崇祯元年（1628），陈子龙二十一岁，与湖广宝庆府邵阳知县张轨端之女结为夫妻。后纳妾蔡氏等三人。当时，江南一代名妓柳如是（1618—1664），年方二十余，“色艺冠绝一时”，诗赋辄工，尤长近体七言，堪称才貌出众，风流十足。不少文人才子对她“一见倾心”，爱慕不已，缱绻而别。陈子龙虽曾流连声色诗酒，但对柳如是却没有好感。柳如是以陈子龙“负海内重名”，欲委身于他，从盛泽至松江屡以刺谒，自称女弟 。陈子龙与柳如是一度相恋之关系，清代虽已有人谈及，但经陈寅恪先生《柳如是别传》抉微更进而彰显。据《柳如是别传》考证，崇祯八年春夏之季，陈与柳曾短暂同居，两人感情相当深挚。然而终不得谐连理，一是由于陈妻张孺人不能相容，柳亦不愿为妾；二是由于陈当时经济状况不能满足柳之要求。如此分析，入情入理，但只道出了他们最终分手的外因。陈、柳情缘花而无实，究其内因有二：一是陈受日趋保守的士风影响，没有勇气违礼而动；二是陈对待女性的态度相当传统，与柳追求平等自由的观念相左。
崇祯二年，陈子龙中秀才，拔为第一。是年，夏允彝、杜麟征二人以“老困公车，不得一二时髦新采，共为熏陶，恐举业无动人处”，在松江组织“几社”。“几者，绝学有再兴之几，而得知几其神之义也。”最初入社者有周立勋、徐孚远、彭燕又三人。陈子龙“甫弱冠，闻是举也，奋然来归。诸君子以年少讶之，乃其才学则已精通经史，落纸惊人，遂成六子之数”②，世称“几社六子”。几社和其他文社一样，起初是通过以文会友，选择知己，学习制艺，后来随着政治形势的变化，逐渐演变成一股政治势力。几社的主要特点是取友极严，非师生子弟不得入社，社友亲如兄弟。它成立后汇刻制艺范本《几社壬申文选》，集六子之文，人各六十首。又刻《几社会义初集》、《二集》、《三集》、《四集》、《五集》，几社的声势由此大振。陈子龙的名气亦因之日重，“问业者日进，户外屦满”。崇祯三年（1630）秋，应乡试，中举人。次年，赴京师会试，“为省中某公所黜”，落第归里，从事古文词。又作书数万言，极论时政得失，本欲上奏朝廷、以友人戒之而止。崇祯七年春，再度应会试，复不第，回家闭门谢客，“专意于学问”，作古诗乐府百余章。接着，在松江南门外阮家巷陆氏别业南园读书、写作，成《玉堂集》、《平露堂集》。崇祯十年，第三次公车北上，榜发，与夏允彝同中进士，俱在丙科，当就外吏。陈子龙选得广东惠州府司理，未抵任而闻继母亡，回家治丧。
此时明皇朝已危在旦夕，尖锐的民族矛盾和阶级矛盾，促使一批忧国忧民的知识分子对王门后学的空谈误国产生强烈的不满，大声疾呼“经世致用”，以改变残酷的社会现实，陈子龙就是其中的一位典型代表。这一时期，他为古代中国科学文化的发展做了两件极有意义的事情。
崇祯十一年（1638）夏，陈子龙以“君子之学，贵于识时；时之所急，务之恐后”①的紧迫感，与徐孚远、宋徵璧一起，取明朝名卿大臣“有涉世务、国政”之文，“撷其精英”，“又旁采以助高深”，“志在征实”②，辑成《皇明经世文编》，凡五百零四卷，又补遗四卷。是书选文以明治乱、存异同、详军事、重经济为原则，内容十分丰富，包括政治、军事、赋役、财经、农田、水利、学校文化、典章制度等等，并根据当时接触到的许多现实问题，对其中一些文章加作旁注，表达了编者的政治主张。陈子龙等人编辑此书的动机和目的，是为了“上以备一代之典则，下以资后学之师法”，试图通过自己的努力，扭转“俗儒是古而非今，撷华而舍实”①，不务实际的坏风气。它是一部“从历史实际出发，总结了明朝两百几十年统治经验，企图从中得出教训，用以改变当前现实、经世致用之书。这部书的编辑出版，对当时的文风、学风是一个严重的挑战，对稍后黄宗羲、顾炎武等人讲求经世实用之学，也起了先行的作用”。
