孔令文２００３年１１月与日本著名棋手小林觉九段大女儿小林清芽结婚，２００４年夏天，他们的儿子孔德志诞生。
从２００５年开始，日本棋院《围棋世界》杂志开始推出棋手“流行风”栏目，记述棋手们棋外的生活世界。在２００５年４月号那期杂志中，“流行风”的主题是育儿。孔令文、小林清芽夫妇和他们的儿子孔德志被选为话题主角。
年纪轻轻就当上父亲，孔令文能不能胜任这个角色令人有些怀疑，但现在看来，这样的怀疑是多余的。小林清芽不无自豪地说：“比起别人家，令文这个年轻的父亲更加称职。”除了不能给孩子哺乳外，孔令文对孩子的关爱无微不至，经常给孩子洗澡，逗孩子玩乐等等。
孔祥明最初也不敢相信儿子能带好孩子，她曾为孙子在一边苦闹，儿子却能呼呼大睡这样的情景着急过，但她现在也表示放心了。“尽管我和儿子在带孩子这点上存在分歧，他总是责怪我对孩子太溺爱了，还不放心交给其他人带，但他太累了。我也舍不得长时间离开那孩子，每年春秋两季去日本看望他们。那孩子很聪明，只要我一抱他，他就立即认出了我。”孔祥明说道。
小林觉九段是孔德志的外公，他也非常喜欢这个外孙。孔令文偶尔带孩子看望岳父，孔德志马上就成为众人手中的宝贝。“我岳父原本想拜托《围棋世界》杂志做一档棋界流行‘育孙风’的栏目，可惜现在已经迟了。”孔令文笑道。
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