忽必烈去世后，元朝逐渐走上了由盛到衰、最终覆亡的道路。这一过程仅仅走了70余年。而自成宗死后到顺帝即位，在短短26年（1307～1333）中，元王朝就相继更换了9任皇帝。尤期是自英宗被弑以后，帝位纷争、自相残杀的局面一幕接着一幕。这种统治集团内部为争夺最高统治权而进行的斗争极大地削弱了元王朝的统治基础和实力，对其统治秩序的恶化和崩溃起到了直接的推波助澜的作用。元朝统治阶级长期以来推行的阶级压迫和民族压迫政策，到元末最终导致了社会矛盾的公开激化，在此基础上爆发的红巾军大起义，敲响了元王朝的丧钟。
忽必烈后期，元军曾入侵周边一些地区，如越南和日本等，其中以入侵日本的战争最为着名，通常认为台风（日本人称之为“神风”）是造成失败的最大原因。
大德十一年（1307年），元成宗加封孔子为“大成至圣文宣王”，并对孔子的家族、弟子等加封了种种称号。
延佑二年（1315年），元仁宗下令恢复科举制度，将儒家学说中的程朱理学定为考试的主要内容。从此程朱理学成为元朝（以及其后的朝代）的官方思想。
至治三年（1323年），元英宗下令编成并颁布元朝正式法典--《大元通制》，共2539条。
至正三年（1343年），元惠宗下令修撰辽史、金史、宋史三史，至1345年修成。
元朝后期，统治者不断向人民收取各种赋税，人民被压迫更为严重。早在泰定二年（1325年）就发生了河南赵丑厮、郭菩萨领导的起义。顺帝至正十一年（1351年）发生的刘福通领导的红巾军起义，揭开了元朝灭亡的序幕。至正十六年（1356年）到至正十九年（1359年），朱元璋不断扩充自己的势力，统一了江南的半壁江山。至正二十七年（1367年）朱元璋开始北伐，在大将徐达、常遇春等的协助下，于1368年八月攻陷元大都，元顺帝北逃，元朝的统治结束。同年，朱元璋在建康（今南京）称帝，建立了明朝。以后，在漠北的元君臣仍沿用大元国号，史称北元。北元于1388年天光帝被阿里不哥后裔也速迭尔袭杀后（一说1402年鬼力赤即位后）去国号。
忽必烈时代，蒙古统治集团越来越清楚地意识到：“夫争国家者，取其土地人民而已。”战争破坏而日益减少。“保守新附城壁，使百姓安业力农”的方针获得部分实施。在中原汉地，元政府也采取一些相应措施来扭转长期战乱所造成的残破局面。元朝社会经济由战时的衰敝状态渐臻恢复乃至一定程度的发展。这种恢复乃至发展，在全国各地区呈现出颇为明显的不平衡性。蒙古统治者仿效金朝在用人方面先女真、次渤海、次契丹、次汉儿的作法，分全国居民为蒙古、色目、汉人、南人四等。迄今所知，元朝政府并没为四等人的划分颁布过专门的法令。但它却反映在有关他们政治、法律地位以及其他权利和义务方面的诸多不平等规定中。儒生在参预国家治理方面失去了宋金时那种优越的地位。再加上元政府在赋税方面优遇儒户的规定经常不得贯彻，他们的社会地位不能不受到很大损害，以至当日戏台上竟有一官二吏、九儒十丐的谑语。元王朝的统治秩序，仍然是在封建的社会关系基础之上建立起来。蒙古、色目贵族通过赐田、战争掠夺以及强占兼并等手段，成为占有大片田地的封建地主。汉人和南人中的官僚、军阀，也依附新朝政治势力扩大自己的封建权益。
但元朝作为一个蒙古族建立的政权，并经过对欧亚广大地区的征服，在思想上是多种文明的杂合体，这导致元朝的统治政策与汉族传统王朝有很大区别：重视商业贸易，注重理财，以及对农本思想的相对偏离。商品经济由此飞跃发展，出现了买办资本和产业资本的雏形，同时纸币成为全国通用货币。因此，整个元朝统治时期出现了“汉法”与“色目法”的统治战略之争。
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