魏晋十六国北朝的疫病流行呈现出连绵不断的趋势。因气候突变、水旱灾害导致的疫病流行时有所见；因人口聚居而加剧的疫病流行更是触目惊心，几乎每一个朝代都有疫情发生，并因此阻碍了社会经济的发展，对民众的生命财产构成了严重的威胁。曹魏控制的黄河流域，经过曹操所推行的屯田制，农业经济逐步恢复，但疫病流行给农业经济的发展带来了许多不利的影响。建安二十二年（217年）冬天，黄河流域疫病肆虐，民众死伤惨重。曹操在次年所下的令中有“去冬天降疫疠，民有凋伤”之说，在“军兴于外”的特殊时期，因疫病流行，使“垦田损少”，动摇了曹魏统治的经济基础，所以他表露了“吾甚忧之”的心态。[1]（《魏书·武帝纪》裴注引《魏书》）当时，曹丕被立为太子不久，“疫疠大起，时人凋伤”。这场疫病流行夺去了与他私交甚好的文友徐?、陈琳、应?、刘桢等人的生命，遭受好友“一时俱逝”的变故，他感到“痛何可言邪”，甚至发出了“疫疠数起，士人?落，余独何人，能全其寿”的慨叹。[1]（《魏书·文帝纪》、《魏书·王粲传附应?、刘桢传》）从这次疫病流行的趋势来看，其影响的范围比较大，不仅普通的民众多有死亡，即使与曹丕交往甚密的社会上层也多染病而死。曹魏政权建立后，见诸记载的疫病流行大多发生在京师洛阳。曹操死后，因“又有疾疠，于是军中骚动”。[1]
（《魏书·贾逵传》裴注引《魏略》）黄初四年（223年）三月，“是月大疫”。魏明帝青龙二年（234年），“夏四月，大疫”。青龙三年正月，“京都大疫”。[1]（《魏书·明帝纪》）因此，《晋书·天文志下》云：青龙二年，“是年夏及冬，大疫。”曹魏时期爆发的这两次疫病流行，史书没有记述其危害程度。到齐王芳正始十年（249年）秋天又发生了疫病流行，其中声名显赫的王弼“其秋遇疠疾亡，时年二十四”。[1]（《魏书·钟会传附王弼传》）可见疫病流行危害之惨烈。西晋是疫情大爆发时期，危害大、波及地区广的疫病大规模流行。晋武帝咸宁元年（275年）十二月，“是月大疫，洛阳死者太半”。[2]（《武帝纪》）《资治通鉴·晋纪一·世祖武皇帝上之下》“咸宁元年”条云：“大疫，洛阳死者以万数。”疫病流行迫使晋武帝在“二年春正月，以疾疫废朝”。这次疫病流行可能也感染了晋武帝，史称“先是，帝不豫，及瘳，群臣上寿”。在疫病被治愈群臣祝寿之际，晋武帝感慨万千，下诏曰：“每念顷遇疫气死亡，为之怆然。岂以一身之休息，忘百姓之艰邪？诸上礼者皆绝之。”[2]（《武帝纪》）这次疫病流行在民间为害甚烈。《晋书·孝友·庾衮传》云：“咸宁中，大疫，（庾衮）二兄俱亡，次兄毗复殆，疠气方炽，父母诸弟皆出次于外，衮独留不去。……如此十有余旬，疫势既歇，家人乃反，毗病得差，衮亦无恙。”此虽是赞扬庾衮对其弟的友爱，但反映了疫情的严重程度和持续时间之长。晋惠帝以后，疫病流行呈蔓延之势。元康二年（291年）“冬十一月，大疫”。元康六年十一月，“关中饥，大疫”。元康七年，“秋七月，雍、梁州疫”。随后又发生了“大旱，陨霜，杀秋稼”的自然灾害。疫病流行和自然灾害的交替影响，使“关中饥，米斛万钱”。[2]（《惠帝纪》）《资治通鉴·晋纪四·世祖武皇帝下》“元康七年”条则径云：“秋，七月，雍、秦二州大旱，疾疫，米斛万钱。”而此时关中地区又兵连祸结，“因此氐羌反叛，雍州刺史解系败绩。而饥疫荐臻，戎晋并困，朝廷不能振”，在此情况下，朝廷允许人口“诏听相卖鬻”来缓解民间因疫病所造成的生存危机。[2]（《五行志中》）到了晋怀帝永嘉年间，疫病流行呈现出大爆发的态势。永嘉初年，“关中饥荒，百姓相?，加以疾疠，盗贼公行”。[2]（《高密文献王泰传附略弟南阳王模传》）永嘉四年十一月，“襄阳大疫，死者三千余人”。永嘉六年，“是岁大疫”。
