皇太极在参加作战和协助努尔哈赤治理国家的过程中逐渐显露了头角。据文献所载，皇太极早期较大的军事行动，是对乌拉作战。时间是万历四十年，皇太极二十岁。那时努尔哈赤正在统一扈伦四部，已灭哈达、辉发两部，还有乌拉和叶赫部。乌拉首领布占泰被努尔哈赤擒获以后放回去，背弃盟好，掠东海窝集部的呼尔哈部，并公然要娶努尔哈赤已下了聘礼的叶赫“老女”，还以?箭射已嫁他的努尔哈赤侄女，实际这都是阻止和对抗努尔哈赤实现统一。于是努尔哈赤决定发兵征乌拉。皇太极就在这时随军出征。九月二十二日大军起程，二十九日抵乌拉部，与乌拉兵相峙三天。努尔哈赤所部四出焚毁粮草，乌拉兵白天出城对垒，夜里入城固守。皇太极与其兄莽古尔泰急不可耐，想立即过河进攻。努尔哈赤对他们说，“用兵不能像你们想的那样简单，好比砍伐大树，怎么能一下子砍断？必须用斧子一下一下去砍，渐渐折断。相同的大国，势均力敌，要一举将其灭亡，怎么可能办到？应当把它附属的城郭一个一个攻取，一直攻下去。没有阿哈，额真怎么能生存？没有诸申，贝勒怎么能生存？”在努尔哈赤的指挥下，他们毁掉了乌拉的一些城寨，而“伐大树”之说，对皇太极后来与明朝作战产生了深远的影响。第二年，乌拉被灭.在逐步完成统一女真各部的基础上，皇太极帮助他父亲努尔哈赤建立了新的后金国家。努尔哈赤一度想立长子褚英为储，但是褚英背着努尔哈赤做了很多违反其愿望的事，甚至逼迫皇太极等也跟他一起行动。皇太极等向努尔哈赤揭发了褚英的阴谋，万历四十一年努尔哈赤将褚英幽禁，两年后又毅然处死了他。从此皇太极进一步得到了信赖。万历二十九年努尔哈赤始建黄、白、红、蓝四旗，万历四十三年合正黄、正白、正红、正蓝并加镶黄、镶白、镶红、镶蓝，正式完成了军政合一的八旗建制。皇太极被任命为管正白旗的贝勒。万历四十四年(1616)正月初一日，当新年来到的时候，皇太极同诸兄弟们为努尔哈赤举行了庄严而热烈的仪式，上尊号“覆育列国英明汗”，建国称金，也叫大金或后金，年号天命。现辽宁新宾县老城村为当时的都赫图阿拉，迄今还有“尊号台”的遗址，俗称“金銮殿”。从此在东北大地诞生了一个和明朝对立的国家政权。在这个后金国家里，努尔哈赤以父和汗的名义处于权力的顶峰。其次就是他的子侄四人，称和硕贝勒，他们“共议国政，各置官属”。此四人依年齿次序为：大贝勒代善、二贝勒阿敏、三贝勒莽古尔泰、四贝勒皇太极。统称为四大贝勒。他们相当于汉人所说的王，所以有时也称大王、二王、三王、四王。阿敏是努尔哈赤之弟速尔哈赤之子，其余三人均为努尔哈赤之子。在四人中，皇太极排在最后，这并不表示他的地位低。天命六年(1621)二月，努尔哈赤“命四大贝勒按月分直，国中一切机务，俱令直月贝勒掌理”。这说明他们的地位和权力是同等的。
不仅如此，在后金所从事的主要战争活动中，皇太极献智献勇，发挥了重要的作用。天命三年(1618)，努尔哈赤下定决心要对明朝发动进攻，但是具体怎样行动，却议而未决。而在欢庆努尔哈赤六十大寿的宴席上，皇太极献上一计。他提出先打抚顺，“抚顺是我出入之处，必先取之”。并建议利用明朝守城游击李永芳要在四月八日至二十五日大开马市的机会，派遣五十人扮作马商，分成五伙，入城为市，继之由他亲自带领五千士兵夜行至城下，里应外合，两面夹攻。努尔哈赤欣然接受他的建议。四月十三日以“七大恨”誓师征明，结果大获胜利.抚顺之战是后金与明朝的第一次大战，对后金以后的发展影响深远，皇太极的献计献策及亲临战阵，对后金的胜利有决定性的作用。抚顺兵败城陷的消息传到明都，“举朝震骇”，多年不理朝政的明神宗惊呼：“辽左覆军陨将，建州势焰益张，边事十分危急”。为了置后金于死地，明朝于万历四十六年(1619)联合女真叶赫部及朝鲜，发动了著名的萨尔浒之战。明朝倾全国之力，集中将士近十万人，分四路向后金都城赫图阿拉进攻，企图围而歼之。这对后金是个严峻考验，生死存亡，在此一举。努尔哈赤针对明军分进合击的进攻战略，采取了集中优势兵力各个击破的反攻战略，提出：“凭尔几路来，我只一路去！”尽管明朝进攻的军队在南方首先暴露出来了，而后金的努尔哈赤、代善等还是判断明朝的西路军是主力，即从抚顺来的杜松军。所以代善、达尔汉辖领兵先行开往抚顺。大军过扎喀关(三道关)，欲按兵等待努尔哈赤，皇太极提出不可等待，要加快步伐，以防止明军攻击后金筑城的民夫。行至太兰冈，代善、达尔汉辖又欲将军队隐蔽起来，皇太极也不同意，说应当耀武扬威，对敌布阵，民夫看到这种情形，也会奋勇参战。后金的头号功臣额亦都非常赞成皇太极的主张。按着皇太极的意见，后金军进至萨尔浒(今辽宁抚顺大伙房水库东侧)，与明军大战，在筑城民夫配合下，歼杜松于铁背山，首战告捷。继而北向迎击开原总兵马林一路明军，途中皇太极又打败了杜松军的后营游击龚念遂、李希泌。在西、北两路已胜，准备转战东路时，皇太极紧跟代善、阿敏、莽古尔泰之后，赶赴前线。他和代善在阿布达里冈(今辽宁新宾县榆树乡嘎巴寨村南十里)与明军相遇，互相配合，大败明军，明总兵官刘?力战而死。另一路明军在李如柏率领下，未及交锋，狼狈逃回。萨尔浒之战是后金与明朝的第一次大决战，皇太极为赢得此战的胜利立下了汗马功劳。满族是在明代各部女真统一的基础上形成的一个新的民族共同体。皇太极对满族的形成，有特殊的贡献。萨尔浒之战前，叶赫部依靠明朝的支持，一直抵制努尔哈赤的统一。经此一战，叶赫和明朝的联军被打败，它存在的基础动摇了。接着后金又下开原、铁岭，叶赫更加孤立。但是叶赫首领金台石(锦台什)、布扬古(布羊古)拒不投降。天命四年八月，努尔哈赤进攻叶赫，金台石、布扬古分别占据东西二城顽强抵抗。金台石在东城已被攻破而走投无路的时刻，请求见皇太极，说见他以后可以投降。皇太极是他的外甥，特意从进攻西城的战场上来到东城。见面之后，皇太极百般劝金台石投降，然他个人顽固到底，纵火自焚。从此叶赫部被统一。这标志着一个新兴的满族已登上历史舞台。史载：“满洲国自东海至辽边，北自蒙古嫩江，南至朝鲜鸭绿江，同一音语者，俱征服。是年诸部始合为一。”
