建文帝继位后感到自己受了威胁，就削废诸藩，将五个叔叔降为庶人。远在北平的燕王朱棣不等被人收拾，就凭借多年苦心经营的兵力和谋略，于1399年七月起兵杀出北平，直取南京。名义是铲除皇帝身边奸臣，为国消除灾难。不料刚出北平，就在今天东坝与南来之敌交锋，展开厮杀。这里是北平背负重山，面对平陆，诸山之水连河通海，坝河、亮马河、温榆河交汇处。朱棣骑一匹青骢马，被敌军追逼到一条河沟边。眼看就要没命，情急之下他问坐骑：你能跨过这沟，让我脱险吗？说完一抖缰绳，这马驮着朱棣噌地一下连跨三道河沟，甩脱追兵，化险为夷，最后累死。朱棣这才得以连陷通州、蓟州、德州、济南、宿州、扬州，1402年六月攻占南京，七月宣布称帝，年号永乐。迁都北平改为北京后，为纪念当年初师遇险，坐骑忠勇，就在东坝建了马神庙，塑马供于庙中，当神祭祀。传说立庙之后，那马活了，常在夜间糟践庄稼。农民不堪其苦，偷着将庙毁了。传说归传说，朱棣迁都北京后，东坝以其水草丰美，宜于牧养皇家马匹，而一度成为明王朝的御马苑。这里每隔三四里建一个马厂，大大小小共有二十多个，养马若干，可谓遍地开花。每个马厂都有围墙，墙里盖有马棚，墙外草地平旷，马群悠闲自在。母马怀孕产崽，就盖了驹子房负责接生。
1452年，景泰皇上还命在东坝建了三十间驼房，养过骆驼。1460年，失了王位又复辟成功的皇上明英宗得意洋洋，年号改为天顺。他这年就亲临东坝，到马厂视察点验仪仗卫兵。
御马苑如此受到皇上重视，当然要立祠纪念，而且礼制规格也高，不归一般祭祀官员领导，而是直接隶属皇家专管宫廷祭祀的光禄寺。每年春节、冬至、皇上生日，都由宫内太监或近臣侍僚前来拜祭。到万历年间，马房增到二十四个，逆贤宦官为讲排场，就在东坝建了城墙。每来检查工作，都要在城楼上升坐喝酒，直到深夜。城下则燃起焰火花炮助兴，热热闹闹如过元宵。
马厂、马房、驹子房、行宫庙等与马字和帝王行迹相关的地名，留存下来了。
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