早年经历
司马衷生于曹魏甘露四年（259年）。泰始三年（267年）正月丁卯日，司马衷被立为皇太子，时年九岁。泰始八年（272年）二月辛卯日，司马衷奉晋武帝命娶贾充的女儿贾南风为太子妃，贾南风当时十五岁，年长司马衷两岁。
登基
（290年）四月二十日，晋武帝去世，皇太子司马衷即位，是为晋司马衷，大赦，改年号为永熙。尊继母皇后杨芷（杨艳的堂妹）为皇太后，立妃贾南风为皇后。同年五月十三日，葬晋武帝于峻阳陵（今河南省偃师南蔡庄北）。
五月十八日，增加天下官位一级，参与晋武帝丧事的增加二级，免除百姓租税一年，二千石以上的官员都封为关中侯。以太尉杨骏为太傅，辅佐朝政。八月二十六日，立子广陵王司马?为皇太子，以中书监何劭为太子太师，吏部尚书王戎为太子太傅，卫将军杨济为太子太保。派遣南中郎将石崇、射声校尉胡奕、长水校尉赵俊、扬烈将军赵欢将屯兵四出。后在291年正月改元为永平。晋司马衷当政后非常信任他的皇后贾南风。因此贾氏专权，甚至假造晋司马衷的诏书。永平元年（291年），迫害皇太后，废其太后位，杀大臣如太宰司马亮。同年又杀皇太后于金墉城。
元康四年（294年）和元康六年（296年）匈奴和其他民族反叛，氐人齐万年称帝，一直到元康九年（299年）这次反叛才被消灭。同年，贾南风开始迫害太子?，首先废他的太子地位。[13]次年杀太子。这个举动成为许多反对贾后专政的皇族开始行动的起点。赵王司马伦假造诏书废杀贾后，杀大臣如司空张华等，自领相国位，这是八王之乱的开始。恢复原太子的地位，立故太子之子司马臧为皇太孙。
永康元年（300年）八月，淮南王司马允举兵讨伐司马伦，兵败被杀。同年十二月，益州刺史赵?协同从中原逃到四川的流民在成都造反。
永宁元年（301年），司马伦篡位，自立为皇帝，司马衷被改为太上皇，太子司马臧被杀。三月，齐王司马?起兵反司马伦，受到成都王司马颖、河间王司马?、常山王司马?等的支持。司马伦兵败。淮陵王司马?杀司马伦的党羽，驱逐司马伦，引司马衷复位。司马伦被杀。五月，立襄阳王司马尚为皇太孙，并以羊献容为皇后。六月，东莱王司马蕤谋推翻司马?的专权，事漏被废。十二月，李特开始在四川反晋，这是成汉的起点。
太安元年（302年），初皇太孙司马尚夭折，司马覃被立为太子。五月，李特在四川击败了司马?派去讨伐他的军队，杀广汉太守张微，自立为大将军。
十二月，司马颖、司马?、新野王司马歆和范阳王司马?在洛阳聚会反司马?的专政。司马?乘机杀司马?，成为朝内的权臣。
太安二年（303年）三月，李特在攻成都时被杀，但四月他的儿子李雄就占领了成都，到年末，李雄几乎占领了整个四川盆地。五月张昌、丘沈反，建国汉，杀司马歆。八月，司马颖和司马?讨伐司马?。十月，司马?的军队攻入长安，在此后的洗劫中上万人死亡。此后两军在长安城外对阵，连十三岁的少年都被征军，同时两军都征募匈奴等的军队。最后司马?兵败被杀。司马?成为晋朝举足轻重的人物。
并非弱智
每一位父亲，对自己的儿子总是放心不下，开国皇帝更甚。司马衷当上太子后，司马炎对其将来能否担当重任心存疑虑，甚至通过“以尚书事，令太子决之”的办法，来考察司马衷的理政能力。司马衷生于安乐，没有经过政治历练，自然难以应对，太子妃贾南风和给事张泓串通，由张泓事先把答案写好，司马衷依样画葫芦“书之”，结果“武帝览而大悦”。有人将这件事看做是司马衷“白痴”的佐证，其实不然。类似的政治作弊，曹植和杨修也曾搞过一次，难道能依此否定曹植在文坛上的“八斗之才”吗？此外，司马衷即位后，凡有诏命，“帝省讫，入呈太后，然后行之”；诛杀司马亮、卫?时，也是由司马衷“作密诏令”。由此可见，司马衷虽然不懂或不热衷政治，但读文、写字甚至拟发诏令还是没问题的。
除了有一定的文化基础外，司马衷对数字也是有概念的，甚至是很敏感的。西晋后期变故迭起，战乱不停，“及王浚攻邺，志劝颖奉天子还洛阳。时甲士尚万五千人，俄而众溃，唯志与子谧，兄子?，殿中武贲千人而已，而人马复散，志于阵中寻索，得数乘鹿车，司马督韩玄收集黄门，得百余人。志入，帝问志曰：何故散败至此？志曰：贼去邺尚八十里，而人士一朝骇散，太弟今欲奉陛下还洛阳。帝曰：甚佳。于是御犊车便发。”看到身边侍卫的数量急剧减少，司马衷便有“何故散败至此”的发问；听到卢志“贼去邺尚八十里”的汇报数字，司马衷觉得“甚佳”，才同意向洛阳进发。此外，通过司马衷与卢志的一问一答，我们还可以看到司马衷关心时局变化、顺应形势发展的一面。
司马衷对外界感观能力较强，经常有真挚的情感表露。如，开国元勋陈骞去世“及葬，帝于大司马门临丧，望柩流涕”。建武元年，“至温，将谒陵，帝丧履，纳从者之履，下拜流涕”。光熙元年“六月丙辰朔，帝至自长安，升旧殿，哀感流涕”。能够“望柩流涕”“下拜流涕”和“哀感流涕”，说明司马衷对外界事物有较强的感知能力，并且有相应的情感表达方式。当环境发生变化时，司马衷还能够根据情况改变自己的言行举止。洛阳被大将张方攻占后，张方帅骑三千“方拜谒，帝躬止之”。司马衷被张方劫持到长安后，司马?帅官属步骑三万，迎于霸上，“拜谒，帝下车止之”。在宗室争权夺利的混战中，司马衷身处屋檐下，能够处乱不惊，能够对臣下恭谦礼让再三，说明他不但不傻，而且还很识时务。
征伐皇太弟司马颖，是司马衷生命中最危险的一次血腥经历。荡阴之战中，由于溃败，司马衷的“乘舆委地”，他本人也身重三箭。在飞矢交前的情形下，“百僚奔散，唯侍中嵇绍扶帝”。敌将要杀嵇绍，司马衷阻拦说：“吾吏也，勿害之。”敌将说：“受太弟命，惟不犯陛下一人耳。”于是，司马衷只能眼睁睁地看着嵇绍被杀，血溅龙袍。在自身难保的形势下，司马衷还能想着保护属下，但由于自己的权威扫地而无能为力，对此他一直耿耿于怀。事后，敌将准备为司马衷换洗沾满鲜血的衣服时，司马衷说：“嵇侍中血，勿洗也。”意思是说，这上面是嵇绍的血，你们不能洗去。司马衷用这种方式，对敌将的残忍行径表示了抗议，对嵇绍的忠心赴死表露了哀思。试想，这是一个白痴所能做出来的吗？
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