努尔哈赤一生事业的顶峰是率兵进占辽沈，在辽沈大地建立起稳固的统治。皇太极积极帮助他父亲实现这一大业。进占辽沈之前，代善、皇太极和努尔哈赤本人都多次领兵至这一地区骚扰。但皇太极却是他们当中较早认识辽沈之重要及主张将其占领的一个人物。天命五年六月的一天，皇太极领铁甲八千骑突袭沈阳北境，掠走一千余人。过去“遇唐人辄尽屠，今则一切不杀”，以争取民心。八月，皇太极等随努尔哈赤领兵攻掠懿路、蒲河(沈阳城东北)。明军出城反击，皇太极率精锐轻骑追杀，一直想杀入沈阳城内，被代善劝止了。第二年，二月十一日，皇太极又随父统八路大军，攻掠奉集堡(今沈阳城南家屯区奉集堡)。皇太极麾下精兵进至黄山，并追击明将朱万良至武靖营(今沈阳市西南苏家屯区大武靖营)。天命六年努尔哈赤发动了辽沈大战。皇太极是这次大战的策划者之一和冲锋陷阵的前线指挥官。三月初十日，后金倾国出兵，十二日兵临沈阳城下，明总兵贺世贤出城抵御被战败，十三日后金占领沈阳。明援辽总兵童仲揆、陈策及周敦吉等继与后金兵大战浑河。皇太极奋勇参战。后金的将领雅松遥望明兵，胆怯而退，皇太极却毫无畏俱冲上去，打败明军，并追杀至白塔铺(今沈阳市南郊)。然后与明奉集堡守将李秉诚、朱万良、姜粥接战。皇太极以百余骑击败明朝三总兵。第二天，努尔哈赤斥责雅松说：“我的儿子皇太极，父兄依赖如眸子，因你之败，不得不杀入敌营，万一遭到不幸，你的罪何止千刀万剐！”怒斥之后，将其削职。攻下沈阳城后，后金兵进城住了五天，三月十九日，努尔哈赤又统大军攻向辽阳。明朝在辽沈的所有兵将都集中在这个古老的重镇。皇太极率后金右翼四旗兵冲锋在前，在左翼四旗兵配合下，于辽阳城外打败明军，直追至鞍山界方返回。二十一日，经过城外城内的反复激战，后金攻取了辽阳，明朝守城的经略袁应泰自焚，巡按御史张铨被活捉。这位大明的忠臣不肯屈服于后金。李永芳去劝降，被他大骂一顿。皇太极用宋朝徽、钦二宗降金的故事进行说服，他虽然终未低头，但对皇太极却表示相当尊重。从中反映出皇太极不单是后金英勇善战的一员骁将，而且已经是比较成熟的政治家了。后金在辽沈大战的胜利，影响所及至于辽河以东七十余城相继而下，连同以前所得，后金已经把东北的绝大部分地区纳入了它的统治范围。后来皇太极就以辽沈为中心，统一了全东北及蒙古的一部分地区。天命六年后金迁都辽阳，十年定都沈阳。努尔哈赤于天命十一年(1626)八月十一日病逝在?鸡堡(今辽宁沈阳市城南大爱金村)。九月一日，皇太极继父登汗位。这次汗位易人，充满了激烈复杂的斗争。
首先是，努尔哈赤临终前没有明确选出汗位继承人。后金建国前，他曾想让长子褚英接班，后来又有意使次子代善嗣位，均半途而废。天命六年正月十二日，努尔哈赤与代善、皇太极等对天焚香发誓，让子孙互相辅佐，勿开杀戒，二月又令代善、阿敏、莽古尔泰、皇太极四大贝勒，“按月分直”。终未指定继承人。其次是，努尔哈赤诸子欲为汗位继承者不止一、二人，他们早已展开明争暗斗。其中皇太极与代善争夺最烈。萨尔浒大战、辽沈大战，他都与代善争过功。那时朝鲜人估计努尔哈赤死后，代善“必代其父”，而皇太极“潜怀弑兄之计”。此外，还有乌拉纳喇氏所生的多尔衮。努尔哈赤死时，乌拉氏只有三十七岁，她为大妃，年富力强，“有机变”，她很想立其子为汗。努尔哈赤一合上双眼，她就被逼殉夫，理由是“心怀嫉妒”。到了顺治初年，多尔衮还说皇太极的为汗，“原系夺立”，也透露了争权的内幕。第三是，努尔哈赤已经说让代善继嗣之后，又想用皇太极取而代之。努尔哈赤一位从弟叫阿斗，“勇而多智”，努尔哈赤曾询问他：“诸子中谁可以代替我者？”答：“智勇俱全，人皆称道的人就是了！”努尔哈赤立刻明白了，他所指的就是皇太极。这件事很快传了出去，代善知道后深为不安。阿斗又暗中告诉代善，皇太极准备对他下手，代善向努尔哈赤哭诉了事实真相，努尔哈赤追查到了阿斗那里，处罚了他。但是，努尔哈赤死后，皇太极终于登位为汗。与其争夺汗位者，只牺牲了一位乌拉纳喇氏。皇太极能取得这场斗争的胜利，原因在于，一是他本人当时的势力比较强大，有战功，有政治斗争经验，年仅十五岁的多尔衮不能与他相比。二是努尔哈赤死时，后金国家已经是稳定的政权，继他为汗者，必须有治国才能。这一点皇太极最合适。他在努尔哈赤诸将中是“仅识字”的一个，又对努尔哈赤的统治，“多所赞画”。夺取辽沈时，他首先注意收养辽人，表现出远见卓识，所以选汗位继承人时，代善之子岳?萨哈廉最先提出皇太极“才德冠世”，拥护他。三是皇太极的母亲曾受到努尔哈赤的宠爱，他自己处事又比较稳健，不走极端，深得人心，当时就是个“人皆称道的人”。而更重要的因素是，势力最大、最有可能继承汗位的大贝勒代善，十分明智，以巩固后金的大局为重，甘愿让贤，倡议推立皇太极。基于这些原因，皇太极终于继努尔哈赤为汗。<皇太极登汗位的仪式于九月一日举行。届时三大贝勒代善、阿敏、莽古尔泰及众贝勒、文武大臣聚会于朝，由皇太极领他们焚香告天，行九拜礼毕，皇太极即汗位，转过身来，诸贝勒大臣向皇太极行朝贺礼。当年这位后金国汗三十五岁，改第二年为天聪元年。皇太极由此也被称为天聪汗。九月二日，皇太极又率诸贝勒大臣对天地祝誓，祈求皇天土“垂?”，国祚炽昌。皇太极自己发誓，其中说：“今我诸兄弟子侄，以家国人民之重，推我为君，敬绍皇考之业，钦承皇考之心，我若不敬兄长，不爱子弟，不行正道，明知非义之事而故为之，兄弟子侄，徵有过愆，遂削夺皇考所予户口，或贬或诛，天地鉴谴，夺其寿算。”三大贝勒与众贝勒接着发誓，除了表示拥戴皇太极之外，三大贝勒还单独表示要守盟誓、尽忠良。
