在荷兰时他将所著的《自然系统》一书的手稿,向莱登的学者赫朗诺维伊斯请教,并得到资助出版。该书第一版(1735)仅7印张14页,基本上是一个动、植、矿物的名录,其著名的“植物24纲系”即首次发表在这里。他所提出的分类系统虽属人为分类系统,与自然分类系统相距甚远,但因便于检索,故深受当时学界欢迎,他也由此声誉大振。他的重要著作《植物种志》,始作于1746年,历6年始告完成,于1753年出版,该书奠定了近代植物分类学的基础。
《自然系统》在多次再版过程中,不断地大量增补和修订,在1758年刊行的第10版,已扩展为1384页的巨著,在这一版中,他首次对动物分类采用“双名法”,成为近代动物分类学的起点。他将动物界分为哺乳、鸟、两栖、鱼、昆虫及蠕虫等6纲;界下设纲、目、属、种 4个阶元(尚无“门”及“科”级阶元)。他一生的最大贡献是确立了生物分类的双名法(见分类学),而且鉴定并命名了数以万计的动、植物物种,结束了动、植物分类命名的混乱局面,大大促进了科学分类学的发展。
林奈毕生著述浩繁,共约180余种。他受宗教影响,相信上帝创造万物,认为物种不变;后在长期实践中看到了物种数目渐增的现象,晚年看法有所改变,在1768年出版的《自然系统》的第12版中,删去了有关“种不会变”的论述。
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