉官就犹豫了，担心金国汗、贝勒不能久驻辽沈，因而或与明臣书信往来，以留后路，或暗订密约，伺机叛逃。努尔哈赤不从改革弊政、减少杀戮、缓和矛盾以平息民怒稳定局势这一根本上着手，却改变策略，怀疑汉官，疏远汉官。当努尔哈赤决定派兵屠杀复州兵民时，“抚顺额驸”李永芳谏阻说：“所谓复州之人叛者，非实也，恐系人之诬陷矣。”李之本意是应当慎重，核实情况后再发兵，这原是无可非议的。可是，努尔哈赤却大发雷霆，厉声指责李永芳等汉官“以明帝为长久，以我为短暂”，“心向明国”，蔑视金汗，竟革去他的总兵官职，捕其子来审讯，后虽复官，但也不似过去那样信任和重用了。这样一来，汉官人人疑惧自危，持有二心，不敢直谏，妨碍了努尔哈赤对辽东汉民情形的深入了解和正确处理，影响了满族贵族与辽东汉族地主阶级的联合，加剧了辽东的动乱。
努尔哈赤在天命八年处理八旗贝勒和高级官将的问题上，也做了一些错事。三月，曾为建立后金国驰骋疆场征战三十余年的开国元勋扈尔汉，向养父努尔哈赤上书，承认过失，乞父宽恕，恳求再次起用为国效劳，努尔哈赤却大摆君主威风，再谴其非，不予考虑，使这位叱咤风云威震辽东功勋卓著的总兵官，忧闷病重，九个月后含恨去世，其子浑塔还降级袭职。五月，创制满文、被誉为“一代杰出之人”的大巴克什额尔德尼，仅因细故，夫妇两人被努尔哈赤无辜冤杀，家被抄没。六月，原哈达国主蒙格布禄贝勒之子、努尔哈赤的亲女婿乌尔古岱，因被汉官讦告收其金银，尽管缺乏根据，却遭议处死刑，后虽免斩，仍被革去具体处理军国大政的督堂要职，从总兵官降为备御。努尔哈赤还因此案痛责“爱子”四贝勒皇太极和岳?、济尔哈朗、德格类三位贝勒。这一重大案件，在八旗贝勒、大臣中引起了强烈的反响。努尔哈赤晚年犯的这些错误，严重地破坏了辽东生产。这一曾经是“田人富谷，泽人富鲜，山人富材，海人富货”，“家给人足，都鄙廪庾皆满，货贿羡斥”的富饶地区，竟弄得人丁锐减，田园荒芜，庐舍残破，百业凋敝，社会混乱，民不宁居，饥荒频仍，物价飞涨，甚至出现了“人相食”的悲惨局面。明天启五年(天命十年，1625)，努尔哈赤着手进行大举征明的准备工作。正月，闻听明遣兵一万，由海上至旅顺，修葺城堡，屯驻兵士，努尔哈赤命三贝勒莽古尔泰和阿布泰、巴笃礼二总兵官，领兵六千往攻，克城，击败明兵，毁城而还。三月初三日，努尔哈赤召集八旗贝勒、大臣商议，欲迁都沈阳，诸贝勒、大臣以“恐食用不足，力役繁兴，民不堪苦”为由，乞请不迁。努尔哈赤断然拒绝众议说：“沈阳四通八达之处，西征明国，从都尔弼渡辽河，路直且近。北征蒙古，二、三日可到。南征朝鲜，自清河路可进。”他坚持己见，遂议定迁都沈阳。天命十一年正月十四日，努尔哈赤率领诸贝勒，亲统八旗劲旅，号称十三万大军，征讨明国，发动了明金(清)之间的第四次大决战。正月十六日，军抵东昌堡，十七日渡辽河，“于旷野布兵，南至海岸，北越广宁大路，前后络绎，首尾莫测，旌旗剑戟如林”。大军铺天盖地，直向明国杀去。这时，身任兵部尚书、辽东经略要职的阉党党羽高第，胆小怕死，严令从锦州、右屯卫、大凌河、小凌河、杏山、松山、塔山等城撤防，尽驱屯兵居民入关，焚烧房舍，遗弃米粟十余万石，搞得锦州等城兵民“死亡载途，哭声震野，民怨而军益不振”。因此，金兵未遇任何抵抗，“如入无人之境”，二十三日即抵达宁远城郊。宁远只有明兵万余，被金兵重重围困，孤悬关外，与外界的所有联系均已中断，“中外谓宁远必不守”。