继后，陈子龙又整理了徐光启的农学巨著《农政全书》。徐光启负经世之志，“其生平所学，博究天人，而皆主于实用。至于农事，尤所用心。盖以为生民率育之源，国家富强之本”③。对于徐光启的为人和学问，陈子龙向来是十分敬佩的，早年曾到北京拜访他，“问当世之务”。徐光启谢世后，陈子龙从其次孙徐尔爵处得《农书》草稿数十卷，日夜抄录。崇祯十二年（1639），“慨然以富国化民之本在是，遂删其繁芜，补其缺略”50000530_2048_3④。“大约删者十之三，增者十之二”⑤，灿然成《农政全书》六十卷。并作《凡例》，概述《农政全书》基本宗旨、各篇主要内容、思想渊源和徐光启的独到见解。同时抒发了他本人的社会经济主张。编辑《皇明经世文编》和整理《农政全书》，是陈子龙一生中在经世实用方面两项最主要的贡献。从中也可以看出他对“经世”，即现实社会经济问题，特别是农业生产是何等的重视。
此后，陈子龙曾一度“欲绝仕宦”，在家“广其宅，示无志四方也”。然而，面对着明末农民大起义的燎原之势和清军的步步进逼，从巩固明朝的根本立场出发，最终还是放弃个人打算，于崇祯十三年（1640）六月，出任浙江绍兴府司理，寻兼摄诸暨知县。在官之日，由于他的辖区连年水患成灾，饥民蜂起，为了维护地主阶级的长远利益，他刚柔并用，剿抚兼施，一边“力行保甲，设互首之法，申连坐之令”，镇压饥民起义；一边亲司赈事，救济饥民，立粥厂，设药局，养老幼，医病疾，收死骨。十五年（1642）五月，在浙江巡抚董象恒节制下，陈子龙督抚标兵千余人到浙江遂昌县，积极参加浙、赣、闽三省会剿，镇压多年来活动在三省交界处的福建汀州人邱凌霄父子为首的山民起义。事平论功，陈子龙得增俸。十六年春，李自成起义军破承德，南京大震。他受董象恒委派负责筹划军备，在余杭等地筑关建台，整修城池，铸炮储硝，并督运军粮入南京。崇祯十七年初，陈子龙因招抚浙江东阳县诸生许都起义有功，授兵科给事中。许都出身官僚家庭，富而任侠好施，原为陈子龙的旧友。陈子龙曾经数次荐之上官，不用。关于这次许都起义的原因和经过，有两种说法。一曰，东阳知县姚孙裴贪酷成性，借口备兵，横征暴敛，坐许都万金。许都乞免，不得。适义乌县奸民假中官之名招兵事发，孙?遂诬许都与此有关，“结党谋逆”，于是急忙使人捕之。时，会许都葬母山中，有万人参加。有人以此报告官府，云许都反矣。孙?遂遣兵捕之。许都被激起而反之，用孝布包头，号“白头兵”，以“诛贪吏”为号召。旬日之间，众至数万，连下兰溪、东阳、义乌、武义、浦江，进围金华，全浙大震。一曰，是年明末农民起义军入江西，许都练兵自卫，姚县令斥其不法，许都馈其千金仍不能解，且说许都隐匿吴昌时赃银十万两，是应输官。许都惧祸不能免，偕友人入县衙门。令怒责之，且欲置之狱。许都等遂先发制人，执县令，鞭数十，然后反其道而行之，将县令关入监狱，封府库，聚众反矣。但许都投降后，由于浙江巡按左光先不顾陈子龙的再三要求，违背当初许下的只要许都自缚来降，“当待以不死”的诺言，在许都率众出山投降之后将许都及部众六十余人杀死。对此，陈子龙很是不满；又闻祖母病甚笃，便没有去赴任，于三月乞身归里。
五月二日，陈子龙得知京师已陷，“国破君亡”，“号恸欲绝”，血泪沾衣。福王朱由崧监国南京以后，起陈子龙原官。六月入朝就任，上言防江之策，莫过水师。又具三疏：“一劝主上勤学定志，以立中兴之基；一上经略荆襄布置两淮之策，以为奠安南服之本；一历陈先朝致乱之由在于上下相猜，朋党互角，以为鉴戒。”①在近两个月内，陈子龙前后上三十余疏，举荐人材；批评马士英重用阮大铖；反对中贵四出选民女并乘机大肆扰民，横行勒索。因为福王腐朽无能，朝政不修，小人当道，大权控制在首辅马士英手里，陈子龙的一切建议不但没有被采纳，反而引起马士英的“深疑”，群小更是“见嫉如仇”。陈子龙“念时事必不可为”，愤然离开朝班，于九月请假回家。
弘光元年（清顺治二年，1645）五月，南京失守，福王政权至此结束，陈子龙避地泖滨。有旧友陈洪范时已降清，派人招抚他和夏允彝，夏允彝抗辞答之，陈子龙则避而不见。又有故明参将洪恩炳，与陈子龙“素执弟子礼”，亦降清，自称“安抚使”路过松江求见，陈子龙亦拒之门外，矢志坚持抗清立场。闰六月，江南各郡“竞起兵为恢复计”，组织义军，掀起轰轰烈烈的抗清运动。松江府籍的故明官员也同样在城内募兵抗清。这时，陈子龙与徐孚远及陈湖义士集众千余人驻扎陈湖，伺机起兵。夏允彝致书联络吴淞副总兵吴志葵、参将鲁之?率水师三千自吴淞入泖湖，总兵官黄蜚率船千艘、水师二万人由无锡到此会合。是月初十日，陈子龙设明太祖像誓师起义，原明两广总督沈犹龙称总督兵部尚书，陈子龙称监军左给事中，军号“振武”。陈子龙所集义兵，虽有千余之众，但“饷无所办”，且多泖滨渔人，不知纪律，未尝作战，甚不堪用，与吴志葵水师进攻苏州失败。黄蜚不听陈子龙的劝阻，将二万水师移营黄浦江，因沿途水道狭隘，不利旋转，单行数十里，首尾不相应，仅支撑两月，亦被清军击败。八月三日，松江城陷，沈犹龙等皆阵亡。陈子龙在城西遇清兵，得逃脱，携家走昆山。夏允彝投水死。
