如果说培根的新工具所论述的观点已显得平淡无奇，那其实是因为他说的理论已如此的深入人心，几乎成了一般常识。但是在培根说出他的新理论时，他面对的是形而上学和神学统治的思想和学术界，以致于培根还一再重申，他之所以“标新立异”，不是觉得自己智力优于古人，而只是指出了一条新的路，所以，他申明自己不是智者，只是一个向导。

　　培根倡导重视科学实验，在实验的基础上归纳原理，在原理指导下进行更高更深入的实验，得出更普遍更一般更准确的原理，这基本上是从事学术研究的一般原则，相信很多人已非常熟悉，不过对于培根所处时代的学术界奉行的形而上学和神学原则，可能很多人并不了解。

　　在亚里士多德的形而上学体系中，学术研究的方法正好与培根所提倡的原则相反，他们只是对客观事实粗略一瞥，就开始建立理论体系，所以这个理论体系不免带有很多主观臆断，然后又用这个自洽但主观的理论体系矫揉造作地去解释客观事实。这样造成的后果有二：一是因为理论体系没有建立在客观事实基础上，导致理论是矫揉的、错误的、主观臆断的;二是，对于不符合理论体系的客观事实，则用歪曲事实的方法去适应理论体系，这就压抑了进行科学研究的动力。亚里士多德在物理学、生物学等领域规定了很多形而上学的、错误的原则，诸如重的物体下落快，或者强壮的父亲会生下男孩等，这些原则并非建立在客观的实验上，而大多数是主观臆断，在亚里士多德的形而上学体系中，因为出于主观臆断，所以科学理论反而容易形成完备的自洽的体系，导致人们认为似乎已经掌握了终极的真理。

　　不过培根也指出了出现这种思想倾向的根源，从客观上讲，鉴于当时的研究手段的落后，人们不可能非常清楚的研究客观事实，只能凭主观臆断进行解释，所以势必造成形而上学。但更可贵的是培根也指出了主观方面的原因，培根认为“人类理解力依其本性倾向于作些抽象而赋予流逝的事物以一种本体和实在”，在没有完善的对客观具体进行研究的基础上，抽象将不可避免的导致主观臆断。

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