任满后，调任知端州（广东肇庆）。回京任监察御史里行，又改监察御史，为“言事官”，对处事不当，行事不法的官僚，都可以进行弹劾。当时张尧佐被任命为节度使兼宣徽两院使，右司谏张择行、唐介和包拯一齐对此进行辩论，话语十分恳切。又曾建议说：“国家每年用岁币贿赂契丹，这并非防御戎狄的良策，应该训练士卒、选拔将领，致力于充实和巩固边防。”又请求朝廷重视门下省封驳制度，以及废罢和禁铜贪赃枉法的官吏，选拔地方长官，实行对补荫弟子进行考试的制度。当时各路转运使都兼任按察使，往往摘取无关紧要的小节来上奏弹劾官吏，专门以苛刻的考察来相互标榜、自诩高明，使得地方官吏十分不安，包拯于是请求朝廷废罢了按察使之职。
为惩治贪官，自庆历四年（1044）廿八月，他向仁宗上疏《乞不用赃吏》，认为清廉是人们的表率，而天赃则是“民贼”。包拯七次上书弹奏江西转运使王逵，揭露他「心同蛇蝎」，残害百姓。并严厉批评宋廷的任官制度。皇佑二年（1050）至三年间，包拯知谏院，曾三次弹劾外戚张尧佐，审清妖人冷青冒充皇子的特大诈骗案，震动朝野。
包拯出使契丹，契丹让典礼官对包拯说：“雄州城新开了一个便门，是不是想招诱我国叛逆之人以刺探边疆情报呀？”包拯说：“涿州城也曾经开过便门，刺探边境情报何必用开便门的方式呢？”那人于是无言以对。
包拯在历官三司户部判官及三司副使期间，先后出任京东，陕西，河北等路转运使，每至一地，都以减轻民间负担、改革弊政、发展生产为己任，提出了「宽民利国」的经济思想。多次为了国家大事，说了皇帝不爱听的话，论斥权幸大臣，请求罢去皇帝赐给亲信官僚们的恩宠，一切改由主管机构正常渠道进行。他将唐朝魏征给唐太宗的三道奏章写出来，呈给宋仁宗为座右铭，时刻警惕，以国家大事为重。请求仁宗虚心纳谏，分辨是非，不要搞“先入为主”，偏听偏信，而要爱惜人才，除去苛刻，严正刑禁，禁止妖言邪说，不随意大兴土木，如此等等，朝廷多采纳施行。
包拯被任命为龙图阁直学士、河北都转运使。曾建议在边境无事时将军队移到内地，但没有得到答复。现在，包拯请求：“罢除河北的屯兵，将他们分别安置在黄河以南的兖、郓、齐、濮、曹、济各州，即使边境告急，也无需担心来不及调遣。如果说边境的守兵不能一下子减少，那么就请求朝廷训练义勇，减少干粮，每年的花费，比不上屯兵一个月的费用，一州的财赋就很充足了。”没有得到答复。
嘉佑元年（1056）年十二月，朝廷任包拯权知开封府，他于次年三月正式上任，至三年六月离任，前后只有一年有余。但在这短短的时间内，把号称难治的开封府，治理得井井有条。敢于惩治权贵们的不法行为，坚决抑制开封府吏的骄横之势，并能够及时惩办诬赖刁民。
由于包拯在开封府执法严明，铁面无私，敢于碰硬，贵戚宦官也不得不有所收敛，听到包拯的名字就感到害怕。儿童妇孺们都知道包拯之名，亲切称呼他为「包特制」。开封府广泛流传着这样的话「关节不到，有阎罗包老。」用阎罗比喻包拯的铁面无私。
移任瀛州知州，各州用公家的钱进行贸易，每年累计亏损十多万，包拯上奏全部罢除。因为儿子去世，包拯请求在方便的州郡任职，做扬州知州，又移任庐州5升为刑部郎中。因为保荐官员有失而获罪，被降为兵部员外郎、池州知州。
官复原职，移任江宁府知府，朝廷召任权知开封府，升为右司郎中。包拯在朝廷为人刚毅，贵成宦官为之收敛，听说过包拯的人都很怕他。人们把包拯笑比黄河水清了，儿童妇女也知道他的大名，喊他为“包待制”。京城称他说：“关节不到，有阎王爷包老。”以前的制度规定，凡是告状不得直接到官署庭下。包拯打开官府正门，使告状的人能够直接到他面前陈述是非曲直，使胥吏不敢欺骗长官。朝中官员和势家望族私筑园林楼榭，侵占了惠民河，因而使河道堵塞不通，正逢京城发大水，包拯于是将那些园林楼谢全部毁掉。有人拿着地券虚报自己的田地数，包拯都严格地加以检验，上奏弹劾弄虚作假的人。
宋嘉佑六年（1061），他官至枢密副使，次年五月病逝，“京师吏民，莫不感伤，叹息之声，大街小巷都可听得到。”朝廷赠官吏部上书，有“奏仪”十五卷传于世。
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