新疆大学重点专业国家品牌专业9个：数学与应用数学、化学工程与工艺、机械设计制造及其自动化、电气工程及其自动化、自动化、土木工程、纺织工程、汉语国际教育、资源勘查工程。
省部重点专业1个：中国少数民族语言文学。
新疆大学特色专业少数民族语言文学
少数民族语言文学专业培养具备有关少数民族语言文学全面系统知识，能在少数民族教育文化部门及相关单位从事有关少数民族语、文字、文学、文献的教学、研究、编辑、翻译、新闻、文学创作等方面工作的少数民族语言文学高级专门人才。
应用数学
应用数学是将数学的理论和方法应用于自然科学、社会科学、工程技术和经济科学的各个领域而产生的一门应用性很强的学科。近年来由于其在金融学、计算机科学、信息科学及生命科学中的广泛应用而愈来愈受到人们的广泛关注。同时，应用数学与这些学科的交叉与渗透也日见增多。综观近年来的重大研究成果，多数是综合运用多学科分支的知识和工具而获得的。可以说，应用数学在其它各门学科中的支撑作用会愈来愈显著，同时，对我国的工程技术、金融产业、信息产业和生物技术的发展将起到至关重要的作用。
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