天聪汗皇太极雄才大略，不满足于守成，决心要开创崭新的局面。他执政后，踌躇满志，从面临的内政出发，采取了一系列有效的措施，取得了明显的成果。第一，“安民”。努尔哈赤晚年，境内的人民反抗如火如荼。皇太极继位后提出：“治国之要，莫先安民”。他知道汉官汉民备受虐待是祸乱之源，因此规定，凡国内汉官汉民即使从前想逃跑的及令“奸细”往来的，事属已往，不再追究，结果“逃者皆止，奸细绝迹”。皇太极非常强调满洲、汉人“均属一体”，审罪、服役，不要有差别。他了解到从前按满官品级分配被掠的汉人为奴，编庄服役，汉人常受欺凌，就改革为每个备御止给壮丁八人，牛二头，其余汉人，分屯别居，编为民户。他还禁止诸贝勒大臣属下私至汉官家勒索财物及进行骚扰。这使汉人得到安定，感到后金统治下的地方是一块“乐土”。第二，“重本”。后金进入辽沈以后，不仅当地汉人从事农业，连满族也把农业作为本业了。皇太极爱惜民力，停止修城筑墙，为的是“专勤南亩，以重本务”。他下令，所有村庄田土，八旗既已稳定，以后就不要变更了。对庄民的财产及所养牛羊鸡猪等，都不准任意妄取。第三，加强集权统治。努尔哈赤时代的后金带有浓厚的民族原始特色。皇太极当汗以后，倾心仿照明朝大搞专制集权。他上台伊始，设了八大臣管理国务，称八固山额真，在旗内总管一切事务，国家有事，与诸贝勒“偕坐共议”，狩猎出师，各领本旗兵行，还负有稽察责任。固山额真的设立，削弱了诸贝勒的权力，却加强了汗权。更有过之者是废除三大贝勒“直月”制度。天命六年(1621)努尔哈赤命四大贝勒“按月分直”，皇太极即汗位，四去其一，其余三大贝勒仍“分月掌理”，这是一种分权制度。天聪三年(1629)完全改为由以下诸贝勒代行直月之事。皇太极的权力便高高在上了。努尔哈赤创建的后金国，直到皇太极为汗的第五年，政府机构还不大完善。为了强化统治，皇太极根据汉官宁完我的建议，仿照明朝的政体，正式设立了六部，并以多尔衮等贝勒分管各部，贝勒以下，每部设满、蒙、汉承政三员，参政八员，启心郎一员。只有工部省设蒙古、汉军参政六员。后来证明，由于六部的设立，“各司其事，事不留行”。天聪六年标志着皇太极集权统治加强的革新措施是，原来国人朝见时，皇太极与三大贝勒俱南面坐受，从本年正月始，由皇太极一人南面独坐。过去诸贝勒率大臣朝见，不论旗分，惟以年齿为序，从此也按旗分，依次朝见了。在对外扩张上，皇太极远远超过了他的前辈。刚刚迎来他即汗位后的天聪第一年，就派大贝勒阿敏、贝勒济尔哈朗、阿济格等统大军征朝鲜，在朝鲜土地上点燃了两国的战火。他提出此战，一征朝鲜，二讨毛文龙，说是“两图之”。朝鲜责问后金无故兴兵，遭到阿敏的反驳，并列了朝鲜不遣使吊努尔哈赤之死等七大罪状。在后金兵的武力进攻之下，朝鲜国王李?弃京城，带着妻子逃到了江华岛，派其弟原昌君与后金讲和，订立了“江都之盟”。后金与朝鲜结为兄弟之国，大掠三日而返。后金从这次胜利中，打破了朝鲜与明朝的同盟关系，缓和了它今后出兵可能出现的后顾之忧，又从纳贡和开市中获得了一定的物资利益。
对皇太极最重要的考验当然是对付明朝。努尔哈赤是在宁远吃了败仗不久死去的,皇太极即位时，明朝正因为宁远的胜利而变得强硬起来。皇太极一上台就曾致函宁远巡抚袁崇焕，表示希望“彼此和好”。袁崇焕绝不示弱，回信提出，既然希望和好，就应说明后金如何从占领的辽东地区退出。实际上双方都没有多大诚意讲和，后金想争取时间用兵朝鲜，明朝则时时不忘恢复一统天下。后金有一名汉人生员岳起鸾，力主与明朝议和，说不议和，人民就会逃亡殆尽，若和好，就应速行放还汉人，或归其绅士。他的奏疏上达以后，皇太极就把他杀了。明朝也并非坐等后金退兵，而是一边要地，一边修筑塔山、大小凌河城及锦州城，加紧备战。天聪元年五月，继征朝鲜之后，皇太极亲率大军征明。这是他当后金汗以来对明朝的首次用兵，也是他施展最大抱负的开始。但是前进路上荆棘丛生，困难重重。这时大明的忠臣袁崇焕正在实施“恢复之计”，即“以辽人守辽土，以辽土养辽人”。他修城屯田，以屯养战，以“守为正著，战为奇著”。他总结交战以来的经验教训，筑起了一道宁防线。皇太极想及早发动进攻，旨在使袁氏的防御体系付诸东流。他在六日起程，十一日兵临锦州城下，一上去就是四面合围.后金兵先打外围，企图迫使锦州城内的明军不战而降。但是平辽总兵赵率教和副将左辅、朱梅等坚守不屈。皇太极下令攻城，整整打了一天，自己伤亡惨重，城却屹立未动。继续又攻十几天，依然无成。后金只得分出部分兵围攻锦州，主力由皇太极率领转攻宁远(今辽宁兴城县城)。守宁远的正是袁崇焕，他命令满桂、尤世禄、祖大寿出城拒战。皇太极督代善、阿敏、莽古尔泰、阿济格等进击。明兵呐喊抵抗。袁崇焕坐镇指挥，放大炮，后金兵一排排倒下，游击觉罗拜山、备御巴希等被射死，贝勒济尔哈朗、萨哈廉、瓦克达俱伤。明将满桂也负重伤，士兵死伤大半。宁远不下，皇太极又返回锦州，再次攻城，时已六月四日。城既不下，又赶上暑天来临，将士中暑很多，皇太极知不可久留，第二天下令退兵，毁大小凌河二城。此战明军防守成功，时称“宁、锦大捷”。宁锦苦战，不胜而归，皇太极遇到了新问题。这个问题就是，辽西不能攻取，便不能进山海关，如果要夺取北京，只有另找出路。但是不管走不走辽西这条路，这条路线却非投入相当兵力不可，否则明朝就要从这里反攻上来。再则，改变进攻路线，又不得不扫清前进路上的障碍。皇太极在总的战略上要与明朝争衡，这是不可改变的。但在辽西受阻，一时不得不另找出路。他决定向蒙古进军，一方面征服尚未统一的蒙古余部，另方面也是寻找从蒙古向明朝进攻的道路。皇太极对蒙古是有所了解的，当时他已参加过与喀尔喀、科尔沁等部的结盟，也曾领兵驰援过科尔沁，还娶了两位蒙古女子为妻。然而蒙古方面的最大劲敌是察哈尔林丹汗。他在对付蒙古问题上要有所进展，必须制服这个劲敌。
