朱棣即位后，姚广孝理所当然地受到了宠信，马上被授予僧录司左善世。永乐二年(1404年)四月，拜资善大夫太子少师，并恢复了他的姓，赐名为广孝。太子少师是当时文臣的最高秩(正二品)，是一个实职，由此可见朱棣对他是极为重用的。明成祖和姚广孝谈话，从来不叫他的名字，而称他为少师，可见成祖对他是极为尊重的。为了报答姚广孝的功劳，成祖让姚广孝蓄发，姚广孝不肯;成祖又赐给他府第和两名宫女，姚广孝也不肯接受，仍然住在寺院。在朝堂上，他的衣着和身份，不仅在当时独一无二，而且在历史上也是少有的。
永乐二年六月，姚广孝以钦差身份前往苏湖赈济，这是一种特殊的荣誉。离别故乡二十余年后，他终于衣锦还乡了。但是，回到故乡时，他的父母均已去世。父母没有看到他的功成名就，这不免使他感到有些怅然。姚广孝带着复杂的感情，将父母的灵位放进了少时出家的妙智庵。姚广孝回京后，养了一只雄鸡。每天听到鸡叫，他就起床，可谓“烈士暮年，壮心不已”。就这样，他度过了他一生中最后的十几个年头。
姚广孝晚年最有成效的工作是先后主持了《永乐大典》和《明太祖实录》两部大书的编修。原来主持编修《永乐大典》的是解缙，解缙并没有理解皇帝编修这部巨书的宗旨。永乐二年二月，这部巨书完成后，定名为《文献大成》，上呈皇帝审阅。成祖对这部书不太满意，命姚广孝等人重修。永乐五年，这部包罗经、史、子、集、百家、天文、地志、阴阳、医、卜、僧、道等内容的二万多卷的巨书，在姚广孝主持下顺利完成，并更名为《永乐大典》。《永乐大典》是珍贵的古代文献，是世界上最早和最大的一部百科全书。前后有两三千人参加了这一浩大的工程，总共用了六年时间，共有22937卷，11095册，字数达三亿七千万。然而，这部珍贵的文献巨著后来大部遗失，现存的仅有714卷。
姚广孝在学术思想上颇有胆识。史称他：“晚著道余录，颇毁先儒。”因而受到儒者的鄙视。他回家乡长洲看望同母姊妹时，不但不纳，反而将他大骂一通。去访问老友王宾时，王宾不见，只远远地对他说：“和尚误矣，和尚误矣。”在儒家思想统治和禁锢着人们头脑的明代，像姚广孝这样敢于诋毁批判儒家的人是不多见的。
永乐九年，七十七岁的姚广孝再次受任监修官，主持《明太祖实录》的重新编修，直至他去世，大约六年多时间，他兢兢业业地完成了此项工作。他不是挂名的监修官，而是名副其实的组织者。这次修成的《明太祖实录》就是今天我们所见的三修本，这是一次真正的重修，所用的时间和全书的内容都大大超过了前两次的修纂。但是，当永乐十六年(1418年)五月成书，朱棣设宴赏赐有关人员时，为此耗尽余生的姚广孝却已经在两月以前与世长辞了。
姚广孝一生不脱袈裟，自有他的奥妙所在。他从十四岁起穿上袈裟，但一生积极从事政治活动和军事活动，交接王侯，策划密室，运筹帷幄，决胜千里，建立了不朽的业绩。他是一位穿着袈裟的政治家、谋略家和军事家。在朱棣夺取政权以前，姚广孝是和尚;在朱棣夺取政权以后，他仍然坚定不移地当和尚，因为这身袈裟为他的政治活动和得以善终做了最有效的保护。朱棣在当了皇帝以后，姚广孝作为功高盖世的元勋，处在十分微妙的位置上。姚广孝具有清醒的政治头脑，他深知“狡兔死，良狗烹”和功高震主的恶果，他不能不有所防备，这就是他不愿意脱去袈裟的真正原因。他继续当和尚，实质上向朱棣表了一个态度，表明自己对权势是淡薄的，在政治上是没有野心的。朱棣因而对姚广孝放心了，反而使姚广孝的权势和地位更加牢固，得以安度晚年，善始善终。这不能不让后人佩服他超人的智谋。
姚广孝的高明之处还在于，他在成为达官贵人之后，并没有像别人一样大肆敛财。相反地，他保持了一个和尚的本色，视金钱如粪土，永远不蓄钱财。他曾因公干到家乡长洲，把朝廷所赐的金帛和财物都分给了宗族乡人，自己不留积蓄，这与历来巧取豪夺、搜刮民财的封建官僚相比真是天壤之别。
姚广孝八十四岁时病重，不能朝见，仍居于庆寿寺。成祖多次亲往看视，赐予金唾壶，并问他有什么请求。姚广孝没有请求别的，却请求成祖赦免久在狱中的溥洽。溥洽是建文帝的主录僧，成祖进入南京城时，建文帝不知所终。有人说溥洽知道建文帝的下落，甚至有人说他藏匿了建文帝。成祖虽然始终找不到建文帝的影子，但还是把溥洽囚禁了十余年。成祖听了姚广孝这唯一的请求后，立即下令释放了溥洽。这不仅因为姚广孝与溥洽同是出家人的缘故，而是希望通过这件事，给成祖在处理与建文帝及其诸臣的关系上作一个暗示，不让成祖滥杀无辜。姚广孝至死都没有脱离政治家的本色，实在令人钦佩。永乐十六年(1418年)三月二十八日，姚广孝死于寺中。他希望能够按照出家人的方式来安葬自己，朱棣同意了，并停止视朝二日以示哀悼。他被依照僧制安葬于京西卢沟河畔。三十日，镇远侯顾兴祖奉旨祭灵，并宣读了明成祖朱棣亲自撰写的祭文。
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