吉藏受戒以後，学解更进，声望日高。陈桂阳王（伯谋）钦慕他的学问，对他特加尊敬。陈末，隋兵进攻建康，社会极为混乱。吉藏和一些同学前往各寺，搜集佛教文疏，藏於三间堂内，到战事停止後加以整理。他涉猎典籍非常广泛，後来他的著述注引的赅博，就是得力於此。隋朝平定江浙地方以後，吉藏遂移住会稽秦望山嘉祥寺。他在这里弘传佛法，从他受学者多至千馀人。後来学者即因他所住的寺号称他为嘉祥大师。
吉藏在会稽嘉祥寺时，曾开讲「法华经」并自著章疏。及智 再归天台，他即於开皇十七年（五九七年）八月二十一日与禅众百馀人致书请智 开讲「法华」，智 因病未赴不久即圆寂。因从智 弟子灌顶听天台宗义（「续高僧传」卷十九「灌顶传」）。
隋开皇最後几年（西元五八一～六○○年），晋王杨广（即隋炀帝）总管扬州，在扬州建置四个道场，延请佛教知名学者入住。吉藏以盛名被延入慧日道场，受到特殊礼遇。开皇十九年（五九九年），杨广自扬州赴长安，邀吉藏同行，到长安後被安置于日严寺，即埋头整理「维摩经」的著述。他的「净名玄论」，就是这个时期的作品（见「净名玄论」）。隋炀帝的次子齐王杨 ，早闻吉藏盛名，于大业五年（六○九年）请他莅临私第，邀集长安名士六十馀人举行辩论会，并推吉藏为论主。当时有僧粲和他对论，往复四十馀番，结果吉藏获胜。这时他已经六十一岁了。
隋朝亡後，唐高祖李渊初到长安，召集佛教知名人物在虔化门下接见。吉藏被推为代表往见。武德初年（六一八年），唐朝设置十大德管理佛教事务，吉藏被选为十人之一。他在长安先住实际寺和定水寺，後来齐王李元吉（唐太宗之弟）请他住延兴寺。武德六年（六二三年）五月得病逝世，世寿七十五。临终还写了一篇「死不怖论」，葬於终南山至相寺的北岩（「续高僧传」卷十一本传）。
吉藏的学说渊源於摄山学系。摄山自梁僧朗、陈僧诠相继，成为江南三论宗的发祥地。僧诠门下最杰出的有兴皇寺法朗、摄山栖霞寺慧布、长干寺慧辩和禅众寺慧勇，尤以法朗为最著名。僧诠在摄山弘布三论及「摩诃般若经」，到了兴皇法朗始兼讲「涅盘经」（吉藏「涅盘经游意」）。吉藏从法朗受业，後来也广弘这些经论，其学问授受的渊源是可以想见的。
吉藏一生的学说有三变，最初宗承他的本师法朗的学说，深究三论和「涅盘」；继而摄取天台宗的「法华玄义」；最初倾其全力於三论的阐扬，著作「三论玄义」，树立了自己的宗要。在他以前的所谓「古三论」，有罗什门下僧肇、道融的「关内义」（或称「关河旧说」），有僧朗、僧诠、法朗三世相承的「山门义」，到了吉藏始集三论教义的大成，因此他的三论学说被称为「新三论」。
吉藏博学多识，历受陈、隋、唐三代王室的尊崇，不免恃才傲物；加以生活不拘细节，时或招受人们的非难。他在学问上虽有成就，并不善於处众。所以道宣对他的评价是∶「纵达论宗，颇怀简略，御众之德，非其所长。」
吉藏弘法五十馀年，造就弟子很多。见于史传记载的有慧远、智拔、智凯（同名的两人）、智命、硕法师、慧灌等。慧远晚年住兰田悟真寺，盛行讲说。智拔，襄阳人，初为智润的弟子，後来京师从吉藏研究「法华」，深得吉藏的器重（「续高僧传」卷十四本传）。智凯，丹阳人，因闻吉藏讲「法华·火宅品」而出家，发色较黑，被称为乌凯，随吉藏到会稽嘉祥寺，是吉藏门下的俊才（「续高僧传」卷十四本传）。另一智凯是扬都人，闻吉藏在会稽传播佛法，即弃俗从他出家，并受学三论。後随吉藏入京，专攻子史，曾在内殿佛道辩论时折服了道士张鼎，是一个长於辩论的僧人（「续高僧传」卷三十本传）。智命，荥阳（今河南）人，初从吉藏听三论和「法华」，发生了信仰。後来夫妇同时出家，不久因事被杀（「续高僧传」卷二十七本传）。硕法师从吉藏受学，曾著有「中论疏」十二卷。慧灌，高丽国人，曾入隋至会稽嘉祥寺从吉藏研究三论，後入日本传弘三论，被称为日本三论宗的初祖（日本师链「元亨释书」卷一本传）。
吉藏生平，曾讲三论、「法华」、「大品」、「智论」、「华严」、「维摩」等经论多遍，并各著注疏行世。他的著述共计四十馀种，其中有的已经散失，有的真伪尚未决定，现存的尚有二十六部。其名如次∶「华严经游意」一卷、「净名玄论」八卷、「维摩经游意」（即「维摩经义疏」卷首玄义）一卷、「维摩经义疏」六卷、「维摩经略疏」五卷、「胜 经宝窟」六卷、「金光明经疏」一卷、「无量寿经疏」一卷、「观无量寿经义疏」一卷、「弥勒经游意」一卷、「大品经游意」一卷、「大品经义疏」十卷（卷二阙）、「金刚经义疏」四卷、「仁王经疏」六卷、「法华经玄论」十卷、「法华经游意」一卷、「法华经义疏」十二卷、「法华经统略」六卷、「涅盘经游意」一卷、「三论玄义」一卷、「中观论疏」十卷、「百论疏」三卷、「十二门论疏」三卷、「法华论疏」三卷、「二谛章」三卷、「大乘玄论」五卷。
吉藏的著述，自隋唐以来并陆续流入朝鲜和日本，曾被广泛研究和翻译刻版，因而有所影响。
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