农民军的失败原因，一是与明军相比，势单力薄，刘六军队虽号称数万人，但多是无以为生的贫苦农民，没有作战经验，真正拥有战斗力的极少。二是农民军长期流动作战，虽具有机动灵活的特色，可以出其不意，并取得了一些胜利，但由于缺乏牢固的根据地和后方，士兵疲于奔走，兵员和军需补给都有一定困难，影响了战斗力的发挥。三是两支较大的起义军独立作战，缺乏配合，更没有和当时在四川的农民起义军取得联系共同抗敌，致使明政府便于集中兵力，各个击破。

刘六、刘七领导的这次起义，前后持续3年，转战河北、山东、河南、湖北、江苏数省，沉重地打击了统治阶级。为了镇压起义，明政府动用了大量财力，耗尽了府库之银。起义军所到之处，地打击了当地贪官污吏、地主豪绅。这次起义给明统治者一个沉重而深刻的教训，使明朝统治者认识到仅凭高压政策难以维持长久统治，必须要采取有力措施缓和社会矛盾。

起义失败的第二年，明政府下令减免京畿、山东、河南等地税粮，并宣布“流民复业者，官给廪食、庐舍、牛种，复五年”。朝廷内部也加以整顿，进行了杨廷和领导的改革，罢免了部分宦官，裁撤冗官，清查皇庄、官庄，退还给农民一部分土地。明朝出现了嘉靖初年较为清明的政治局面。

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