天启四年(1624)，魏广微指使亲信陈九畴弹劾魏大中，遂被贬三级外放。后于十月南返故里，未及半载，阉党又矫旨逮捕汪文言，刑逼汪文言诬陷魏大中受杨镐等人贿金3000两。天启五年四月二十四日，魏大中蒙冤被逮，数千士民一路号泣追随，大中与士民从容告别。舟过锡山，业师高攀龙来别，叮咛当不辱臣节。六月入北镇抚司监，惨遭酷刑，自知难免一死，留《临危遗书》，嘱家人安贫、勤读、积德、患难相守。七月二十六日，与杨涟、左光斗同死于狱中。著有《藏密斋集》。
长子魏学?，字子敬，明朝嘉善县，是当地有名的秀才，七岁能诗。
生性狷介刚毅，《静志居诗话》称其为“骨鲠之臣”。从小家贫，《明史》列传中说他“自为诸生，读书砥行”，“家酷贫，意豁如也”。为官后清廉正直，不计个人安危多次谏诤，与权臣斗争。
魏大中为官时正值黑暗的天启年间，大阉魏忠贤把握朝政，大多数官员投靠魏忠贤，但魏大中与杨链、左光斗等一起坚持揭露魏忠贤的罪恶。
魏忠贤恨之入骨，伪造皇帝旨意，污蔑魏大中等“受贿”，把他们抓起来，“酷刑拷审，血肉狼藉”，又指使狱卒将他们击死。
史可法曾写过《左忠毅公逸事》一文（此文一直被收入中学课本），写到左光斗受酷刑而坚贞不屈的事，从中也可知魏大中的情况。
魏大中在家乡被逮捕，当时，数千乡亲不顾安危哭送。魏大中的儿子魏学?哭着要随父同行，魏大中说：“覆巢焉有完卵耶？父子俱碎，无为也。”魏学?泣血号呼，随牢车北上。诡称家童，秘密地在后跟随缇骑，沿途打听父亲的起居。抵达北京后，白天藏匿在客店之中，昼伏夜出，四出求救。父执辈之人有的拒不相见，有的则对他仰天长叹，相对而泣。魏忠贤矫旨下令，对6人“严刑追赃比较，五日一回奏”，于是狱卒鞭笞拷掠，棍棒交加，臀血流离，骨肉俱腐。魏大中被诬接受熊廷弼等人贿赂，亦为欲加之罪。最后竟被诬陷坐赃而死。死之时溽暑殷雷，相验领埋之旨，迟迟不下，过了六、七天才差官发尸，和杨涟、左光斗等3人尸体由牢穴中拖出，骸胀而黑，肌生蛆蚋，溃烂零落，几难以辨认，那年魏大中51岁。魏大中被害死后，魏学?“匍匐饮血，扶榇而归”。
魏大中死后，追赃行动未止，魏学?因此被下浙江监狱。家庭遭此大变，对当时政治的黑暗痛心疾首，视死如归。这一年，病死狱中，死时30岁。崇祯初，魏忠贤失势。魏学?之弟魏学濂沥血上书，陈述父受冤狱，兄死孝之惨状。又上书弹劾阮大钺等人交通逆阉，罪大恶极。不久，魏大中被追谥为忠节，魏学?也被下诏旌表为孝子。
父子两人在文学等方面也很有造诣。
魏大中今存《藏密斋集》24卷，收其诗文。子魏学?（约1596?约1625），字子敬，明末散文作家。崇祯初年，曾诏旌他为孝子。一生没做过官，好学善文，著有《茅檐集》。收入《四库全书》，中学课本中曾有《核舟记》一文，即是他的作品。
至崇祯年间，魏忠贤倒台，为魏大中平反昭雪，表彰父子忠孝节烈。魏大中的另一儿子魏学濂在父兄受冤而死后，承担事母养弟的重任，并为父兄伸冤，后在崇祯朝为官，李自成打进北京，他自缢而死。
魏氏一门，儒雅秀气而又忠烈激越，文质彬彬而又热烈如火，虚怀若谷而又博大精深，精致细腻而又大气豪迈。在文化上都有一定的造诣，其子侄后代中，魏学洙、魏学渠、魏允枚、魏允木冉、魏允札、魏允桓等也都是诗人词人。可谓一门忠烈，一门儒雅。
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