, 达尔文进化论的批评家经常指出，进化论缺乏化石证据。尽管化石在达尔文进化论发展过程中起到了重要的作用，但关键环节化石证据的缺失也曾令达尔文倍感头疼。在随同“小猎犬”号环球航行过程中，达尔文也曾经在南美搜集了许多奇怪的哺乳动物化石，并思考物种在进化过程中的变化情况。

　　达尔文的同事和支持者们在纷纷寻找关于古代生命在进化过程中变化的证据，反对者们同时也在论证进化论的正确与否。以下就是能够证明达尔文的由自然选择产生的生命树观点的标准化石物种，这些奇怪的化石物种曾经让科学家们迷惑不解，不过最终也让他们对生命的进化历史有了更清晰地了解。

　　1. 始祖鸟

始祖鸟

　　从表面上看，始祖鸟似乎刚好在恰当的时刻出现从而证实了物种逐步进化的观点。这种远古动物被一些人认为是可以用来证明进化是一个经历了相当长时期的细微变化过程。很明显，始祖鸟是一种半爬行半鸟类的动物，它似乎恰好是达尔文所期望的那种证据。然而，达尔文在评估这种动物时仍然显得较为谨慎，他并没有把始祖鸟作为自己理论的直接证据，而只是将这种动物作为一个实例。

　　英国著名生物学家托马斯-赫胥黎是达尔文进化论的一位坚定追随者。赫胥黎也对这一化石持谨慎态度，虽然赫胥黎也明显赞成如下假设：这种鸟是由较小的、恐龙状动物进化而来。尽管达尔文和赫胥黎心存疑虑，但始祖鸟仍然被广泛承认为最早的鸟类，并在关于鸟类起源的猜想中发挥了重要作用。

　　2. 二齿兽

二齿兽

　　19世纪30年代，一位名叫安德鲁-吉德斯-拜恩的苏格兰年轻人开始在非洲的岩石中寻找化石证据。他最初发现了一些动物的头骨，这些动物似乎并不符合分类学的一些标准，尤其是一种“两齿”动物在两条巨大的尖牙之间还长有一个与海龟类似的那种喙。1844年，拜恩将这种动物的头骨带到了英格兰。著名的解剖学家理查德-欧文将这种动物定性为类似哺乳动物的异常爬行动物，并将其命名为“二齿兽”。随后，又有许多人将发现的怪异化石送到了欧文那里，欧文因此收集了大量的爬行动物的化石，这些动物似乎打破了向哺乳动物进化过程中的种类界线。

　　随着越来越古老的类似哺乳类动物的发现，如在美国西南部发现的有帆状背的异齿龙和基龙，它们最终被认为是哺乳动物与爬行类祖先之间的过度类型。然而，这些动物并不是真正意义上的“类哺乳动物的爬行动物”。如异齿龙肯定像爬行动物，但它们已经从所有爬行类动物的最后共同祖先那里分离出来，而且比任何爬行动物更接近早期的哺乳动物。

　　3. 龙王鲸

龙王鲸

　　龙王鲸化石的发现比达尔文的《物种起源》一书发表时间还要早25年。关于鲸类的起源，科学家们一直争论不休，龙王鲸已经成为了鲸类起源争论的焦点。最初，科学家们把它看作是一种真正的鲸。1834年，美国博物学家理查德-哈尔兰对出土于阿拉巴马州种植园中的一组骨骼化石碎片进行了定性。它们很像是蛇颈龙和鱼龙的骨骼，因此哈尔兰将它看作是最大型的海洋爬行动物。

　　几年后，理查德-欧文对哈尔兰的化石和新标本进行了全面的检测，最终证实这种动物确实是一种鲸。它与此前已知的任何鲸类都不相同，尤其是它还长有一组可怕的尖利牙齿。根据这一事实，赫胥黎认为，鲸类是由陆生食肉类动物进化而来。不过，龙王鲸已经是完全水生，很难提供这一演化过程的任何线索。直到20世纪80年代，古生物学家在印度和巴基斯坦境内4000万年前的岩石中发现最古老鲸类骨骼后，鲸类起源之谜才得以揭晓。这些鲸类并不是海洋哺乳动物，而是行走于陆地上的两栖动物。随着越来越多化石的发现，鲸类起源已由最大的进化谜团变成大规模进化过程的最佳例证。龙王鲸就是其中最早期的完全水生形态之一，大约生活于4000万年到3400万年前之间，其生活的远古海洋大约位于如今的埃及、巴基斯坦和美国南部的山区。

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