后孔丘代理鲁相，任职三月，即以“心达而险”（通晓古今之变，敢于革命）; “行辟而坚”（违背周“礼”坚持革新道路）;“言伪而变”（透彻讲述革新道理）;“记丑而博”（深知奴隶制腐朽和不稳）;“顺非而泽”（义正词严的支持革命思想）五条罪状，诬他“乱政”，加以杀害。
少正卯这个人物出现在典籍中，最早应该是《荀子·宥坐》第二十八篇，里面提到“夫少正卯，鲁之闻人也，夫子为政而始（先）诛之，得无失乎？”。“司马迁《史记。孔子世家》云：“（鲁）定公十四年，孔子年五十六，由大司寇行摄相事……于是诛鲁大夫乱政者少正卯。”也就是说，孔子在鲁国由司寇代行宰相职务才七天，就杀死当时鲁国的大夫少正卯，理由是少正卯兼有五种恶行，并且在家里聚众成群，鼓吹邪说，哗众取宠，已是小人中的雄杰，所以非杀不可。后来的《尹文子》、《说苑》、《孔子家语》等书，都引用《荀子》的说法，认为孔子杀了少正卯。
然而，南宋朱熹认为，孔子并没有杀少正卯。此说一出，许多学者表示赞同。其主要理由是：一，诸子百家著作中寓言居多，不足为信。成书早于《荀子》的《左传》、《国语》、《论语》、《孟子》等，都没有提到这件事，而且《左传》、《国语》往往对孔子有所诬罔，也不提此事，可见历史上没有孔子诛杀少正卯的事。二，孔子代行宰相职务才七天，以一个大夫的身份去杀掉另一个大夫，这是不可能做到的。三，孔于提倡仁，坚决反对轻易杀人，当鲁大夫提出“杀无道以就有道”的想法时，孔子表示反对。杀少正卯一事，与孔子的一贯思想不相吻合。
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