根据我国地学文献记载，最早报道鱼粪化石的，是著名的地质学家尹赞勋先生。1934他在贵州从事野外地质调查时，在距今约1.5亿前的中侏罗统沙溪庙组地层中找到了一枚鱼粪化石，他根据这枚鱼粪石的发现地点命名为“桐梓鱼粪石”。1942尹赞勋在整理当时中央地质普查所古生物研究室的零散标本时，翻找出一枚化石，经仔细辨认后认为是鱼粪石，但其所属时代和产地都不明确，后定名为“尹氏鱼粪石”。
1951，石油地质学者李德生、马继祥在陕西省富县葫芦河一带侏罗系地层和彬县水北沟一带距今约2.1亿前的三叠系延长统地层中，陆陆续续采集到11枚鱼粪化石，后来由古脊椎动物学者刘宪亭于1953详细研究后报道，并将前者定名为“富县鱼粪石”。1982，古生物地史学家王正新、边兆祥、游天星等人在云南禄丰考察腊玛古猿化石产地时，在禄丰城东东山更为古老的三叠纪地层中找到了两枚鱼粪化石，并定名为“禄丰鱼粪石”。
动物的排泄物变成了石头，能够判定为粪化石已是件挺困难的事了，怎么才能进一步鉴定出它们属于哪一门类动物的粪便呢？这要从两个方面说起。首先，要追溯到动物消化道的内部结构。鱼类是生物界少有的具有螺旋瓣肠道的动物，根据鱼粪石的螺旋细纹，大致可以推测出排泄者的类别。软骨鱼和软骨硬鳞鱼类中的鲨鱼、银鲛、鲟鱼等消化道内的螺旋瓣较为密集，肺鱼次之，硬鳞鱼肠内的螺旋瓣各旋距较大，而硬骨鱼，如鲤、草、青、鲢鱼等肠内无螺旋构造，排出的粪便自然就没有螺旋。另外，鱼粪化石内含有丰富的有机质，主要化学成份是磷酸钙，还会保存有一些未能完全消化的食物残渣。根据这些也可以推断粪便的主人的食性──草食性鱼类粪便中可能有草茎芥籽，肉食性鱼类的粪便中可能有骨渣齿屑。
20世纪80代初，北京自然博物馆的古生物研究人员在我国云南著名的恐龙化石产地禄丰县，获得了一些产自白塔山一带距今约1.8亿前侏罗纪地层中的鱼粪化石。这些保存十分完好的鱼粪石最长的竟有46毫米，宽21毫米，厚19毫米，大多为纺锤形，上边有四个螺旋。
这些大小如枣子的粪化石的主人是谁？带着这个疑问，研究人员把其中几枚做了切片分析，放在显微镜、扫描电子显微镜、荧光显微镜下观察，发现鱼粪石中不仅含有大量的粪粒结构，还有丰富的生物碎屑，有的鱼鳞和小骨片甚至还十分完整。由此可以推断，粪化石的主人肯定是一些凶猛异常的大型鱼类。
除了鱼粪石之外，在自然界还有一些动物的粪便也能形成化石。其实，在古生物这门学科诞生后不久，人们就注意到了动物的粪便化石。1827，英国学者威廉·巴克兰在英国的约克郡的一个洞穴中找到的化石经过研究后被认定为食肉类动物鬣狗的粪便化石。1903，比利时的一个博物馆从馆藏物中找出了280块粪化石，经过对其中的残渣分析，认定为食肉恐龙的排泄物化石。这些化石引起了地质学界的浓厚兴趣与重视，不久就建立了“粪化石”专门研究学科。
粪化石的形状和颜色与四周围岩石，尤其是岩石结核十分接近，但份量要轻得多。在野外采集到粪化石以后，要用棉花或软纸仔细地包好，以免损伤外部的纹饰。

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