1368年朱元璋在南京称帝，建立明朝。当年明军北伐元顺帝逃离北京。1370年明军攻取洮、岷等州，并进克元朝的吐蕃等处宣慰使司都元帅府(脱思麻宣慰司)的治所河州，与此同时，明军另一路攻下元顺帝所据的应昌府，元顺帝不久病死，在北元势力大部被歼灭的情况下，原先一直忠于元朝的西北藏族首领才陆续顺应形势归附明朝。1370年河州地区的故元吐蕃宣慰使何锁南普降明，明太祖派人深入乌思藏地区招抚政教首领，1372年萨迦派的故元摄帝师喃加巴藏卜等归降明朝，并带领六十多人赴南京朝见了明太祖。哺加巴藏卜被明太祖封为“炽盛佛宝国师”，他还先后两次向明朝举荐故元的藏族旧官一百多人，他们都受到明朝的封赏。当时控制乌思藏大部分地区的帕竹政权的第悉(帕竹政权的首领的称号)是大司徒绎曲坚赞的侄子释迦坚赞(即《明太祖实录》所记的“故元灌顶国师章阳沙加”)，元朝曾封他为灌顶国师。河州卫在了解乌思藏的情形之后，即向明太祖建议对他给以封赏，于是明太祖下诏仍封给他灌顶国师之号，并遣使赐玉印及彩缎、表里。而释迦坚赞就在1373年正月遣使入朝，贡以佛像、佛书、舍利。

　　在争取到藏族地区大部分僧俗首领的归附以后，明太祖考虑到“彼方地广民稠，不立重镇治之，何以宣布恩威”，于是对藏族地区的管理机构进行了一些调整和补充。1374年7月，明朝设西安行都指挥使司于河州，升河州卫指挥使韦正为都指挥使，总辖河州、朵甘、乌思藏三卫。后来又升朵甘、乌思藏二卫为行都指挥使司。当年12月炽盛佛宝国师喃加巴藏卜及朵甘行都指挥同知锁南兀即儿等遣使来朝，又奏举土官赏竺监藏等五十六人。明太祖遂设朵甘宣慰司一、招讨司六、万户府四、千户所十七，以赏竺监藏等分别为指挥同知、宣慰司使、招讨司官、万户、千户等，并派员外郎许允德携诏书及诰、印前往赐之。

　　明朝在确定藏族地区的都指挥使司、卫、所的行政体制后，陆续委任了不少藏族首领担任都指挥使司和卫所的官职。明历朝实录和一些藏文史料中不乏这类关于藏族首领朝贡、受封赏的记载。由此我们可以说至少在明朝的前半期，明朝的都指挥使司、卫所的行政体制是在包括乌思藏在内的广大藏族地区得到实行的。例如，洪武十二年(1379)二月丙寅，“乌思藏指挥同知监藏巴藏卜、宣慰司官朵儿只令真、前都元帅索南藏卜、赏巴前司徒罗古监藏、仰思多万户公哥帕遣镇抚汝奴藏卜、僧哈麻刺来朝，贡兜罗帽、铁骊绵等物。”这里的赏巴前司徒罗古监藏是襄南木林的达那宗巴家族的罗追坚赞，他是著名的萨迦本钦甲哇桑布的第三子，曾被元朝封为司徒，《汉藏史集》说他在任襄南木林的首领时，兴建了同曼大城堡。这里的仰思多万户公哥帕即是江孜法王家族的首领贡噶帕，是江孜自居寺创建者热丹贡桑帕巴的父亲。“仰思多”即“年多”，指年楚河上游地区，为江孜地区的异称。贡噶帕曾任萨迦朗钦，是江孜宗城堡的兴建者。江孜在元代并不是一个万户，这里称他为仰思多万户，显然是明朝封给他的官职。洪武十八年(1385)正月丙寅，“以西番班竹儿为乌思藏都指挥使”。这里的班竹儿应是蔡巴家族的班觉桑布，他是著名的《红史》的作者贡噶多吉的长孙。《西藏王臣记》称他为“指挥班觉桑布”。同月壬午，“以乌思藏俺不罗卫指挥使古鲁监藏为乌思藏卫俺不罗行都指挥使司指挥佥事”。这里的俺不罗即羊卓，在元代为一个万户府，此名是说古鲁监藏的官职从卫指挥使提升为都指挥使司指挥佥事，这两个官职都是正三品。最初，明朝是封蔡巴、羊卓、止贡、嘉玛等故元万户府首领为乌思藏的行都指挥使或都指挥佥事等职，对帕竹政权的家臣中的内邬宗、桑珠孜宗的宗本则称为寨官。后来在了解帕竹政权的情况后，明朝就开始任命帕竹政权的主要宗本为乌思藏行都指挥使司的官员，并且进一步在内邬宗和仁蚌宗这两个最大的宗设立了行都指挥使司。

