司马睿是晋皇室疏属，袭爵琅邪王，永嘉元年（307）出镇建业（今江苏南京）。当时，北方日乱，随从司马睿过江的有以王导为首的北方士族100家。他们见西晋大势已去，便准备扶持司马睿上台。
江南大族在吴亡之后，仍然拥有自己的部曲家兵，“僮仆成军，闭门成市”，实力很强。但他们却被北方士族视为“亡国之余”，在西晋朝中没有地位，因而，他们对司马睿和北方士族的南下持观望态度。在王导的斡旋下，南、北士族达成妥协，共同支持司马睿。建兴四年（316），晋愍帝出降刘汉，西晋灭亡。翌年，司马睿称晋王，又过一年才登帝位，建立东晋。司马睿即位时，邀请王导同登御座，受百官朝拜，虽王导固辞，而“王与马，共天下”之谚已经不胫而走了。
东晋主弱臣强，元帝司马睿企图加强皇权，削弱王氏的势力。王导从兄、荆州牧王敦立即从荆州起兵，以清君侧为名，在王导和另外一些士族的支持下攻入建康（由建业改名），逼死元帝。此后，这种主弱臣强的局面一直持续到东晋末年。琅邪王氏之后，颍川庾氏、谯国桓氏、陈郡谢氏等门阀士族相继执政，形成了庾与马、桓与马、谢与马共天下之局。这种门阀士族势力得以平行甚至超越于皇权的政治就是门阀政治。
在门阀政治中，门阀士族对皇权加以限制，门阀之间也互相制约，共同维持皇权于不坠，从而形成具有门阀政治特色的政治制度。中央的中枢机关建立制衡机制，门下省审查中书省起草的诏书，可驳回要求重拟；门下省发出的诏书，还要经尚书省审查。尚书省呈报的奏议，先经门下省审查，再经中书省裁定。地方大州重镇分别由各门阀家族担任都督、刺史，这时全国普遍设置都督区，都督兼任刺史成为通例，“盖有不治军之刺史，而无不治民之都督”，都督区变成州之上的一级政区，都督变成地方最高军政长官。
由于不断有大批流民南下，东晋朝廷设置侨州、郡、县，以维护侨人士族的特权和安置侨人。北方原有的徐、兖、青、司、豫、雍、秦、幽、冀、并等在南方都有侨州。侨州、郡，县对招徕北方流民与社会安定起一定的作用，但是，也引起地方行政系统的紊乱。后来，土断多次进行。因此，东晋从咸和（326—336）中实行“上断”。所谓土断，就是以居住地（“土”）作为断走户籍的依据，使侨人著籍，与原来的居民偏成统一的户籍。
门阀士族拥有优厚的政治、经济特权。他们凭藉门第，自可平步青云，轻易位至公卿。当时的中央和地方的文武要职基本上都由士族担任，特别是集中在北方士族王、庚、桓、谢和江南士族周、陆、顾等七大家族手中。他们兼并土地，封固山泽，荫占佃客，役使奴隶，过着寄生生活。在东晋门阀士疾中，出现过桓温、谢安、谢玄等有作为的人物，但是，在特权和寄生生活的腐蚀下，门阀士族日趋没落，有才能的人越来越少了。
东晋兵役徭役十分沉重，“殆无三日休停，至有残形剪发，要求复除，生儿不复举养，鳏寡不敢妻娶”。隆安三年（399），朝廷征发由奴隶放免为佃客者当兵，激起浙东农民的愤恨，举行暴动。当时，逃匿在海岛的五斗米道徒孙恩乘机率所部登陆，与农民斗争合流，形成有组织的起义。起义军转战东南各郡县，很快发展到数十万人，在这一期间，东晋中央与地方势力反复较量，元兴元年（402），荆州都督桓玄攻进建康，并于次年称帝，建国号为楚。孙恩也再次发起攻击，战败而死。余部由卢循、徐道覆统率，南下广州。
当门阀士族日趋没落时，次等士族出身的北府将领刘裕蓦然崛起，担负了推翻桓玄和镇压农民起义的任务，同时也把东晋的政权控制在手中。至此，东晋的门阀政治结束了，而东晋也寿终正寝了。
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