天聪二年二月，喀喇沁部落苏布地杜棱古英等致书皇太极，报告“察哈尔根本动摇，可乘此机，秣马肥壮，及草青时，同嫩阿霸垓、喀喇沁、土默特兴师取之”。于是，皇太极首先带领两幼弟多尔衮及多铎统大军征察哈尔所属的多罗特部，进至敖木伦地方，俘获一万一千二百人。因敖木伦大捷，多尔衮被赐号墨尔根戴青，多铎赐号额尔克楚虎尔。八月，与喀喇沁议和，九月调科尔沁、喀喇沁、敖汉、奈曼及喀尔喀诸部兵来会。九月六日，后金大军出征察哈尔。二十日进击席尔哈、席伯图、英、汤等处，俱下。第二天追至兴安岭，获人畜无计其数。十月中旬胜利而归。这次出征，后金既打击了大敌察哈尔，也进一步巩固了对已归服的诸部蒙古的统治。不久，皇太极派阿什达尔汉到这些地方宣敕，以后如征察哈尔，凡管旗诸贝勒年七十以下，十三以上，俱从征，违者罚马驼，不至约会之地者也罚马。皇太极从此改变了进攻明朝的策略和路线。他要大力利用蒙古了，并且绕过山海关，从长城各口入边。天聪三年六月，皇太极明确提出，征伐明朝新的部署是：一、此次行师不能独往，要诸蒙古合师并举；二、为保证供应，必先采木造舟；三、满汉蒙古凡有善谋，各以所见入告，择善而从。大军出发前又遣使谕蒙古诸贝勒率所部兵来会。十月初二日，皇太极亲统大军征明，首次绕过山海关，攻向内地。历史上称此为“入口”之战。十一日后金兵到辽河，沿途蒙古各部纷纷来会。但是征询对察哈尔与明朝先征哪个时，出现了两种分歧意见。皇太极赞成先征明朝，所以继续向明朝边境进军。二十日，抵喀剌沁的青城，皇太极突然遇到来自两大贝勒代善和莽古尔泰的压力，二人至皇太极住处，“密议班师”，举出“劳师远袭”、“粮匮马疲”、“众寡不敌”、“恐无归路”等等为由，但是岳?、济尔哈朗等坚决支持皇太极的行动。最后，皇太极裁定，继续进军。这是皇太极在军政集权上的一次巨大胜利。意见统一以后，以济尔哈朗、岳?统右翼四旗，阿巴泰、阿济格领左翼四旗，迅速攻破大安口、龙井关。皇太极继后攻克洪山口城，入内驻师。明山海关总兵赵率教领兵援遵化，兵败被斩。十一月三日后金兵攻占遵化。皇太极特别表扬了正白旗小卒萨木哈图奋勇先登的英雄行为。入遵化城后，他还大加宴赏功臣，用“膺显荣，获富厚”，激发他们“克勤厥职”。二十日，后金兵又进逼北京城，明大同总兵满桂、宣府总兵侯世禄率兵来援，至德胜门。原来皇太极一直在辽西派一部分兵力以守为攻，不断骚扰，明朝不敢丝毫放松警惕，大兵皆集于宁远，山海关以西很空虚。此时为保卫北京，只得调边兵入援。连袁崇焕、祖大寿也领兵进山海关入援了。
对北京的威胁使皇太极得到的巨大收获就是他的对手袁崇焕被崇祯皇帝清洗了。袁崇焕在辽西的顽强抵御曾使皇太极父子受阻，逼得皇太极绕过山海关的正是袁崇焕。但是这位大明忠臣竟在内外夹攻之下含冤而死。灾祸起于崇祯元年的平台召见。那时袁崇焕被升为兵部尚书兼右副都御史，督师蓟辽兼督登莱天津军务，入都，崇祯于平台召见他，他对皇帝说，“计年，全辽可复”。当时就有人认为他说了空话，要惹祸的。第二年，他又到皮岛亲自斩杀了毛文龙。时毛为辽东总兵，虽有迹象表明他与后金暗中媾和，但袁的行动毕竟有些冒失。在后金兵迅猛向北京进发时，袁崇焕、祖大寿的入援兵都没有狙击，到了广渠门外才重创后金兵。但此时满城都在传袁崇焕引敌协和，将为城下之盟。特别是后金兵攻北京城南时，袁崇焕拥兵不战，独满桂以五千人一日二十战。传说满桂身中五箭，拔出来，皆袁兵字号。崇祯和明朝统治集团中一些人对袁崇焕产生了怀疑。就在这时，皇太极巧施了一个反间计。他从进攻北京作战中捉了明朝两个太监，故意向二人泄露后金撤兵是与袁崇焕有密约。再把这两个太监放回去。他们到了北京，以重大军情奏报崇祯，性多猜疑的崇祯皇帝，认为不能再留着袁崇焕了。这就导致了十二月一日逮捕袁崇焕，祖大寿在旁见此情景，战栗失措，立刻逃回锦州。第二年八月，以酷刑处死袁崇焕。这是一桩历史冤案，袁崇焕对后金的斗争是坚决的，崇祯杀他是中了皇太极的反间计。从此明朝“边事益无人，明亡征决矣”。袁崇焕下狱，辽东兵溃，皇太极所率后金兵继续得以在京师附近攻掠。他们见北京不可下，便西趋良乡，克固安，然后返回，过北京近郊时得到消息，原来攻下的十余城皆叛。天聪四年正月皇太极亲自指挥后金兵攻下永平，迁安不战而降，滦州也降。二月皇太极率军北返，所得永平、迁安、滦州、遵化皆令贝勒大臣率满洲、蒙古八旗驻守。在这四个多月的入口作战中，皇太极对明朝地方官民发布了很多招降的“谕令”，并不断派遣使者要求与明朝政府议和。这里既表现出他对已夺取的土地不肯放弃，也对未得到的地方心向往之。但是大明国直到此时仍有相当势力，其内部也不乏有为之士。后金兵东归不久，明朝兵部尚书、大学士孙承宗就恢复了关内四城。后金派去的守城阿敏，不但弃城逃回，还在弃城之前尽屠城中归降的明朝官民。皇太极甚为愤懑，因数阿敏大罪，将其幽禁。这位二大贝勒至崇德五年(1640)死于幽所。孙承宗乘机加强防御，修大凌河城，兵部尚书梁廷栋主其事，七月兴工，未能完成，皇太极已经发起了有名的大凌河围城战。后金兵按八旗，分列四面八方，各旗还成立了炮兵营。从这年起，后金已能造红衣大将军炮了。城内明朝约有三万军民被围得水泄不通。城内的兵几次突围，均告失败，外来的援军也遭后金截击，退回锦州。此间明朝派监兵张春同总兵吴襄等率四万援军开来，结果张春被活捉，吴襄逃跑，全军被歼。从天聪五年八月初七日起，后金围困了两个月后，城中粮尽援绝，“炊骨析骸”，而皇太极不断发动政治攻势，到十月廿五日，守将祖大寿“力竭计穷”，投降了后金。拒不投降的副将何可纲被斩。原来的三万余人只剩下一万一千六百八十二人，马三十二匹。后金消灭了明在关外的精锐部队。后来，祖大寿借故奔回锦州，而张存仁等数十名明将归金，他们大部分成了这个国家的栋梁。皇太极及诸贝勒皆以得人为庆。
