崇祯帝即位后，诛魏忠贤，恢复孔?官职，又升任尚宝司卿。崇祯二年(1629年)，孔?因父丧回乡。其时，县城内富家贵族鱼肉人民，黄文鼎、汪国华等为首杀富济贫，烧毁富家房屋。孔?认为他们是犯上作乱，设计诱杀了黄、汪等人。服丧期满，孔?到京复职。不久，升任佥都御史，巡抚湖广。刚到任，农民起义领袖张献忠已率军由郧阳渡河，孔?所部万人，但因多面部署，兵力分散，其中快速部队一骑兵不到总数的十分之一，他激励将士英勇作战，连战连胜。由于张献忠势力强大，总兵熊文灿主张招降，张献忠借机假投降，被封为副将；后诈称受抚的陆续而来。孔?认为张献忠投降不是诚意，力陈招抚策略的错误，8次上书，上司均未采纳。不久，张献忠再度起兵造反，知道孔?有准备，不敢南下，遂引兵西进，孔?在荆门、当阳一线阻击，在来家河神通堡打败了张献忠。张献忠退兵屯兴山。时朝廷派杨嗣昌代替熊文灿为总兵，传令楚、川、沅3路会师夹攻张献忠；献忠于夜间拔营逃走。孔?料他“狡诈”，下令原地驻防，不可移动；但已有二位将官迫于嗣昌命令，率兵出发，行至香油坪，中计，遭围攻溃败。嗣昌在命令军队进击的同时，令孔?进驻襄阳。襄阳距香油坪800里，当听到军队被围消息，孔?约沅、川两军赴援，两军又被嗣昌调往他处，只得率部1000余人兼程往救，赶至竹山，官军已在6天前溃败。由于孤军深入，被张献忠围攻受创。本来嗣昌与文灿都主抚，只有孔?与其意见分歧，这次孔?战败，实由嗣昌调度失宜所致，但嗣昌反借此劾孔?贻误军机，逮捕下狱。由于孔?长子以智以血书诉冤，才得以从轻处理，遣戍绍兴。过了很久，孔?才因他人荐举复职，命他督理山东军事；没有到职，李自成已攻北京，崇祯帝自缢；孔?遂护送老母归隐白鹿山庄终老。孔?死后葬横埠区后方乡合明山，门人私谥贞述先生。著有《周易时论》22卷、《尚书世论》2卷、《礼节论》若干卷、《春秋窃论》2卷、《全边纪略》12卷、《抚楚疏稿》4卷、《环中堂集》12卷。
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