在纪念北京大学建校52周年座谈会上，傅斯年说出这样一番妙语：“梦麟先生的学问不如蔡元培先生，办事却比蔡元培先生高明；我的学问比不上胡适先生，但办事却比胡先生高明。这两位先生办事，真不敢恭维。”一旁的蒋梦麟插话道：“孟真，你这话对极了，所以他们两位是北大的功臣，我们两个不过是北大的‘功狗’。”“功狗”云云，是指其会办事也。
傅斯年办事高明，高明就高明在他既有原则性又不失灵活性。
傅斯年有一个特点：爱才如命，求贤若渴。他受命筹建中央研究院历史语言研究所时，曾四处网罗人才。不惜代价，费尽周折，请来了赫赫有名的陈寅恪、赵元任和李济，分别担任历史组、语言组和考古组的主任。
1929年史语所迁北平后，所中学者纷纷去北大、清华兼课，贴补家用。课兼多了，研究院的本职工作难免受到影响。于是，傅斯年提出，史语所成员不得在外兼课。可赵元任、陈寅恪对清华大学感情极深，坚持在清华兼课，否则，宁可辞去史语所工作。两位大师，傅斯年得罪不起，只得对自己的话做了如下修正：“只有你们二位可在外面兼课，别人都不许。”由此可知，傅斯年办事是兼具原则性和灵活性的。
傅斯年与陈寅恪私交甚好。两人在柏林大学读书时，交往密切。因两人都嗜书如命，自律甚严，曾被当时的留学生们誉为“宁国府门前一对石狮子”。
抗战时期，傅斯年虽患有高血压等多种疾病，但却拖着病体无微不至关心着陈寅恪。每次跑警报，别人往外跑，他却晃着肥胖的身子，往楼上爬，因为陈寅恪住在三楼，他要把陈搀下楼。在傅斯年身边工作的那廉君留下这样的回忆：
“孟真先生对朋友非常关心，抗战期间，在昆明的时候，我们都住在云南大学前面的靛花巷，西南联大陈寅恪教授那时候住在三楼。陈教授对空袭警报最为注意，他的口号是‘闻机而坐，入土为安’。‘机’指飞机而言；‘入土’者，入防空洞也。因为当时靛花巷楼下空地上挖有一个防空洞，但经常水深盈尺，陈教授不惜带着椅子坐在水里边，一直等警报解除。每次警报一鸣，大家都往楼下跑，甚至于跑出北门，孟真先生却从楼下跑上三楼，通知陈教授（因为有时候陈教授在睡早觉或午觉），把陈教授搀扶下来入了洞。”
傅斯年与陈寅恪堪称知音、密友，即便如此，傅斯年对陈的“特别关照”也是有限度的，比如，在外兼课，可以；当倘若陈寅恪不能在所中上班，则只能拿兼职薪水，而不能领专任薪水。
1942年6月，陈寅恪人在桂林，而中研院总干事叶企孙却致信傅斯年，打算聘陈为史语所专职研究员：“以寅恪夫妇之身体论，住昆明及李庄均非所宜，最好办法，似为请彼专任所职，而允其在桂林工作，不知尊意如何？”
叶企孙关心战乱中贫病交加的陈寅恪，傅斯年深为感动。但他提醒叶企孙，聘陈寅恪可以，不过，由于陈远在桂林，不能在所里上班，所以只能聘陈为兼职研究员，拿兼职的薪水。为使叶明白自己的苦心，他在信中有这样的解释：
“弟平时办此所事，于人情之可以通融者无不竭力，如梁思永此次生病，弄得医务室完全破产。寅恪兄自港返，弟主张本院应竭力努力，弟固以为应该。然于章制之有限者，则丝毫不通融。盖凡事一有例外，即有援例者也。”
傅斯年的话合情合理，叶完全同意：“关于寅恪事，尊见甚是，请兄电彼征询其意见，倘彼决定在李庄工作，清华方面谅可容许其续假也。寅恪身体太弱，李庄昆明两地中究以何处为宜，应由彼自定。”
本来，事情至此已尘埃落定。没想到7月下旬，傅斯年从某办事员的信中获悉叶改变了主意。该办事员在信里透露这样一个信息：“叶先生函商院长聘陈寅恪先生为专任研究员，月薪600外加薪40元，院长已批准照办。俟叶先生将起薪月日函复核，聘书即当寄贵所转寄桂林也。”
说好了的事，又反悔，且事前也不和身为所长的傅斯年沟通一下，对此，傅斯年很光火。他想，等聘书寄到李庄，先将其扣留，再和叶企孙理论。