天聪五年以后的五年，皇太极以主要精力为后金的统治建立了更巩固的基础。天聪六年八月廿九日下令八旗固山额真于所属各旗察问民间贫乏疾苦，认真审断罪犯。素以射猎为业的满族统治者这时也提出不准因射猎而私入庄屯，不准擅取柴薪，不准喧哗。天聪七年正月，皇太极告诫各牛录额真：“田畴庐舍，民生攸赖，劝农讲武，国之大经”，要他们关心农家的房屋建筑、耕牛饲养及差派徭役等。在耕种与征战发生矛盾时，宁可服从耕种。这就把安定的农耕生活提到了重要的地位。皇太极本人有很好的文化素养，这时他推行了振兴文教的措施。天聪三年首先提出“以武功戡乱，以文教佐太平”，一改其父努尔哈赤屠杀文人的政策，并于当年进行考试，选取了满、汉、蒙古生员二百人。他已认识到发展文教对治理国家的重要性，说不能认为不读书不会误事。规定从天聪六年起，凡贝勒大臣子弟年十五以下，八岁以上，俱令读书。努尔哈赤时代创造的满文无圈点，上下字雷同，人名地名极易弄错，皇太极命巴克什达海酌加圈点，大大方便了学习，这就是有圈点满文的来历。皇太极还非常重视吸收汉族的先进文化。至天聪六年七月达海逝世时，经他手已翻译成帙的汉籍有《刑部会典》、《素书》、《三略》、《万宝全书》，及正在翻译中的《资治通鉴》、《六韬》、《孟子》、《三国志》等。后来又命达海之子继续学习汉书。天聪九年后金的文馆诸臣翻译了辽金宋元四代史书。作为后金国家的统治者皇太极这时期的又一个成功是以“善养人”扩大了影响。天聪六年正月，管兵部贝勒岳?向皇太极建议改变原来屠戮辽东及关内四城的做法，以对待大凌河之役归降的汉人为榜样，重新树立“善养人”的形象。他主张无论官民都给家室和庄屯，不要使一个人失其所在。天聪七年六月初二日，皇太极在一次讲话中谕令将士对新附之众，“一切勿得侵扰”在皇太极这种政策影响下，明将孔有德、耿仲明、尚可喜等纷纷归降了后金。孔、耿皆辽东人，在明为登州参将，因内部矛盾，发动兵变，占领登州。明朝发兵来攻，他们难以自存，航海归金。天聪七年六月三日，皇太极率诸贝勒出迎至浑河，行抱见礼，以示优隆。这是后金发展史上的大奇迹，孔、耿不仅带了一万二千多精壮官兵及红夷大炮等，而且促使明朝的辽东海防很快崩溃了。之后不到四个月，明镇守广鹿岛的副将尚可喜就步了孔、耿后尘，皇太极称赞他“识时势之向背”，“残破海防，实为我功”。皇太极重新任命孔有德为都元帅，耿仲明、尚可喜都为总兵官，让他们继续带兵，与和硕贝勒并列。原来后金的军队是清一色的满洲八旗，天聪五年佟养性被命为总兵官，管理汉兵，攻大凌河时这支被称为旧汉兵的军队用红衣炮多所立功，到天聪七年马光远统领汉兵时，实际形成了一个汉军旗，满语叫乌真超哈。孔、耿、尚所领兵也是汉军。在此之前，蒙古旗兵也已形成。天聪八年三月十三日皇太极在沈阳城郊阅兵，参加的有满洲八旗、蒙古二旗、旧汉兵一旗，共十一旗。和以前有很大不同的是这时的军队已从私人武装变为国家的军队了。
这几年利用军事力量进行扩张始终是皇太极的一项重要活动。天聪七年六月十九日，他派满汉兵万余人分左右翼攻旅顺，七月十四日奏捷，东北的南大门旅顺口要塞落到了后金手里，同时俘获大批人畜财物。天聪八年十二月，皇太极命副都统霸奇兰、参领萨木什哈领二千五百兵士征讨黑龙江未服之地。第二年故土传来佳音，他们收服了虎尔哈壮丁及老少男女共七千三百余人。同时期，吴巴海出征瓦尔喀也屡战屡胜。皇太极把他在东北的版图扩大到南自旅顺口，北抵乌苏里江以东并黑龙江中游地区。当然重要的仍然是对明作战，这不但关系到明朝自身的存亡，还旁及蒙古与朝鲜的态度。天聪七年六月，皇太极问诸贝勒大臣：“征明国及朝鲜、察哈尔三者，用兵何先？”发言者济尔哈朗等共十五人都主张先攻明朝。而实际上是先攻了察哈尔。在此前一年，皇太极亲自领兵征察哈尔，四月出发，追击林丹汗，过黄河，后金军粮尽，射黄羊充饥，无水，以一羊易杯水而饮，只得半途而返。天聪八年再次征察哈尔，始知林丹汗已病死于青海打草滩，众无所归。第二年派多尔衮、岳?等往收其子额尔克孔果尔额哲及其部众。多尔衮意外地获得了元朝的传国玺。这一胜利标志着漠南蒙古全部归于后金统一。皇太极就在天聪八年、九年利用征服察哈尔之机，转攻了明朝，但主要在大同、宣府附近徘徊，还没有从根本上动摇明朝的统治。在皇太极一生的经历中，最大的转折是从后金汗到大清帝。他是第一位当大清皇帝的人，这是他个人权势的升华，也是他父亲努尔哈赤创建后金国以来的划时代的飞跃，同时也是满族社会进步的一个标志。皇太极即汗位以来就倾心于学习中国历代专制主义的封建统治，不断地加强集权。他废除了三大贝勒按月分直的制度，削弱了诸贝勒的特权，使汗任命的官吏发挥更大的作用。在所有的人都不能和他争衡的情况下，他登上了皇帝的宝座。时间是天聪十年(1636)四月。先是诸贝勒大臣以远人归服、国势日隆为理由，请求为皇太极上尊号，未允。后来萨哈廉让诸贝勒检讨过去，表示今后忠诚效力，皇太极答应可以考虑了。然后皇太极又以“早正尊号”征询汉官儒臣的意见，鲍承先、宁完我、范文程、罗绣锦等都表示赞成。萨哈廉又召集诸贝勒各书誓词，向皇太极效忠。“外藩”诸贝勒闻讯也请求上尊号，皇太极同意了。上尊号的准备活动至天聪十年三月末大体就绪。