窝阔台继汗位四年后，拖雷就死了，死因说法不一。有说饮酒过度，有说得了急病，另有一种比较可靠的说法是，他喝了愿替窝阔台去死的咒水。3年窝阔台亲率大军攻金，拖雷指挥右路军取得了重大胜利。部队回师时窝阔台得了重病，拖雷侍兄于榻前。蒙古人深信巫术，找来巫师念咒文。巫师说，把窝阔台的病涤除在木杯之中，病就能除去。如果有人把这杯水喝下去，就能代替太宗去死。此时，拖雷为了爱护兄长，便端起杯子喊道：“洪福的父亲内定了我兄弟做皇帝，如今如果失去了皇帝哥哥，这么多的百姓谁来管理?这会使金人很开心的。上天啊，饶了我的哥哥吧，让我喝了这杯水去替他见你吧!”说罢，将咒水一饮而尽。窝阔台病好了，拖雷告辞启程，几天后就死去了。许多人认为很明显在这杯咒水中窝阔台是做了手脚的，毒死了拖雷。因为拖雷很有军事才能，他的存在就是对自己的威胁，而且这样做也可以把汗位保持在自己一系之下。

　　窝阔台因饮酒过度，仅在位十三年就死了，不久察合台也亡故。窝阔台死后，由皇后脱列哥那哈敦监国。这位颇有权术的皇后目光短浅，心胸狭隘，斥贤崇奸，弄得内外离心。1246年秋天，她召集诸王举行忽里勒台大会，让自己的儿子贵由接承了汗位。

　　长辈之间的仇恨，也传到了后代的身上。术赤儿子拔都不肯出席忽里勒台大会，上台后的贵由仇恨万分。1246年贵由即位后，马上发动战争想消灭拔都。贵由患有慢性病，这时借口他的旧营霍真地区气候很适宜他的身体，遂发军前往。当贵由大军接近拔都所在地叶密立时，拔都感到事态严重，坐立不安。拖雷妻原与拔都友善，得知定宗贵由的真实意图，迅速派人通知拔都。拔都遂打出迎接大汗的旗号，发军东进。两军相近，贵由突然死去。什么原因，或说是贵由被拔都害死的，或说是饮酒斗殴而死，至今仍是在个疑案。

　　贵由死后，贵由妻斡兀立海迷失监国，欲立窝阔台之孙失烈门为汗，理由是窝阔台当初曾有遗诏想立失烈门。

　　拖雷妻唆鲁禾帖尼很有才干，四个儿子蒙哥、忽必烈、旭烈兀、阿里木哥个个能征善战。在与拔都连手后，她想立自己的儿子蒙哥为汗。她很有人缘，各方面的关系处理得十分妥当。拔都是这一辈中的兄长，遂召集诸王选新汗。1251年6月，忽里勒台大会召开，贵由子脑忽、忽察和失烈门等人故意迟到。会上拔都、蒙哥等人提出太宗遗诏早就应该遵行，但太宗窝阔台系为什么以前要立定宗贵由?致使海迷失哑口无言。讨论到最后，拔都说：“拥蒙哥登基，胆敢违反者斩。”于是将蒙哥推上了汗位。7月，蒙哥举行了登基大典，这样汗位从窝阔台系转了过来。

　　宪宗蒙哥上台，对窝阔台和察合台的后裔放不下心来，感到威胁随时存在。不久有人告密，说窝阔台和察合台的后代诸王要阴谋武装叛乱。是否真有其事，是个历史之谜，但蒙哥宁愿认为这是真的，于是马上下诏赐死海迷失及失烈门母哈特合赤，谪迁失烈门到没脱赤，杀叛将七十多人，流放想叛乱的诸亲王，巩固了自己的汗位。

　　汗位要紧，兄弟之间就不顾亲情，互相挤压残杀，这无论如何是成吉思汗所不愿看到的，也是他想不到的。