努尔哈赤遣被俘汉人入城，谕告城主宁前，袁崇焕说：“吾以二十万众攻此城，破之必矣，尔众官若降，即封以高爵。”遭袁严辞拒绝。正月二十四日，努尔哈赤下令，全军猛烈进攻。袁崇焕率领兵民拼死反抗，“枪炮药罐雷石齐下”，十数门大炮不断燃放，“周而不停，每炮所中，糜烂可数里”，又将被褥裹上火药，卷成一捆捆，投掷城下，发下点燃的火箭，“火星所及，无不糜烂”，击毙烧伤了大量金兵。努哈赤连攻两天，未能克城，伤亡惨重，“攻具焚弃，丧失殆尽”，无可奈何，乃遣三等副将武纳格率蒙古兵往攻宁远南十六里明军屯贮粮草的觉华岛，尽杀守兵七千，焚烧粮草千余堆和二千余只船。二十七日，努尔哈赤率军撤围，于二月初九日回到沈阳。著名的宁远之战，以明军的胜利金兵的失败而结束。努尔哈赤自二十五岁以遗甲十三副起兵以来，身经百战，驰骋疆场四十二年，一贯以少胜多，铁骑到处，无坚不摧，攻无不克，屡败明军，所向披靡，从未遇阻，为什么这次以数倍于敌的强大军队，竟不能打败区区万余明兵，竟攻不下远远不如沈阳、辽阳坚固的宁远孤城？为什么他这位久经沙场的无敌君汗，竟败在初次领兵的进士出身的小小宁前道袁崇焕手下？他和八旗官将不能不认真思考这一问题。天命十一年三月初三日，即宁远之败以后的第三十七天，努尔哈赤讲了这样一段话：吾筹虑之事甚多，意者朕或倦勤而不留心于治道欤？国势安危民情甘苦而不省察欤？功勋正直之人有所颠倒欤？再思吾子嗣中果有效吾尽心为国者否？大臣等果俱勤谨于政事否？紧接着，三月十九日汉官刘学成上奏，向努尔哈赤呈述金兵失败的原因并提出了四条建议。他说：汗不到半日即克沈阳，一日攻取辽东，其余之城无数，为何今日两天还未攻占宁远，并非辽东、沈阳之人少于宁远，亦非庸懦，也非枪炮少而钝劣。汗自占辽东之后，步卒骑兵三年之久未曾征战，兵之额真怠惰，士无斗志，车梯藤牌不良，兵器已不锐利。汗轻视宁远，故天使汗劳苦。……我无报恩之处，故奏述所思四项建言：不惜千金赏赐有功之人，无功者即系亲戚亦不免(罪)，赏罚分明，将成大事。此其一。古云使功不如使过。辽东之人欲叛逃，是有罪之人，焉能尽杀，如若率之征战，以尼堪攻尼堪，有益于诸申。此其二。攻占土地之后，仍旧维持原制，与毁坏相比，乃是上策。概括起来，努尔哈赤的宁远之败，首先是由于在政治上犯了严重错误。第一，他不该从“恩养尼堪”转变为滥施屠戮大杀辽民，“不论贫富，均皆诛戮”，杀人越多，民心越恨，反抗愈烈。第二，他从任用汉官、依靠汉官，错误地改为怀疑、排斥、歧视汉官，失去了大部分汉官对金的支持。第三，内争纷起，疑案迭出，伤人太多。以最高领导集团来说，从大贝勒代善、二贝勒阿敏、三贝勒莽古尔泰、四贝勒皇太极这四大贝勒起，到斋桑古、德格类、济尔哈朗、岳?、硕?等“执政贝勒”，都分别遭到努尔哈赤训斥和处罚。八旗高级官将，如达尔汉辖、阿敦、乌尔古岱、额尔德尼、巴笃礼等督堂、总兵官、大巴克什，或斩或囚，或降职革任，波动也不小。这样一来，汗威无比，群臣畏惧，三缄其口，努尔哈赤成为一个真正的孤家寡人，使得他不知下情，难辨是非，越弄越糟。在军事上，他骄傲轻敌，思想僵化，面对宁远坚城，他竟冒险硬攻，以弓矢对枪炮，以血肉之躯迎炮弹。而明军统帅袁崇焕却发挥所长，克服所短，用西洋大炮对付八旗劲旅的戈矛弓箭，以凭城死守来避开善于野战的金兵冲杀，用坚壁清野的办法来制服掠粮养军的金兵。
宁远之败，给努尔哈赤以沉重打击，使他“大怀忿恨而回”。战阵劳累，忧愤交加，积恨成疾，兼之进攻宁远时所负之伤又未痊愈，痈疽发作，天命十一年八月十一日，这位曾经叱咤风云、威震四方的常胜汗，这位实现了统一女真各部大业的后金开国之主，这位为多民族祖国的壮大和中华民族的发展建树了丰功伟绩的满族领袖、清朝始祖努尔哈赤，在离沈阳四十里的?鸡堡逝世，享年六十八岁。天聪三年(1629)葬于沈阳石嘴头山福陵，初尊谥为武皇帝，庙号太祖，后改谥为高皇帝。
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