四月五日，满洲诸贝勒、固山额真，蒙古八固山额真，六部大臣，孔、耿、尚，外藩蒙古贝勒及满蒙汉文武官员齐集。多尔衮捧满字表、巴达礼捧蒙字表、孔有德捧汉字表各一道，率诸贝勒大臣文武各官赴宫门跪下，皇太极在内楼，御前侍卫传达，皇太极命满、蒙、汉三儒臣捧表入，诸贝勒大臣行三跪九叩头礼，左右列班候旨。三儒臣捧表至御前跪读，表中盛赞皇太极的文治武功，上合天意，下顺民情，请上尊号，一切仪物，俱已完备，只待赐允。皇太极听后同意，并发誓倍加乾惕，忧国勤政。消息由儒臣传出，众皆踊跃欢欣，叩头而出。第二天决定选择吉日四月十一日举行登极大典。届时正式祭告天地，受“宽温仁圣皇帝”尊号，建国号大清，实际是把后金改为大清，改元崇德，即天聪十年为崇德元年。祭告天地完毕，在坛前树鹄较射。从此中国历史上名副其实的清朝诞生了，就是这个封建王朝统治全中国二百六十八年，跨古代、近代两个历史时期。在此之前一年，皇太极下令国中之人皆称满洲原名，禁止称诸申，一个少为世人所知的满族因而扩大为举世闻名的中华民族重要成员了。
崇德年间(1636?1643)是皇太极统治的第二个时期。他在原来的基础上巩固和扩大了在东北的统治，为入关统治全中国做了充分的准备。有一件事映了他的思想，称帝前夕，内院诸臣仿照明朝制度，给新筑的城门起名，叫扬威、昭德等，皇太极认为虚张声势不如务实，给改了巩固、靖远等名。皇太极自认是个伟大的建筑师，他要为子孙创大业，所以非常重视打基础。崇德二年(1637)六月的一天，他向诸王臣说明，自他即位以来，统一蒙古，征服朝鲜，版图扩大，人民繁庶，今后就要“宣布法纪，修明典常，为保邦致治之计”。他举例说：“盖治国之道，如筑室然。基址坚固，庀材精良者，必不致速毁，世世子孙可以久居。其或苛且成工者，则不久圮坏，梓材作诰。古人所以谆谆垂诫也。”不出一个月，将同样的话又对诸王贝勒文武群臣重说了一遍。最后一语破的：“自古至今，懈于治国者，国必败；勤于治国者，国恒存。”为使国家统治久远，皇太极虽没有改变掠夺财富的手段，但却更注意发展本地区的生产了。他称帝后立刻把保护土地牲畜作为法典规定下来，地里庄稼不准偷损，母猪不许杀，这是为了繁殖。也不准杀马、牛等作牺牲或出卖。以后几乎每年都把督促耕种作为重要活动，提出“农时不可失”，“废农事者罪之”。他知道五谷乃万民之命所关，因此一再强调搞好农业生产，入关前清朝的粮食不太缺乏，与这种努力分不开。手工业生产也大有进步。崇德三年十二月，一次赏给察哈尔固伦公主瓷器一千七百件，可以反映制瓷业有所成就。盛京(今沈阳)宫殿大部分为皇太极时所建，其规模和工艺技术都标志后金手工业的水平很高。盛京城西实胜寺，铸大钟千斤，是冶铸业的发展象征。商业贸易在境内有之，与明及朝鲜也均有之。皇太极曾命令大学士希福带领八家商人及公以下牛录章京以上家人的庞大代表团赴张家口贸易。后来又命人到归化城(今呼和浩特市)买马。个人远走贸易的也不乏其例。崇德年间，虽然不再发生大批汉人被杀，或汉人投毒、拦路劫杀等反抗事件了，但皇太极却仍然注意缓和清朝的社会矛盾。他命令臣下做好“养人”的事情，尤其是对新掠取或来降的满洲、蒙古、汉人做好安置。皇太极晚年，他的子侄们在他面前发牢骚说太祖时诛戮汉人，而今汉人有为王者矣，有为昂邦章京者矣，而满洲宗室却有为官者，有为民者，“时势颠倒，一至于此！”但这位远见卓识的大清帝并未因此动摇其国策。以前皇太极的权威并不很绝对。天聪九年九月，即称帝前半年，代善和哈达公主曾有轻视他的举动，皇太极大怒，召集诸贝勒大臣，让他们“别举一强有力者为君”，靠了他们的跪请，才出朝听政。崇德年间就再无人敢向他的权威挑战了。
在机构设置上也作了相应的改革和进一步完善。清初决策的重要机构是议政王大臣会议。崇德二年四月对这个机构作了调整：一、成员除令固山贝子尼堪、罗?、博洛等与议国政外，每旗各设议政大臣三人；二、规定他们启迪主心，救济贫乏，抚养新人三项任务；三、议政大臣奏事必先通过他们各自的固山额真，公议之后上奏。议政王大臣会议从此有了固定的程式，也更成了专制主义皇权的工具了。天命、天聪年间没有监察机关，崇德年间皇太极成立了都察院，给他们稽察一切官员的大权。有清一代，满蒙的结合，早比满汉更紧密。为了处理蒙古事务曾设蒙古衙门，崇德三年六月又改为理藩院。合原有的六部、都察院，构成了有名的八衙门。皇太极任命满洲、蒙古、汉人担任承政，每部三人，以下皆参政。崇德三年七月更定八衙门官制，每衙门只设满洲承政一人，以下酌设左右参政、理事、副理事、主事等官，由二等变成五等。这就强化了以他为首的国家统治权力。清入关前没有内阁的名称。但是皇太极统治下的大清已初具内阁性质的内三院。天聪十年三月，皇太极改文馆为内国史院、内秘书院、内弘文院。从文馆到内三院，虽任职者均为大学士、学士，但分工更明确了，有的负责编考历史，有的起草敕谕及注释古今政事得失，还有的向皇帝进讲。崇德以后内三院的大学士、学士们对皇太极的决策有了更大的影响。皇太极的统治还继续利用了八旗这个军政合一的组织。他使八旗通过变革越发充满生机。一是对满洲八旗不断补充新的成员，二是完善和扩大蒙古八旗、汉军八旗。努尔哈赤时的满洲被称为“佛满洲”，即旧满洲。皇太极对黑龙江等地多次用兵，带来大批少数民族加入满洲共同体，被称为“伊彻满洲”，即新满洲。皇太极把新满洲编入八旗。崇德五年一次就把征索伦俘获的新满洲壮丁并家小五千六百七十三人编为牛录，隶于八旗了。同时把征库尔喀俘获的新满洲壮丁四十二人补充了各旗披甲的缺额。满洲八旗之外，蒙古八旗早于汉军八旗建立。崇德年间汉军八旗发展最快。崇德二年，照满洲例，汉军分为两旗，四年扩大为四旗，每旗设牛录章京十八人，固山额真一人，梅勒章京二人，甲喇章京四人，但内部仍分正黄镶黄两旗，正白镶白两旗，正红镶红两旗，正蓝镶蓝两旗。崇德七年六月式完成了汉军八旗的建制。皇太极说：“我国出则为兵，入则为民，耕战二事，未尝偏废。”这种扩大满洲八旗和建立蒙古八旗与汉军八旗，既增强了清朝的武装力量，也对满蒙汉的广大人民实行了深一层的控制。尤其是为了夺取全中国统治权，皇太极创立的汉军八旗有重要意义。
