在晚明内忧外患日剧、一片扰攘动荡的政治文化景象中，清议也扮演了空前绝后的重要角色，而掀起明末清议高潮的则是东林党。黄宗羲《明儒学案》说：“天下君子以清议归于东林，庙堂亦有畏忌。”一时之间，大到国家大事，小到官员喜好，皆难逃士林清议。清议成为一种左右官员升迁甚至影响其身家性命的无形力量，因一言之评而出将入相或丢官罢职的事情时有发生。检读明史列传，因“得罪清议”、“为清议不齿”、“为清议所弃”等缘由贬谪或丢官者达数十位之多；“不顾清议”、“清议不畏”也成为攻击政敌的常用辞令。有时候，清议具有令人敬畏的威慑力，可以作为恫吓宵小之徒的有效武器，如成化间，司礼太监黄赐母亲死了，“廷臣皆往吊，翰林不往。侍讲徐琼谋于众，编修陈音大怒曰：‘天子侍从臣，相率拜内竖之室，若清议何！’”徐琼顿时愧沮，不敢再提此事（《明史》卷184）。清议威力之大常常让官员宁可丢掉乌纱帽，也不愿意受到不利于己的评价，如陈新甲曾因大凌新城失守，坐削籍。巡抚方一藻爱惜其才，请旨留任不成。后来监视太监马云程为他说话，获得通过，而陈新甲却婉言谢绝：“臣蒙使过之恩，由监视疏下，此心未白，清议随之，不敢受。”（《明史》卷257）
顾炎武对清议的作用评价很高，他说：“天下风俗最坏之地清议尚存，犹足以维持一二，至于清议亡，而干戈至矣。”（《日知录·清议》）晚明清议主要通过议论朝政得失与朝臣品性，对朝廷政事发挥一定的监督和影响，而士大夫又通过这种舆论工具与宦官集团作斗争，应该说，这是有积极作用的。
但明代士大夫还有一种风习，即争意气而不争是非。明季君臣尤喜意气用事，君臣之间一再意气相争。如大礼议期间，阁臣多次封还皇帝的谕旨，双方互不相让；万历皇帝则因为立储一事与大臣反复较量，最终不得不屈服于众意，但失意后的皇帝竟然置江山社稷于不顾，深居后宫不问国事，创下皇帝不上朝的纪录；自称“非亡国之君”的崇祯皇帝也没有摆脱意气用事的风习。不仅君臣之间争意气，臣僚之间也互相以意气用事。景帝时，甚至有廷臣群殴，当场捶杀政敌。明末，群臣以声气相交接，排斥异己，党争不休，史称“士大夫峻门户而重意气”（《明史》卷230）。
当清议风气与这种意气之争结合到一起时，清议往往沦为党争的工具，对晚明政局产生诸多消极影响。正如首辅叶向高所云：“今日世道，得清议之力，亦受清议之苦。”尽管东林党以正人君子自居，但就连最敬佩东林人士的黄宗羲也承认，“东林中亦多败类，及攻东林者，亦间有清操之人。”他们过分严于君子小人之辨，以自我为中心，只要有人与自己意见相左，即视为小人，“方东林势盛，罗天下清流，士有落然自异者，诟谇随之矣。”在这种情况下，即便是想不?浑水、保持中立都难以做到，“中立者类不免蒙小人之玷。核人品者，乃专以与东林厚薄为轻重”（《明史》卷256）。这显然是扩大了打击面，把一些原本可以团结的力量推到对立方。比如阮大钺本非大奸大恶之辈，然“清流诸君子持之过急，绝之过严，使之流芳路塞，遗臭心甘”。他后来在南明弘光朝得势，大肆迫害复社文人，实由强烈的报复心所致（顾彩：《〈桃花扇〉序》）。
由于“居官有所执争，则清议寓然归之”(《明史》卷254)，因而在晚明愈演愈烈的清议风气中，也不乏一些沽名钓誉之徒出于逢迎清议动机而大胆投机的。如黄正宾，“以赀为舍人，直武英殿。耻由赀入官，思树奇节”，遂抗疏力诋首辅申时行，虽然遭到“下狱拷讯，斥为民”的惩罚，但“至是遂见推清议。后李三才、顾宪成咸与游，益有声士大夫间”（《明史》卷233）。这种风气的蔓延还直接影响到朝廷政令和朝廷决策，经常是一个建议或措施尚未出台，立即招致众多清流之士的评品议论，他们引经据典、海阔天空地大加反对，使得不少救国良策泡汤；廷议国事不以大局为重，对方说是，我必说非，互相扯皮，争论不休，“上与下异心，朝与野异议”，使朝政难于达成一致。史称：“比者不容于清议，而争则名高。故其时端揆之地，遂为抨击之丛，而国是淆矣。”（《明史》卷230）
晚明清议影响之大，在朝廷用人问题上也多有反映。其时，对官员任免甚至是边关将帅的选用，往往不论真才实干，先论人品如何；考量官员功过也不计国计民生，而一味穷究他们的只言片语：“今之国语乡评，皆绳人以细行，细行一亏，若不可容于清议，至于大节都脱略废坠，浑不说起。”（吕坤：《呻吟语》）
所谓众口铄金，积毁销骨，在晚明政治中，不少人就是因为无意中触动这张清议大网，最后稀里糊涂丢了乌纱帽甚至身家性命，熊廷弼、孙承宗、袁崇焕等一批叱咤沙场的名将都未能逃脱这张巨网。袁崇焕督师临上前线时，不担忧明军装备、不怕军需给养，最担心的就是那些文人的议论。在奏疏中，他反复表白这种担心：“以臣之力制全辽有余，调众口不足，一出国门，便成万里。忌能妒功，夫岂无人。即不以权力掣臣肘，亦能以意见乱臣谋。”袁崇焕之死，固有多重原因，但当时的党争和清议风气无疑起了推波助澜作用，以致于他落得被京城百姓视为内奸、必欲生吞活剥而后快的悲惨下场。
“清议酷于律令，清议之人酷于治狱之吏。律令所冤，赖清议以明之，虽死犹生也；清议所冤，万古无反案矣。”（吕坤：《呻吟语》）在那个社会动荡、经济混乱、烽烟四起，亡国之祸迫在眉睫，救亡图存刻不容缓的时代，“东林之持论高，而于筹敌制寇卒无实着。”更有一批褊狭、迂腐的所谓清议君子以舌为枪、唇为剑，在政争中党同伐异，混淆是非，而明朝江山也在这喋喋不休、重意气而轻是非的清议声中走到尽头。
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