继而，陈子龙避难青浦县金泽，最后隐姓埋名入嘉善县陶庄水月庵，托为禅僧，取名信衷，字瓢粟，号颍川明逸。在此，他与庵僧衍门同研佛学，并完成自撰《年谱》。
弘光元年六月，鲁王朱以海监国于绍兴。闰六月，唐王朱聿键称号于福州。鲁王命陈子龙为兵部尚书，节制七省军漕；唐王授其兵部左侍郎、左都御史。
自清军破扬州以后，吴江进士吴易与同邑举人孙兆奎等共组“白腰党”，起兵抗清，聚众千余，结营太湖，出入无常，连攻嘉善。顺治三年（1646）春，又与苏州清兵战于吴江汾湖（分湖），大败清军，“斩获过当”。陈子龙向鲁王报捷。鲁王封吴易为“长兴伯”，命陈子龙视师浙、直。五月，陈子龙监临吴易义师。后，陈子龙见其“轻敌，幕客皆轻薄之士，诸将惟事剽掠而已，师众不整”，“军纪日弛”，遂与之断绝关系。至秋天，吴易被执，义师失败。此时陈子龙因为“复明”大业不成，经常沈忧咤叹，至废寝兴。及闻浙东、福州失守，“志不欲生，孤筇单幞，混迹缁流”。泣然曰：“茫茫天地将安之乎，惟有营葬大母归死先垄耳。”即于七月遣家归里，十一月，殡葬祖母于广富林。并作长书焚夏允彝墓前，“述己所以未死之故，期不负夏公”。顺治四年（1647）初，在广富林家居时，念生平知友如夏允彝辈一时零落殆尽，周立勋之死亦已数年，而丧未举，慨然曰：“我死，谁为了此事者。”遂捐地葬之。三月，会葬夏允彝，陈子龙赋诗二章，又作《寒食》、《清明》二词，此系其生前最后留下的文字。
清松江提督吴胜兆，辽东人，以降将从征到江南。他的幕僚皆吴越之人。顺治四年四月，吴胜兆因为与江宁巡抚土国宝有矛盾，总督军务招抚江南经略使洪承畴又劾其滥收吴易“白腰党”降卒，遂密谋策划起兵反清。他的部下、长洲县诸生戴之?是陈子龙的旧识，积极支持吴胜兆起兵，并微服私访陈子龙，一再请求陈子龙写信联络黄道周（黄系陈座师）族子、鲁监国舟山守将黄斌卿率舟师为外应。陈子龙认为：黄等“虚声寡信，事必不济”，没有答应戴的要求，并说：海舶往来，不乏信使，你等好自为之，我决不阻拦。戴即离去，“自是不复相闻矣”①。是月十六日，吴胜兆未举兵而事泄被捕，入狱穷治。清军诬陈子龙与吴“共谋”①，遣兵捕之。陈子龙易姓李，改字大樽，先潜匿嘉定侯岐曾仆刘驯家。后又逃至其婿昆山顾天逵兄弟处。时，清江宁将军巴山、操江都御史陈锦和江宁巡抚土国宝阴谋乘吴胜兆事，“尽除三吴知名之士”，而以陈子龙为首。五月初，他们派出兵丁五百，手挟弓矢，如临大敌，在苏松一带大肆搜捕达五六日之久。最后由于陈子龙仆人不慎泄露住处，陈子龙在吴县潭山顾天逵祖墓被捕。巴山等人对他进行审讯，他“植立不屈，神色不变”。陈锦问他为何官？曰：“我崇祯朝兵科给事中也。”又问：何不剃发？曰：“吾惟留此发，以见先帝于地下也。”又问，陈子龙凛然挺立，拒不回答。乃执之舟中，令卒守之。
五月十三日（6月15日），陈子龙被押往南京，在途中经松江境内跨塘桥时，他乘守者不备，突然投水以死，捞起时已经气绝，清军还残暴地将其凌迟斩首，弃尸水中。时年四十岁。次日，陈子龙门生王?、轿夫吴酉等在毛竹港找到他的遗体，具棺埋葬。清乾隆中，谥“忠裕”。
陈子龙不仅是明清交替时一位不屈的抗清勇士，而且在当时的文坛上也颇有名望。他“生有异才，工举子业，兼治诗赋古文，取法魏、晋，骈体尤精妙”②，七律诗更有特色和成就。虽然他有复古的思想和主张，但他特别强调文学创作的社会意义，是结束明代复古派诗歌创作的最后一个大诗人，也是开创清初诗歌抒写性情、反映现实新风较早的一个大诗人①。他生前所写的各种体裁的作品，多数收集在清嘉庆八年（1803）刊行的《陈忠裕公全集》
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