没想到叶企孙料到傅斯年有这一着，他索性将聘书直接寄给了桂林的陈寅恪。这下傅斯年坐不住了，他向叶企孙发了一串声明： 一、弟绝不承认领专任薪者可在所外工作。在寅恪未表示到李庄之前，遽发聘书，而6月份薪起，即由寅恪自用，无异许其在桂林住而领专任薪。此与兄复弟之信大相悖谬。
二、自杏佛、在君以来，总干事未曾略过所长直接处理一所之事。所长不好，尽可免之；其意见不对，理当驳之。若商量不同意，最后自当以总干事之意见为正。但不可跳过直接处理。在寅恪未表示到李庄之前，固不应发专任聘书，即发亦不应直接寄去（以未得弟同意也），此乃违反本院十余年来一个良好Tradition之举也。
三、为弥补寅恪旅费，为寅恪之着作给奖（或日后有之，彼云即有着作寄来），院方无法报销，以专任薪为名，弟可承认。在此以外，即为住桂林领专任薪，弟不能承认。此事幸寅恪为明白之人，否则无异使人为“作梗之人”。尊处如此办法，恐所长甚难做矣。弟近日深感力有不逮，为思永病费，已受同人责言。今如再添一个破坏组织通则第十条之例，援例者起，何以应付。此弟至感惶恐者也。
以上声明之外，傅斯年还提醒叶企孙，办事一定要符合史语所有关手续：
“即令弟同意此事，手续上亦须先经过本所所务会议通过，本所提请总处核办。总处照章则办理。亦一长手续也。又及与此事有关院章各条文：组织通则第十条，专任研究员及专任副研究员应常在研究所从事研究；第二条：本院各处所及事务人员之服务均须遵守本通则之规定。此外，间接有关者尚多，故领专任研究员薪而在所外工作，大悖院章也。”www.gs5000.cn
为避免陈寅恪误会，傅斯年还写信给陈，解释自己和叶企孙的冲突缘由：
“此事在生人，或可以为系弟作梗。盖兄以本院薪住桂，原甚便也。但兄向为重视法规之人，企孙所提办法在本所之办不通，兄知之必详。本所诸君子皆自命为大贤，一有例外，即为常例矣。如思永大病一事，医费甚多，弟初亦料不到，舆论之不谓弟然也。此事兄必洞达此种情况。今此事以兄就广西大学之聘而过去，然此事原委就不可不说也。”
其实，陈寅恪非常理解傅斯年的难处，对他的做法完全支持。即便傅斯年顾念私情，破例聘他为专任研究员，以陈的性格和做派，也绝不会接受的。事实上，他确实这样做了。他给傅斯年的回信中，谈到这一点：
“弟尚未得尊电之前，已接到总办事处寄来专任研究员聘书，即于两小时内冒暑下山，将其寄回。当时不知何故，亦不知叶企孙兄有此提议。（此事今日得尊函始知也，企孙只有一书致弟，言到重庆晤谈而已。）弟当时之意，虽欲暂留桂，而不愿在桂遥领专任之职。院章有专任驻所之规定，弟所夙知，岂有故违之理？今日我辈尚不守法，何人更肯守法耶？此点正与兄同意也。……”
平心而论，傅斯年此事处理得颇为妥当。聘远在桂林不能驻所的陈寅恪为兼任研究员，既没有违背有关规定，又可缓解陈寅恪的经济压力，可谓两全其美；而叶企孙执意聘陈为专任研究员，违背了史语所有关章程，留下了话柄，陈寅恪若接受叶的聘任，也会影响自己的清誉。
傅斯年曾凭手中如椽之笔和口中如剑利舌，将孔祥熙和宋子文从行政院长的位子上轰了下来。他因此得了“傅大炮”的外号。
孔祥熙是蒋介石的连襟，他在国民政府中，以财大气粗、人脉深厚而着称。想把他轰走，谈何容易。
傅斯年“批孔”，耗时长达8年，他最终能把孔祥熙轰出政坛，还得益于一个名叫陈赓雅的参政员。没有陈赓雅提供的重磅炸弹，傅斯年这尊大炮也很难显示出一鸣惊人的威力。
1945年7月7日，国民参政会第四届第一次会议在重庆召开。当时，参政员陈赓雅收集到大量有关孔祥熙鲸吞美金公债的材料，并将其写出详细具体的提案，让傅斯年过目，请傅斯年联署。傅斯年大喜，有了这枚重磅炸弹，何愁孔祥熙不倒。