崇德以后的清朝不像以前那么脆弱，皇太极虽然继续要采取一些巩固其统治的措施，但是并不担心其被消灭，他的目的是以此为基础，实现对全中国的统治。崇德四年六月二十五日，皇太极下令把从前哈达、叶赫、乌拉、辉发和蒙古诸部所接受的明朝敕书全部收上来，在笃恭殿(今沈阳故宫大政殿)前烧掉。这表明从此他们都是清朝的臣民，再也不能对明朝存在幻想了。皇太极已认识到，这时的明朝到处是如火如荼的农民起义，不可能存在下去。崇德七年六月，他就说明之国运将亡。同年派兵进攻明朝，对领兵大将阿巴泰说，明朝要求讲和，你们可答“我等奉命来征，惟君命是听，他无可言。尔如有言，其向我君言之”。又告诉他们如遇到农民起义军，则说你们为明政紊乱，激而成变，我国来征，也正为此。他们如欲遣使来见，即携之而来，有奏疏，即行转达。皇太极清楚地看到当时的中国社会舞台上有三大政治势力在争夺，他作为清朝的统治者，对明与农民军这两大势力都想打交道，但对二者的态度却有不同，他实在是要利用农民军，对付明朝。一时目的没有达到，可是他越来越相信，“明之必亡昭然矣”。清朝的发展，皇太极设想为三个步骤，第一步是统一东北，第二步扩大到黄河以北，第三步才是统治全中国。这时他想从第一步向第二步跨越。崇德二年在征朝鲜、征皮岛获得大胜之后，皇太极做了一个梦。梦中他到了明朝，在宫中，仿佛看见了万历帝，仔细一瞧，原来是金代神像给了他一册金史。第二天早晨反复向年院大学士及诸王贝勒说梦并征求意见。大家都说是得国吉兆。但是从梦中所反映的皇太极的志向就是重建第二个金朝。崇德三年六月皇太极对喀尔喀蒙古达尔汉囊苏喇嘛说的一番话，有同样的意思。他说：“昔辽、金、元三国之主，当征战时，西伐厄讷忒黑，东抵朝鲜，北及黑龙江，南至于海，无远弗届。朕今日正与相等也。”第二年皇太极致书明朝皇帝，一方面说自古以来未有帝之裔常为帝；另方面又说辽、金、元亦曾君临天下，暗指他也要像历史那样，以另一个少数民族取代大明的统治。崇德七年，他又用金朝曾占领中原为例，示意将像他们那样入主中原。但是明朝派兵部职方司员外马绍愉到清朝讲和，清朝只提出以宁远双树堡中间土岭沿海至黄城岛以西为界，黄城岛以东属清朝。这只是一种权宜之计。皇太极是位杰出的军事家和统帅。他称帝之后，或亲自领兵，或坐镇指挥，其军事活动，是他帝业的重要组成部分。这时他亲自领兵打的第一个大仗是征朝鲜。自从十年前与朝鲜结为兄弟以来，朝鲜仍与明朝藕断丝连，对后金要求政治上尊重，经济上开市贸易，军事上借兵等都寻找借口不肯应允。皇太极每有胜利，都不厌其详地告诉朝鲜，极力想把朝鲜从明朝一边拉过来，但收效甚微。皇太极登帝位的典礼上，最令人扫兴的是朝鲜使臣不拜，这使皇太极非常恼怒，促成了征伐朝鲜战争的爆发。
崇德元年十一月十九日，皇太极以“朝鲜败盟逆命”为由，决定发兵讨伐。十二月一日，大兵会于盛京(今沈阳)，部署了济尔哈朗留守盛京，阿济格驻牛庄，阿巴泰驻噶海城。第二天征朝鲜的大兵出发，代善、多尔衮、多铎、岳?、豪格、杜度等随征。全军分左右两翼，右翼由往东京(辽阳)大路，至浑河岸排列，左翼由往抚顺大路排列。上午十时，皇太极大驾起行。朝鲜国王李?预料“朝夕被兵”，寄希望于明朝支援，实际落空了。清军于十二月十日渡鸭绿江，十三日抵安洲，来势凶猛。李?召大臣问：“寇已深矣，将如之何？”大臣有的主张抵抗，有的提出逃走。李?举棋不定。听说清军已过松都，只得奔向四十里外的南汉山城。朝鲜京城哭声震天，南汉山城也被清军包围了。三十日清军入朝鲜京城。第二年正月初四日，清军北渡汉江，距王京二十里驻营。初七日，清军战胜朝鲜全罗、忠清两道援军，但是六十六岁的额驸扬古利被朝鲜一败卒击中身亡。李?“势穷情迫”，称臣请罪。皇太极要求严惩朝鲜挑起衅端的大臣，同时造船发兵攻入江华岛，获朝鲜王妃、王子及阁臣等人。二十八日，李?献出两祸首。同一天皇太极提出：必须去掉明国年号，断绝与明交往，献出明国所与诰命册印；国王亲自来谒，以长子并另一子为质，诸大臣也以子弟为质，将来立其质子为嗣；从今以后一应文移，奉大清国正朔，所有节日俱行贡献之礼。使臣往来均遵照明国旧例；有事征伐明国，调兵数目、日期，一切不误，并当即备齐鸟枪、弓箭手及兵船五十艘，助攻皮岛；大军撤还时，欢送，俘获之人逃回执送本主；以后每年进贡一次，黄金百两，白银千两及皮张纸席等物均有定数。三十日李?亲至皇太极面前伏地请罪。行受降仪式后，当即留下其长子及次子为质，其余被俘妻子家口二百余人遣送还京。二月初二日，皇太极自朝鲜班师。从此清朝代替明朝把朝鲜变成了藩属。朝鲜对清朝由以前的兄弟之称，更执藩臣之礼。不久阿济格领兵攻克皮岛，斩明将沈世魁等，彻底解除了清朝攻向关内的后顾之忧。皇太极对明朝的军事行动仍因山海关的阻隔，分成为入口之战和关外之战。崇德年间一共发动了三次入口之战，每次作战都分出一部分兵力在关外，以为牵制。崇德元年五月派阿济格等领兵出战，六月二十七日分路入边，相会于延庆州，这是第一次入口之战。此战于九月八日阿济格奏捷，其军直入长城，过保定，至安州，克十二城，凡五十六战皆捷，俘人畜十七万九千八百二十，生擒总兵巢丕昌。明兵部尚书张凤翼、总督梁廷栋拥兵不敢出击，清军得以饱掠而归。