公元前623年1月2日，由余病殁，秦穆公悲痛万分，辍朝一日以示哀悼，又为他建造坟墓4座：陕西雍州、武功郡丁山、西安等3座，江南淮安府武功山等。
由余的功绩
他的事迹，在史记-秦本纪中有记载，首先来说他对秦国的贡献之一就是，在一定程度上影响了秦国在春秋中期的意识形态的发展，秦文化有一个特征就是“拿来主义”，春秋初期的秦国文化是比较落后的，商鞅变法之前的秦国文化所奉行的伦理价值观基本上都是周人的礼制，所以秦国在穆公时代，基本上所认为比较珍贵的东西，还是典型的农耕民族所崇奉的宫室，财货，由余第一次出使秦国，秦穆公向他展示秦国的宫殿珍玩，由余说：“使鬼为之，则劳神矣。使人为之，亦苦民矣。”秦穆公感到比较奇怪，说中原华夏国家治理，靠的是诗书礼乐法度，即使这样，还是不能救世于混乱，戎夷没有这些，要治理好岂不是更加困难？由余说：恰是中原华夏有诗书礼乐法度所以才那么难以治理，自上古圣人黄帝创造了礼乐法度，并亲自带头贯彻执行，也只是实现了小的太平。到了后代。君主一天比一天骄奢淫逸。依仗着法律制度的威严来要求和监督民众，民众感到疲惫了就怨恨君上，要求实行仁义。上下互相怨恨，篡夺屠杀，甚至灭绝家族，都是由于礼乐法度这些东西啊。而戎族却不是这样。在上位者怀着淳厚的仁德来对待下面的臣民，臣民满怀忠信来侍奉君上，整个国家的政事就像一个人支配自己的身体一样，无须了解什么治理的方法，这才真正是圣人治理国家的方法。从这方面来看，由余自戎使秦，与穆公的这段对话，反映了秦在春秋时代一方面积极吸收周文化成果来建立制度文化层的同时，还在不断在与戎族的交往斗争中，拿来了戎族的功利主义，这一点给后来秦国能够彻底的实行商鞅变法打下了一定的文化心态基础，秦穆公认识到由余是个人才，如果让他在戎，则会成为秦国的祸患，于是设计让由余归顺了秦国，秦穆公三十七年，秦采纳由余的策略，转变进攻方向，全力攻伐西戎，灭掉十二个西戎小国，史称穆公益国十二，开地千里，遂霸西戎，因为西周亡于西戎，所以秦穆公的对戎战争虽然没有像齐桓，晋文一样取得中原霸主地位，但是周天子还是一样派遣召公向秦穆公致伯，承认秦的西方霸主地位，大大提高了秦国在诸侯中的影响和地位，在左传等史书中，秦国的历史自秦文公开始见于《春秋》，但多不书国君事迹，而自穆公称霸，“秦伯”之号开始频繁出现，这也可以算得上是由余对秦的功绩，最关键的是，穆公向西扩张，给尚处在发展阶段的秦国一个比较广阔的战略纵深和发展空间，为400年后秦国一统天下奠定了坚实的基础
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