[2]（《孝怀帝纪》）因此，《晋书·食货志》云：“至于永嘉，丧乱弥甚。雍州以东，人多饥乏，更相鬻卖，奔迸流移，不可胜数。幽、并、司、冀、秦、雍六州大蝗，草木及牛马毛皆尽。又大疾疫，兼以饥馑，百姓又为寇贼所杀，流尸满河，白骨蔽野。刘曜之逼，朝廷议欲迁都仓垣，人多相食，饥疫总至，百官流亡者十八九。”由此可知，永嘉年间的疫病流行既有旱灾方面的原因，又有战争造成民众大量死亡的因素。十六国时期疫病流行也不时发生。刘聪末年，荒淫无道，不恤民力，横征暴敛，社会矛盾极为尖锐。廷尉陈元达劝谏说：“陛下龙兴已来，外殄二京不世之寇，内兴殿观四十余所，重之以饥馑疾疫，死亡相属，兵疲于外，人怨于内，为之父母固若是乎！”[2]（《刘聪载记》）大兴土木与疾疫流行相伴，使民众大量死亡。而刘聪仍然一意孤行，结果朝政日乱，再加上“军旅在外，饥疫相仍”，社会更加动荡不安。前赵光初三年（320年），刘曜左中郎将宋始、振威宋恕投降石勒。刘曜派遣广平王刘岳为征东大将军，镇守洛阳，“会三军疫甚，岳遂屯渑池”。而石勒又派遣石生策应宋始等人，刘岳只得退据陕城。次年，前赵境内发生了“疫气大行，死者十三四”的疫情。光初五年（322年）五月，刘曜又进攻仇池，“时曜寝疾，兼疠疫甚，议欲班师”。可能是刘曜也感染了疫病，最后派人劝说仇池归附才撤军。[2]（《刘曜载记》）前赵的三次疫病流行加速了这一政权的灭亡。后赵时期疫病流行仍然非常盛行。东晋大兴四年（321年），祖逖病死，石勒开始进攻东晋，东晋的征北将军祖约退守寿春。适逢“勒境内大疫，死者十二三，乃罢徽文殿作”。疫病流行遏止了石勒的军事进攻，但石勒仍然派兵驻扎在豫州前线以威胁东晋，“梁郑之间骚然矣”。此次疫病流行也波及到东晋占领的青州。东晋的青州刺史曹嶷据有广固，在石勒大将石虎大军的威胁下，准备逃往海中，“会疾疫甚，计未及就”，结果被消灭。[2]（《石勒载记下》）石虎死后，冉闵乘石虎子孙混战之际夺取政权，建立魏。冉闵又与其他少数民族之间矛盾颇深，“与羌胡相攻，无月不战”。而此时“青、雍、幽、荆州徙户及诸氐、羌、胡、蛮数百余万，各还本土，道路交错，互相杀掠，且饥疫死亡，其能达者十有二三”。战争使疫病迅速传染，造成移民的大量死亡，出现了“诸夏纷乱，无复农者”的景象。[2]（《石季龙载记下附冉闵载记》）北魏时期的疫病流行既有鲜卑族难以适应远征地气候的原因，也有水旱灾害的因素。皇始元年（396年），道武帝亲自率领40余万军队南下讨伐慕容宝，次年八月十五日，进攻常山九门（今河北藁城县西北），“时大疫，人马牛多死”。人畜共患的疫病流行，使军队遭受到非常大的损失，“在者才十四五”。而“是时中山犹拒守，而饥疫并臻，群下咸思还北”。为了稳定军心，道武帝将疫病流行归于天意，并在袭击中山后撤军。
[3]（《太祖纪》）明元帝泰常八年（423年）四月闰月，北魏军队攻占虎牢关后，“士众大疫，死者十二三”。流行病的作祟，迫使明元帝率军退回晋阳。[3]（《太宗纪》）同年，明元帝派遣刁雍与叔孙建率领5万余人，共同进攻青州。因“兵人不宜水土，疫病过半”，再加上宋少帝派遣檀道济等人所率救兵将至，最后只好撤军。[3]（《刁雍传》）显然，疫病流行大大降低了北魏军队的战斗力。和平元年（460年）六月，文成帝命令诸将讨伐吐谷浑什寅，八月，文成帝到达河西，“西征诸军至西平，什寅走保南山。九月，诸军济河追之，遇瘴气，多有疫疾，乃行军还，获杂畜二十馀万”。[3]（《高宗纪》）同样是疫病流行迫使北魏军队撤军。到北魏进入中原后，所发生的疫病流行多与水旱灾害有关。献文帝皇兴元年（467年）夏天，因为天旱和黄河决口，致使沿黄河27个州郡发生饥荒，不久就发生了“天下大疫”的惨象。及至次年十月，“豫州疫，民死十四五万”。[3]（《灵徵志上》）在宣武帝永平三年（510年），“夏四月，平阳郡之禽昌、襄陵二县大疫，自正月至此月，死者二千七百三十人”。从上述两例数字，可知疫病死亡人数之多。北齐时的疫病同样造成民众大量死亡。齐后主高纬天统元年，“河南大疫”。[4]（《后主纪》）武平年间，秦州刺史陆杳被陈朝军队包围百余日，“城中多疫疠，死者过半，人无异心。遇疾卒”。[5]（《陆俟传附杳传》）陆杳有可能是感染疫病而死亡。综观魏晋十六国北朝的疫病流行，我们可以看出其所具有的鲜明趋势。其一，疫病流行大多发生在人口稠密的地区。而这也与疫病流行的特点相吻合，一旦发生疫病，往往使人口大量死亡。其二，疫病流行与天灾人祸密不可分。在水旱灾害之后，或战争之后，常常发生大规模的疫病流行，这可以说是魏晋南北朝时期战争之后的必然结果。其三，疫病的爆发时间有其规律可循，虽然说一年四季都有可能发生疫病，但大多集中在冬春季节更替之时。