1938年10月，特务总队被韩德勤保安旅缴械。孙占彪与党失去联系，他设法集中部分失散人员和枪支，组织“抗日特务队”，在二甲镇五福桥到四甲坝的运盐河一带坚持抗日，并解除了假抗日、真投降的海门王能进的“别动队”武装。
1940年10月，新四军东进通如海启开辟根据地。11月下旬，南通县抗日民主政府建立。孙占彪当夜率领一个连赶来，坚决要求参加新四军，受到县长梁灵光等人热烈欢迎。孙占彪部与县警卫连合编为南通县独立营，孙任营长。www.gs5000.cn
孙占彪走上革命道路后，工作积极，作战英勇。1940年底，国民党顽固派徐承德部进攻掘港，孙占彪率独立营配合新四军主力截击，打散了徐承德的司令部。1941年2月，独立营扩编为独立团，孙占彪任团长。他率独立团两下通海，打击了企图投降日、伪的国民党邱冠生部、季莘部和曹立余部。4月，南通县警卫团成立，孙占彪任副团长。期间，孙占彪光荣入党。
随着国民党顽固派势力的削弱，日、伪将主要矛头对准新四军和抗日军民，频繁“扫荡”、“清剿”。南通县地处根据地前沿，斗争尤为激烈。1941年6月下旬，中共南通县委、南通县抗日民主政府提出“打一仗，用胜利来纪念党的生日”的口号，孙占彪率部于6月29日在五福桥伏击日军。为引蛇出洞，他率部夜间割断日军电话线。次日晨，日军水陆两路出动，陆路修线，水路巡逻。孙占彪趁水陆敌人分离的时机，果断命令向汽艇开火，一下子就打倒了好几个鬼子。战斗最紧张时，我方机枪卡壳，日军乘机上岸反扑，孙占彪带领战士们冲杀时被击中腹部。因缺医少药，伤口恶化，疼痛难忍，他却要求把医院仅有的一点止痛药留给更需要的伤员。一星期后，孙占彪因伤势过重而牺牲。
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