少年中举后，朱燮元曾应绍兴知府萧良干之延，入署授诸子书凡二载。山阴江北四都频遭水患，萧良干采纳燮元建议，亲临沿海察勘，遂于白洋山右建山西闸以杀西小江上流水势而补三江之不足。濒海数十万居民悉赖以安。燮元记其事勒碑于安昌市。
明万历二十年(1592)登进士，授大理评事。时山西豪绅刘申等横行乡里，死者枕藉。既而事发，系狱十年不决。燮元受理此案，不为权贵所请，详为谳刺，断决此案，平反者300余人。后出知苏州。苏州财赋甲天下，邑县、府吏多有漏弊。乃于府库中编列各县名，凡邑赋输至者，即令该县官入库，自行封识于其藏。及支解进京，仍令某官自开发而无纤毫涉府吏之手。属邑自此也绝无借漏耗之名多取于民者。二十九年，矿税使孙隆在苏州横征暴敛，激起葛成为首的万余织工群起抗暴，其时燮元已升川南道而束装待行。诸大吏惊慌失措，飞檄请燮元平乱。燮元以“兵以御外寇者”为由，反对用兵镇压，以恩义劝谕解散，为首者葛成挺身投案。
万历三十五年，因父母年高弃官归里，侍养十载。四十四年，起陕西按察使。四十六年，转四川右布政使。天启元年(1621)，永宁土司奢崇明反，分四路各兵数万连破41州县，水陆并进包围成都。蜀王命朱燮元治军。以“贼动我止，贼止我动”战术，诱敌深入，大败敌军。历时一百天，敌溃退，成都释围。因功加兵部侍郎，总督四川、湖广、陕西军务。奢崇明联合贵州水西土司安邦彦再次起兵犯黔。贵州巡抚战败。朝廷又命燮元主征。加兵部尚书，赐尚方剑，督贵、川、湖、滇、粤五省。崇祯二年(1629)八月进师水西，斩奢崇明、安邦彦，西南平复。进少保，加少傅兼太子太傅。后加少师、左柱国。
崇祯十一年卒于官。初谥襄毅，后改谥忠定。《四库全书总目》载其著述有《督蜀疏草》12卷、《朱襄毅疏草》12卷、《朱少师奏疏》8卷。
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