焦芳的一生可谓少年得志，平步青云，官运亨通。但此人却被后人认为不学无术。还在他当编修时，一次大学士万安和人闲聊，曾说过一句“不学如芳，亦学士乎”。意思是说，像焦芳这样不学无术之人，也想当学士吗？后来此话传到焦芳处。焦芳勃然大怒，说：这一定是彭华在背后算计我，我如果当不上学士，就在长安道上把彭华给刺杀了。彭华听后非常害怕，连忙将此信传给大学士万安。万安最终不得不进焦芳为讲学士。
不久，皇帝诏纂《文华大训》，然后在宫中讲授。因为其书是彭华等人所著，焦芳心中嫉恨，每次进讲，专挑书中的毛病。当时的翰林院崇尚美文，因学士们认为焦芳粗陋无学，个性阴狠，又好背后议论人，因而大家都不愿和他交往。后来，朝中有位大臣尹晏被罢免，其儿子与焦芳也同时被谪迁到贵阳任职。焦芳知道这是彭华、万安的缘故，因而对这二人怀恨在心。但在被贬贵阳不久，凭着焦芳的能力，他很快又被任命为霍州知府。然后在几年内一步步升迁，很快升为礼部右侍郎。为了能够显示出自己的才华，这一阶段焦芳常常上书奏事，以求皇上对自己重用，可惜奏折都被当时的吏部尚书马文升等人所抑。这些人都是浙江或江西人。所以，焦芳从这个时候开始在心中对南方的官员埋下仇恨。后来焦芳当政期间，南方人的势力受到严重损伤。这笔账都被后人算在了焦芳身上。一次是宦官刘瑾认为翰林院的学士太傲慢，想把他们都赶出京城，被当时的大学士张彩所阻。后来，皇上要求编修的《孝家实录》成卷后，刘瑾又一次提出让学士们外放未果，遂将编修顾清等20多人下放到各部、司中。此时，朝中有位大臣欲将其中四人举荐到某司中。刘瑾发现此四人皆是迁乡人，而奏章就出在这位大臣之手，刘瑾便以结党营私之罪让此四人下了监狱。朝中大臣李东阳力解之，被焦芳阻止，就这样，这笔账算在了焦芳的头上。
但焦芳做事毕竟是不公平的。有一次，有位江西人出事，身为吏部尚书的焦芳竟由此排挤南方人，此时的焦芳对南方人的积怨达到了无可复加的地步。在他升为文渊阁大学士后，竟写了一篇《南人不可为相图》。在朝中，每退一南方人，焦芳便喜不自禁，有时写文章，亦必诋南而誉北。这当然引起南方人的极大愤懑。
焦芳对南方人刻薄，但对北方人特别是故乡人亲爱有加，至今传焦阁老(今当地人尊其为阁老)为民请愿故事。时适河南大旱，收入极少。有人讲河南多产宝，使请阁老献宝。阁老随带三物：一物是蝎子，颜色金黄,皇帝喜欢伸手触及，大叫一声，嫌其毒。二物为篦，一种多肢节动物，其色如黑玉，未及触及，已遁走。三物为蝉，一声鸣去。后帝问及，芳曰河南皆些物也。帝怜，免河南税赋五年，岁有余粮，便修城，至今老城尚在，为河南省二级文物保护。
另一个让焦芳名声有损的原因是阿附阉党。明朝中后期，正是宦官篡政最猖狂的时期，如果朝臣想在朝中坐稳位置，非与宦官交往不可，否则权位与性命堪忧。弘治十八年，太子朱厚?登基，帝号武宗。武宗登基后，东宫大院内以刘瑾为首的八位宦官均得武宗倚重，被时人称为“八虎”。当时任吏部尚书的焦芳为了保全自己的官位以及寻找到靠山，千方百计接近刘瑾。有一次，大臣韩文将率九卿弹劾刘瑾，按规定，上奏皇帝的奏章必先经过吏部审阅。身为吏部尚书的焦芳看到这份奏章，私下里将奏章内容告诉了刘瑾。刘瑾得信后，立刻着手诬陷这些弹劾他的人，然后举荐焦芳为文渊阁大学士兼吏部尚书。焦芳裁阅奏章时，也时时迎合刘瑾之意。
当时，朝中有位叫张彩的大臣，也是后来公认的阉党之一。为了攀权附贵，张彩事先买通了焦芳，焦芳便将此人推荐给刘瑾。在焦芳升任太子少师、大学士之后，张彩当上了吏部尚书。但不久，张彩刻意在刘瑾面前谗言焦芳。焦芳的一位部下段炅见刘瑾对张彩日益亲近，而焦芳日益失宠，就转而巴结张彩，又伙同张彩在刘瑾面前将焦芳所做的对刘瑾不利的事统统说了出来。刘瑾知道后不觉大怒，数次在大庭广众之下怒斥焦芳父子。焦芳自知大势已去，连忙上奏乞归。儿子焦黄中，无奈之中也以侍读的身份随父还家。父子俱在老家善终！而其他被列为阉党的后来无一不被追究。
以后对焦芳多诋毁有加，盖因焦芳对南方人刻薄缘故，特别是南方文人。以至众口铄金，竟把焦芳描绘为胸无点墨的草包之士，列为阉党之首；然芳能中进士岂能胸无点墨？阉党之首独能得善终乎？焦芳父子已作古千年，是非曲直早有人评说。草店的豪华焦宅早已化为瓦砾，荡然无存，惟独剩下焦芳父子的坟墓，幸运地保留下来。焦芳后代至孝，在焦芳父子的坟墓旁世代守墓，并繁衍立村，是为焦坟村。
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