尔后，潜艇经历了搁浅、土人围攻等危险，安然驶向印度洋。这时发生了一件离奇的事。尼摩船长从海面上望见了什么，突然充满了愤怒和仇恨。他粗暴地把阿龙纳斯及其同伴们禁闭在小房间里，并强迫他们人睡。翌日，阿龙纳斯醒来，尼摩船长请他治疗一个身受重伤的船员。船员不治身死。尼摩船长哀痛地带着送葬队伍，把死者埋在海底光彩夺目、瑰丽无比的珊瑚树林里。他说：在这里，珊瑚虫会把死者永远封闭起来，不受鲨鱼和人的欺负！
印度半岛南端的锡兰岛在面前了。阿龙纳斯接受尼摩船长的建议，步行到海底采珠场。忽然，有条巨鲨向采珠人扑来。尼摩船长手拿短刀，挺身跟鲨鱼搏斗。在尼摩船长被鲨鱼的巨大躯体所压倒，危在旦夕对，尼德?兰迅速投出利叉，击中鲨鱼的心脏。船长救起那个穷苦的采珠人，又从自己口袋里取出一包珍珠送给他。由此，阿龙纳斯感到在尼摩身上有两点值得注意：一是他无比勇敢，二是他对人类的牺牲精神。看来，这个古怪的人还没有完全斩断他爱人类的感情。
从红海到地中海，若走好望角，需绕行非洲一周。但尼摩船长沿着他所发现的一条阿拉伯海底通道潜行，不到二十分钟，就通过苏伊土地峡，到达地中海。书中写道：
诺第留斯在沿着又黑又深海底地道直冲过去。随着地道的斜坡，潜艇像箭一般随急流而下。地道两边狭窄的高墙上，只见飞奔的速度在电光下所画出的辉煌纹路，笔直成条。令我们心跳不止。
潜艇向康地岛驶去。这时，又发生了一件蹊跷事：随着凌晨潜艇窗前一个潜水人的出现，尼摩船长从橱内取出数百万黄金，写上地址，派人用小艇送走。这么多金子送到哪里呢？阿龙纳斯觉得，神秘的尼摩与陆地仍有某种联系。
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