　　到永乐皇帝时，随着明朝对藏族地区情况的进一步了解，明朝对西藏的掌管一方、具有一定实力的高僧的分封也日益增多，其中地位最高、最为著名的有阐化王、护教王、赞善王、辅教王、阐教王等五个王。对于这些王的地位和性质、职权，有待进一步的研究分析。明代，在汉族地区只有皇帝的亲属朱姓男子才有可能被封为王，他们分散在全国各地，被称为“藩王”，享受丰厚的物质待遇，但是一般不参与地方和国家的行政事务。其他的功臣即使功劳再大，最多也只能封为候爵。对少数民族的政治首领，在他们表示臣服明朝的条件下，可以被封为王，例如塞北的蒙古各部的首领，有一些人拥有强大的政治军事力量，曾被明朝封给王号。而明朝在藏族地区所封的王则与他们有所不同，这些王是掌管一方的地方首领，但是他们又往往具有佛教僧人的身份。因此，他们的继承有的是师徒相传，有的是侄子继承，也有的是父子传承。因此他们的地位可以说是在世俗的王和明朝所封佛教首领的法王之间，既有掌管一方地区行政的世俗的王的成分，也与宗教的法王相类似的成分，因此明朝给他们的封号都带有佛教的内容。

　　永乐四年(1406)三月壬辰，明成祖派遣使者赍诏封乌思藏怕木竹巴吉刺思巴监藏巴里藏卜(扎巴坚赞)为灌顶国师阐化王，赐螭纽玉印、诰命，仍赐白金五百两、绮衣三袭、锦绮五十匹、彩绢百匹、茶二百斤。以后帕竹政权的历任第悉，都拥有阐化王的封号。永乐四年(1406)，明成祖令智光和尚出使乌思藏，灵藏僧人著思巴儿监藏遣使随智光来朝，被封为灌顶国师。第二年又被封为赞善王，并赐金印、诰命。赞善王的辖地在今天四川德格一带。永乐四年(1406)，馆觉地方的政教首领宗巴斡即南哥巴藏卜遣使入贡，被永乐皇帝封为灌顶国师，并赐以诰命。第二年(1407)，宗巴斡即南哥巴藏卜派遣使者入朝谢封，又被明成祖封为护教王，并赐金印、诰命，仍享有国师称号。馆觉地方即是今天昌都地区的贡觉县。赞善王和护教王的教派不详，可能与帕竹噶举、噶玛噶举和萨迦派都有密切关系。永乐十一年(1413)，明成祖封思达藏地方(在今天的西藏日喀则地区境内)萨迦派首领南渴烈思巴(按《萨迦世系史》，他是款氏家族成员，全名为南喀勒贝洛追坚赞贝桑布)为辅教王，并赐诰印、彩币。此后贡使双方往来不绝，杨三保、侯显都曾被派往颁赐，而辅教王辖下的许多僧人也都前来朝贡，有的还留在北京任职。景泰七年(1456)，南渴烈思巴派遣使者来朝贡，上陈自已年老，请求以其子喃葛坚粲巴藏卜代替，得到皇帝允许，赐以诰印、金册、彩币、袈裟、法器等。永乐四年(1406)，止贡地方的止贡噶举首领锁南藏卜派使者朝贡，成祖封锁南藏卜为灌顶国师，赐予衣服、钱币等优厚的赏赐。十一年(1413)，成祖又加封他为灌顶慈慧净戒大国师，并封其僧人领真巴儿吉监藏为阐教王，赐以印诰、彩币，命其管理止贡地方。

　　明朝除在藏族地区设置卫所，委任藏族僧俗首领外，还利用藏传佛教在藏族地区的深远影响，大力封授各派宗教首领和人士，推行僧纲制度，通过宗教加强明朝对广大藏区的影响。在明朝对这些藏传佛教的宗教首领人士的封授中，以永乐年间封噶玛噶举派黑帽系活佛为大宝法王，封萨迦派首领为大乘法王，封格鲁派高僧释迦也失为西天佛子(宣德年间加封为大慈法王)最为重要;其次是封藏传佛教的高僧为大国师、国师及禅师等。
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