皇帝闲了，大臣们的角色也同样变，原先在这个官僚体制中，各类的权力都被朱元璋拆分开来，而在这套变动过程中，本来拆分的权力，也又重新组合起来。比如原本分散的六部权力，被统一整合到内阁负责，而地方上原本分散的“三司”权力，被统一整合给各省的巡抚，以及负责多个省公务的总督负责。权力组合的结果，使得相关大臣的权限加大，连带着话语权加大，办公固然方便了，但和皇帝顶牛，也自然变得方便了。于是从明朝中后期开始，明朝大臣和皇帝顶牛的事，也就越发的多了起来。

到了明宪宗成化皇帝在位开始，群臣给皇帝顶牛，又多了新招数，经常是为了争论一件事，闹得大臣们以集体辞职相威胁。比较典型的事，就是西厂提督太监汪直引发众怒，大臣商辂率领文臣进谏，以集体辞职为武器，迫使明宪宗罢免汪直并裁撤西厂，虽然这场争斗，还是以汪直复职西厂复设，以及商辂黯然罢官而告终，但随着文官集团话语权的壮大，集体辞职这一招，在之后明朝历代皇帝在位时，都被大臣们屡试不爽。

比如明孝宗朱?樘在位的时候，大学士刘健等人率领群臣进谏，以集体辞职劝说明孝宗赦免两京之狱中的获罪言官，并严惩涉案宦官。明武宗朱厚照时期，发生过两次著名的内阁集体辞职事件，一次是刘健，谢迁，李东阳三位阁臣，率领六部九卿集体辞职，劝说明武宗驱逐宦官八虎。另一次是明武宗在位晚期，常年外出巡游，并率兵在应州与蒙古鞑靼部血战，结果以梁储，蒋冕等阁臣为首的百官，以集体辞职劝说明武宗回京理政。

而到了明神宗万历皇帝在位的时期，发生了著名的“争国本”案，集体辞职这招，更从官员顶牛皇帝的杀招，变成司空见惯的常用招数，当时围绕着立太子问题，坚持立皇长子的群臣，与坚持立皇三子的明神宗，展开了二十年的顶牛，期间每当双方关系剑拔弩张的时刻，特别是诸多官员因为直言进谏遭罚时，总会闹出重臣们集体辞职以示抗议的一幕，诸多重臣也因此挂冠而去。而苦受顶牛之苦的明神宗本人，更演出了三十年不上朝的雷人之举。话语权越来越多的大臣们，在皇帝面前，也变得越发的不听话。明朝官员的不听话，主要表现在三个方面，一是批评多，经常性的批评皇帝。二是管的宽，他们批评皇帝的内容，从国家大事到个人私生活，那是无所不包，比如明孝宗朱?樘在位的时候，一次参加经筵，不小心打了个哈欠，结果接着有言官进言，说皇上您打哈欠，这是对经筵的不尊重。

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