元朝时期，蒙古统治者变本加厉向汉人收取各种名目繁杂的赋税，民族压迫十分严重，汉人被掠夺更为常见。将各民族分为不同等级，残酷剥削汉族群众，人民揭竿而起，在泰定二年（1325）就发生了河南赵丑厮、郭菩萨领导的起义。
蒙古统治阶级内部却在为争权夺利而互相征战，因此加速了帝国的衰落。至正十年（1350），元政府下令变更钞法，铸造“至正通宝”钱，并大量发行新“中统元宝交钞”，但导致物价迅速上涨。次年（1351），元惠宗派贾鲁治黄河，欲归故道，动用民夫十五万，士兵二万。而官吏乘机敲诈勒索，造成不满。白莲教首领韩山童、刘福通等人决定在5月率教众发动起事，但事泄，韩山童被捕杀，于是刘福通带韩山童之子韩林儿杀出重围，指韩山童为宋徽宗八世孙，打出“复宋”旗号，以红巾为标志，其后郭子兴等人也纷纷加入。彭和尚亦在湖北扶助徐寿辉起义。至此揭开了大元灭亡的序幕。
蒙古政府则派兵镇压各地红巾军，由丞相脱脱亲自督战攻徐州起义军芝麻李部，一度取得了很大的胜利。至正十四年（1354年），脱脱率军围攻高邮起义军张士诚部，被朝中弹劾，功亏一篑。至正十六年（1356）到至正十九年（1359），朱元璋继承了病逝的郭子兴的地位，并不断扩充自己的势力，攻占了江南的半壁江山。与此同时，在北方察罕帖木儿（李察罕）和李思齐等元军将领则开始对北方红巾军展开反攻。至正二十三年（1363），北方红巾军在安丰之役中败给新兴并降蒙的张士诚，刘福通战死，韩林儿南下投奔朱元璋，随后被杀。
走向灭亡
朱元璋在击败陈友谅、张士诚、方国珍等其它南方起义军和南方大元势力后，于至正二十七年（1367）开始北伐，在大将徐达、常遇春等的协助下，于至正二十八年（1368）八月攻克通州，元惠宗于七月二十八日，仓惶北逃，徐达率军攻陷元朝的首都元大都（今北京），元作为一个全国性质的统治结束。图干铁木尔北遁，朱元璋认为他顺天明命，给他上谥号为“顺帝”。
元顺帝北逃到至上都，后逃到应昌，并多次组织反抗，失败后在应昌去世。在明军的继续追击下，元廷逃离中原，最终来到漠北，与明军对峙。
明太祖第六次北征的结果影响巨大，乌萨哈汗脱古思帖木儿逃走后被其部将也速迭尔（阿里不哥后裔）缢杀。从此以后，自忽必烈传下来的成吉思汗的嫡系黄金家族对元政权的控制开始崩溃，大多数蒙古部落宣布自立。
洪武三十一年（1399），分布在叶尼塞河上游沿岸的吉尔吉斯部首领鬼力赤，否认脱古思帖木儿之子额勒伯克的宗主权，将其打败并杀死，取得了统治各部的霸权。额勒伯克之子坤帖木儿继位后也于建文四年（1402）被鬼力赤杀死，改称鞑靼。去国号，元朝正式灭亡。
只能说，元的确是因元而灭亡。单单凭借着军事优势而欲支配诸国人民之元，在丧失其优越条件之后，立刻就被逐出了占领地。就连在忽必烈汗的领导之下所建造的大都亦无法守住，被逼回原本故乡所在之北方草原。从此以后，大蒙古帝国再也不曾复活。诸国之人民亦不愿此事发生。
北元时期
1368年元廷退回蒙古草原，元惠宗退至上都，隔年又至应昌。他继续使用“大元”国号，史称北元。当时北方除了元惠宗据有漠南漠北，关中还有元将扩廓帖木儿(王保保)驻守甘肃定西，此外元廷还领有东北地区与云南地区。明太祖为了占领北方，采取兵分二路，各个击破的方式，此即第一次北伐。元惠宗战败后于1370年在应昌去世，元昭宗即位后北逃至漠北和林。明将冯胜夺取了甘肃地区。然而元将扩廓帖木儿仍然在漠北多次与明将徐达等人作战。明太祖曾多次写信招降，但扩廓帖木儿从不理会，被朱元璋称为“当世奇男子”。1378年四月，元昭宗去世，继位的元天元帝继续和明朝对抗，屡次侵犯明境。
至于北元领有的东北地区与云南地区方面：1371年，元朝辽阳行省平章刘益降明，明朝占领辽宁南部。然而其余东北地区仍由元朝太尉纳哈出控制，纳哈出屯兵二十万于金山（今辽宁省昌图金山堡以北辽河南岸一带），与明军对峙了十几年，多次拒绝明朝的招抚。1387年冯胜、傅友德、蓝玉等人发动第五次北伐，目标是攻占纳哈出的金山。经过多次战争，1387年10月，纳哈出投降蓝玉，明朝占领东北地区。镇守云南的元朝梁王把匝剌瓦尔密，在元廷退回草原后仍然继续忠效之。1371年明太祖派汤和等人领兵平定据有四川的明玉珍，并且劝降梁王未果。1381年12月，明军攻入云南，1382年梁王逃离昆明并自杀，随后明军攻克大理，明军平定云南地区。
明太祖为了彻底扫除北元势力，于1388年5月命蓝玉率领明军十五万发动第六次北伐。明军横跨戈壁至捕鱼儿海（今蒙古国贝尔湖）击溃元军，俘虏八万余人，元天元帝和他的长子天保奴逃走，但是幼子地保奴被明军擒住，至此北元国势大衰。1388年元天元帝及长子天保奴被阿里不哥后裔也速迭尔杀害，北元不再使用年号。1402年鬼力赤杀元帝坤帖木儿后后改国号为鞑靼，北元亡。
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