崇德三年八、九月，清朝发动第二次入口之战，派多尔衮为奉命大将军，岳?为扬武大将军，分统左右翼伐明。皇太极亲自领兵向山海关作牵制。岳?自密云东北墙子岭口毁墙而入，多尔衮自董家口东山关西墙缺处入，这是一次关内的大规模军事行动。崇德四年三月多尔衮奏报，两翼兵会于通州河西，由北边过燕京，自涿州分八道南下，京西千里之内六府俱被蹂躏，至山西界而还，复至临清州，渡运河，攻破山东济南府，克城败敌，俘人口二十五万余。右翼杜度奏报其军从燕京西至山西，南至山东，克城败敌，俘人口二十万四千余。两翼俱从迁安回，出青山关，四月凯旋。清军最大的损失是扬威大将军岳?死于军中。但是明朝损失更大，著名的抗清人物孙承宗、卢象?皆战死。原来明朝的兵部尚韦杨嗣昌主张对清媾和，还说清军不会南下，他们没有火器，等等，实际完全不是那么一回事。崇祯皇帝不但宣布了京师戒严，而且非常忧虑，以致在农民军和清军都攻上来的时候，宁肯暂时放松对农民军的围剿，而把主要力量调到抗清战场上。
清军第三次入口前，明清在松锦一带展开了萨尔浒之战以后的第二次大决战。明朝看出了只有在东北战场上打败清军才能阻止他们发动关内外的一切进攻。而皇太极更清楚，只有从山海关进攻北京，才能灭亡明朝，或建立如辽、金、元那样的国家。所以在松锦有这样一场大决战并非偶然。自从大凌河之战以后，祖大寿回到明朝就驻守在锦州。吴三桂是大寿之甥，时为副将，祖、吴在辽东拥有强大实力，是明朝倚重的军事集团。清军打不败他，皇太极就用高官厚禄拉拢他的子孙。崇德三年为配合清军入口之战，皇太极亲自领兵攻向宁远、锦州，祖大寿在中后所，打败多铎的军队，皇太极到中后所，要求祖大寿来见，被拒绝。第二年皇太极又领兵围攻松山，旁及连山、塔山、杏山，崇祯召祖大寿救援，皇太极却要他来投降，也没有成功。祖大寿坚守锦州，清军屡攻不克。从崇德六年起，济尔哈朗开始令诸军包围锦州。前此因清军威胁，明朝已调洪承畴入卫京师，至是正式任命洪承畴为兵部尚书兼副都御史总督蓟辽军务，这是准备决战的重要一步。洪氏十月出山海关，调集曹变蛟、王廷臣、自广恩、马科、吴三桂、杨国柱、王朴、唐通八总兵，十三万军队，东来决战。当时祖大寿驻锦州，以松山、杏山、塔山三城为犄角。崇德五年三月清兵修义州城。过去清军分出一部分入关，现在全力用于松锦决战。特别是明兵的增援，促使清朝不但把孔、耿、尚的军队调来助围锦州，汉军固山额真石廷柱甚至认为“明必与我并力一战”，我军换防都不必换了。崇德六年八月，皇太极见形势危急，事关重大，亲自领兵进战，不顾鼻子出血，十五日起程，三日后方止。有人建议“徐行”，皇太极说：“朕如有翼可飞，当即飞去，何可徐行也！”经过六天急行军到了松山。皇太极亲征，大大鼓舞了清军的士气。他部署清军自乌忻河南至海，横截大路，绵亘驻营，再在高桥设伏，围追堵截，处处有备。明兵虽号称十三万，能战者只有白、马、吴三总兵所部。洪承畴不愿急战，但崇祯及兵部尚书陈新甲、职方郎中张若麒等皆轻躁促战，洪氏被迫进兵，初获小胜。皇太极采取大包围的攻势，挖深濠困住了明军，洪承畴正欲决一胜负，而诸将以无饷，议回宁远取粮。洪承畴看出：“战亦死，不战亦死；若战，或可冀幸万一。”但部将各怀异志。还没等下令打，王朴已畏敌先逃，于是各帅争驰，败如山倒。逃兵半路被清军伏击，追击，明十三万兵，被斩就有五万。只有曹变蛟、王廷臣突围入松山城，洪承畴与巡抚邱民仰在松山坚守。松山城内兵不过万，外失救援，孤立绝望。洪承畴几次欲突围而出，皆失败。到第二年正月，副将夏承德以其子夏舒为质，密约清军为内应，二月十八日清军入松山，生擒洪承畴。三月初八日，锦州城内的祖大寿也以孤立无援被围一年后投降。四月，清军又攻克塔山、杏山，并毁二城。至此，松锦决战以清军胜利告终。经过松锦决战，明朝军队精锐伤亡殆尽。清朝人说，萨尔浒之战是“王基开”，而松锦之战是“帝业定”。皇太极为大清奠定了一代基业。
崇德七年，皇太极发动了生前最后一次入口之战。他对这次军事行动提出了异乎寻常的要求，即注意明朝和农民军的动向及应采取合作的态度。这表明皇太极认为大清取代明朝而统治全国已为期不远了。这次进军的统帅是奉命大将军阿巴泰等，两翼大军分别从界岭口及黄岩口毁墙而入，长驱南下，至山东兖州，计克三府、十八州、六十七县，败敌三十九处，获黄金二千二百五十两、白金二百二十万五千二百七十两，俘人民三十六万九千口及牛马衣服等物。但是就在这样的大胜利面前，许多文武大将提出直捣山海关时，皇太极仍坚持既定国策，不轻易冒险。终皇太极之世，清军不曾通过山海关，但没有他们扫清道路，也就不可能有后来的清军入关。皇太极在五十岁时，因他心爱的宸妃之死，身体立刻变得虚弱了。皇太极一生娶了十五位妻子，而他最喜欢的是天聪八年娶的博尔济吉特氏，崇德元年封她为关雎宫宸妃。这位妻子贤淑文静，皇太极和她颇恩爱，婚后曾生一子，皇太极高兴至极，为此发布了大清第一道大赦令。这个儿子二岁而殇。崇德六年九月，皇太极正在松锦前线，忽听宸妃病危，急忙赶回盛京，到时宸妃已死。皇太极悲不自胜。从此这位身体一直健壮的大清帝忽而昏迷，忽而减食，常常“圣躬违和”。当年十月初二日，他对诸王及他们的妻子儿女说：“山峻则崩，木高则折，年富则衰，此乃天特贻朕以忧也。”这流露出皇太极已为他年老体衰而不安了。崇德六年以后，皇太极因身体不好，曾发布过大赦令，也减少了处理日常事务的负担，甚至做过祈祷。崇德八年(1643)八月九日，劳累一生的皇太极终于因病在沈阳清宁宫与世长辞，享年五十二岁。后葬于昭陵，即今沈阳北陵。庙号太宗，谥为文皇帝。
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