大会主席王世杰知悉此事后，怕事情闹大，影响政府声誉，于抗战不利，便以威胁的口吻劝阻傅斯年：“案情性质尚属嫌疑，若政府调查事实有所出入，恐怕对于提案人、联署人以及大会的信誉都会有损的。”
敢当面顶撞蒋介石的傅斯年，哪里把王世杰放在眼里。他硬梆梆地将其顶了回去：“证据确凿，请不必代为顾虑。”
与傅斯年私交不错的陈布雷，也担心傅斯年行动过火，开罪蒋介石。于是，他向蒋介石作了汇报。尽管一直袒护孔祥熙，但蒋对孔此次鲸吞美金公债一事也极为不满，他说，孔只好辞职，所吞美金也要分期吐出。不过，蒋毕竟好面子，不想家丑外扬，他对陈布雷说，此事不能列入提案，否则会严重影响政府声誉，外国友邦若知道此事，恐不会继续支持政府抗战。蒋要陈布雷从中斡旋，让傅斯年等写一份书面检举直接交给蒋就可以了。
陈布雷找到傅斯年，他首先肯定傅的行为是出于爱国，接着提醒傅斯年，一旦将此事形成提案，外国友邦知道，恐很难再支持这样腐败的政府。如此一来，虽轰走孔祥熙，外国友邦恐怕也生气走了。傅斯年觉得陈说得在理。事实上，傅斯年也绝不想因此事而影响外国友邦对中国抗战的支持。但傅斯年也不想只向蒋介石交一份书面检举材料了事。他知道，蒋、孔关系非比寻常，检举材料交上去，很有可能是泥牛入海无消息。
于是，傅斯年决定采用折中方法，不列提案，也不上交书面检举材料，而是在参政员全体出席时，提出一个“质询案”，“质询案”的题目是：《彻查中央银行中央信托局历年积弊严加整顿惩罚罪人以重国家之要务而肃常案》。在“质询案”中，傅斯年呼吁，对贪污腐败、鲸吞美金之辈，一定要依法惩治。他还郑重声明：手中有确凿的证据，如有必要，随时可以对簿公堂。
傅斯年讲完话，大会成员群情激奋，掌声经久不息。傅斯年的话道出了很多人压抑已久的心声。
傅斯年此事做得漂亮、得力。蒋介石也很满意。他亲自召见了傅斯年，“对此事表示极好”，且对贪污腐败分子，“主张严正”，也就是严肃处理。
不久，孔祥熙头上最后一顶乌纱帽“中央银行总裁”也被撸去。至此，历经八年，傅斯年的倒孔取得了决定性的胜利。孔祥熙这个毒瘤被彻底割除了。
老孔倒台，傅斯年难掩兴奋之情，在给夫人的信里，他这样写道：
“国库局案，我只嚷嚷题目，不说内容，不意地方法院竟向中央银行函询，最高法院总检察署又给公函给我要内容以凭参考（最近的事）。闭会后，孔祥熙连着免了两职：一、中央银行总裁，二、四行联合办事处副主席。老孔可给连根拔去矣（根是中央银行）。据说事前并未告他。老孔这次弄得真狼狈！闹老孔闹了八年，不大生效，这次算被我击中了，国家已如此了，可叹。可叹。
这一件官司（国库局）我不能作为报告，只能在参政会办，此事我大有斟酌，人证、物证齐全，你千万不要担心！把老孔闹掉，我已为满意……”
傅斯年说“此事我大有斟酌”，确实如此。用“质询案”方式炮轰孔祥熙，傅斯年是经过深思熟虑的。
这样做，一则，给了蒋介石面子。接受了蒋的劝告，没有列入提案，倘和蒋介石硬顶，容易把事情弄僵，反而不利于事情的解决；二则维护了政府的声誉，不致影响外国友邦对中国政府的看法，从而于抗战不利；三，在全体参政员面前质询，对蒋介石来说，是“敲山震虎”，对孔祥熙来说，是揭发声讨；而对参政员而言，则是放了一把同仇敌忾的火。可谓一箭三雕。
在民国学者中，傅斯年学问比不上陈寅恪，就连曾经的老同学顾颉刚，也后来居上超过了他。不过，论骨气，论血性，论办事能力，傅斯年却位居前列。
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