父亲早死，他少年时就胆略过人。十二岁时，其母酿了酒，被他全部偷喝光了。母亲责备他，他笑道：“要还很容易。”后辽东战事起，黄得功持刀杂在军中出战，斩首二级，获赏白银五十两。他回去后送给母亲说：“儿用这些偿还酒钱。”由此开始担任经略的亲军，积功升至游击。
1636年，他升任副总兵。1638年，以禁军随总督熊文灿进攻变民，立下战功，受封太子太师，署总兵衔。1640年，随太监卢九德于板石畈击败变民军，1641年，黄得功驻守定远。张献忠攻桐城，黄得功与刘良佐合兵，于鲍家岭击败张献忠，擒斩张献忠部将闯世王马武、三鹞子王兴国。其中王兴国最为骁勇，是张献忠养子。黄得功面部中箭，却越战越勇，转战十余日，杀伤极多。1642年移镇庐州。1644年，受封靖南伯。
福王朱由崧在江南自立，封黄得功为侯，他与刘良佐、刘泽清、高杰为四镇。起初，史可法认为高杰跋扈，所以命令黄得功驻扎在仪真，暗地里牵制他。黄蜚与黄得功同姓，以兄弟相称，他准备赴登莱总兵之任，黄得功率骑兵三百由扬州往高邮迎接。高杰素来忌惮黄得功，又怀疑他想图谋袭击自己，于是在路上埋伏下精兵。黄得功走到土桥，正做饭时，伏兵四起，他上马举铁鞭迎战。周围箭如雨下，他的马跌到，他跳上别的马继续作战。一名敌军骁骑舞槊冲过来，黄得功大呼转身，挟住槊将他拖下马来，敌骑人马皆烂。又连杀数十人，跳入倒塌的房屋中，吼声如雷，追兵不敢靠进，于是他疾驰回到自己部队的地方。黄得功战斗时，高杰乘机偷袭仪真，黄得功所部损失颇重，随行三百骑全部战死。他于是向朝廷上诉，表示要与高杰决一死战，史可法多次劝解方才不得已与之和解。1645年，他趁高杰进趋河南时，准备袭击高杰军以报仇。被朝廷劝阻，他又移镇庐州。四月，左良玉以清君侧为名东下，在九江病死，军中立其子左梦庚为帅。黄得功受命抵御，击败左梦庚。
清兵大举渡江，知道福王朱由崧逃走后分兵袭取太平。黄得功刚刚才收兵屯于芜湖，朱由崧就潜入其营中。黄得功大惊，落泪说：“陛下死守京城，臣等还可以尽力，为什么听信奸人的话，仓卒来到这里！而且臣现在对敌，怎么能护驾？” 朱由崧说：“除卿无人可以依靠了。”黄得功哭道：“愿意效死。”率军在荻港和清兵大战，手臂受伤，几乎脱落，他以布裹手臂，佩刀坐小船，指挥麾下八总兵迎敌。原明将刘良佐已先降清，在岸上大呼招降。黄得功怒叱他，忽然被箭射中其咽喉左边。黄得功掷刀，拔出箭后死去。其妻听说后也自杀。他部下总兵翁之琪投江而死，中军田雄挟持福王朱由崧投降。
黄得功粗猛没有学问。江南初立时，福王朱由崧的诏书多出于手下的小人，黄得功得诏纸常对着使者大骂将之撕裂。然而他忠义出于天性，别人每次以国事相规劝，他都宁可委屈自己来妥协。真假太子之事件中，黄得功上疏，认为那个太子未必是假冒的，诸臣谄徇者多，抗颜者少，即使认识，也未必敢说出真相自取其祸。他每次战前都饮酒数斗，酒酣则气势益厉。擅用铁鞭，军中称他为黄闯子。他军纪严明，百姓都为他的品德感动。庐州、桐城、定远等地都为他立生祠。他的墓在仪真方山母墓旁边。
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